Le microbiote intestinal humain a été fortement corrélé avec la santé humaine et les maladies et a montré un potentiel dans les développements thérapeutiques. La métagénomique a déjà montré qu'elle était capable de générer beaucoup de données, dont certaines sont dénuées de sens et constituaient la "matière noire". Alors culturomics a été développée pour compléter la métagénomique en ciblant des espèces bactériennes précédemment non cultivées. En utilisant la culturomics, nous avons décrit le microbiote intestinal humain des Pygmées et réussi à isoler un nombre significatif d'espèces bactériennes parmi lesquelles 38 étaient de nouvelles espèces. En comparant les résultats métagénomiques aux données culturomics, on constate que seulement 26% des espèces isolées ont été récupérées par métagénomique et que jusqu'à 59% des Operational taxonomic units détectées correspondaient à de nouvelles espèces bactériennes isolées par culturomique dans cette étude ou dans les précédentes. / The human gut microbiota has been correlated in general health and diseases. Thus its description became mandatory to better understand its role and therapeutic potential. However, metagenomics has previously showed to be able to generate a lot of data, of which some are meaningless and constituted the “Dark matter”. Thus, culturomics was developed to complement metagenomics by targeting previously uncultured bacterial species. Using culturomics, we described the human gut microbiota of Pygmy people and succeeded in isolating a significant number of bacterial species out of which 38 were new species. Comparing metagenomics results to culturomics data, we see that only 26% of the isolated species were recovered by metagenomics and that up to 59% of the Operational taxonomic units detected corresponded to new bacterial species isolated by culturomics either in this study or in previous ones.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2018AIXM0177 |
| Date | 05 July 2018 |
| Creators | Bilen, Melhem |
| Contributors | Aix-Marseille, Raoult, Didier, Daoud, Ziad |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | French, English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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