Ribosomes are cellular nanomachines responsible for protein production in all living cells. When ribosome biogenesis is compromised, or ribosome function unfaithful, it causes diseases called ribosomopathies. The primary goal of my PhD was to understand the consequences of ribosome biogenesis dysfunction on translation. I have contributed to this understanding through four different projects which were aimed to understand how ribosome function affects the different steps of protein translation in the cell. In my first project, we tested if a ribosomal RNA sugar methylation present on the large ribosomal subunit plays a role in translation. We found that the loss of the modification does not grossly inhibit ribosome production or growth. However, these mutants are resistance towards G418, and make fewer decoding errors as compared to the control cells. In my second project, I studied a methyltransferase called Mtq2, which methylates the translation termination release factor eRF1. We found that Mtq2 is directly involved in late steps of large ribosomal subunit maturation and that the catalytic activity of Mtq2 is required for efficient 60S subunit production and for pre-60S export. In project 3, I studied a natural, plant-derived alkaloid called haemanthamine (HAE). We showed that HAE binds the peptidyl transferase center of the large subunit of the eukaryotic ribosome, where it interacts with the 25S rRNA. We also showed that HAE inhibit early stages of pre-rRNA processing and elicit nucleolar stress response in the cells. In project 4, I studied a long non-coding RNA called SAMMSON. SAMMSON plays a crucial role in melanoma survival. We found that depletion of SAMMSON adversely affects ribosome biogenesis. We also demonstrated that by modulating the binding affinity of a single protein, namely CARF, SAMMSON rewires the RNA-protein network and promotes a synchronized increase in rRNA maturation both in the cytosol and mitochondria, thereby boosting translation in both the cellular compartments. / Les ribosomes sont des nanomachines cellulaires responsables de la production de protéines dans toutes les cellules vivantes. Lorsque la biogenèse des ribosomes est compromise ou que la fonction des ribosomes est infidèle, elle provoque des maladies appelées ribosomopathies. L'objectif principal de ma thèse était de comprendre les conséquences du dysfonctionnement de la biogenèse des ribosomes sur la traduction. J'ai contribué à cette compréhension par le biais de quatre projets différents visant à comprendre comment la fonction des ribosomes affecte les différentes étapes de la traduction des protéines dans la cellule. Dans mon premier projet, nous avons voulu determiner si une méthylation sur l’ARN ribosomique d’un sucre présente sur la grande sous-unité ribosomique joue un rôle dans la traduction. Nous avons constaté que la perte de cette modification n'inhibait pas grossièrement la production ou la croissance des ribosomes. Cependant, ces mutants sont résistants à G418 et font moins d’erreurs de décodage par rapport aux cellules contrôles. Dans mon deuxième projet, j'ai étudié une méthyltransférase appelée Mtq2, qui méthyle le facteur de libération de la terminaison de la traduction, eRF1. Nous avons constaté que Mtq2 est directement impliqué dans les dernières étapes de la maturation des grandes sous-unités ribosomiques et que l'activité catalytique de Mtq2 est nécessaire pour une production efficace de sous-unités 60S et pour une exportation antérieure à 60S. Dans le cadre du projet 3, j'ai étudié un alcaloïde naturel d'origine végétale appelé hémanthamine (HAE). Nous avons montré que HAE lie le centre de la peptidyl transférase de la grande sous-unité du ribosome eucaryote, où il interagit avec l'ARNr 25S. Nous avons également montré que HAE inhibe les stades précoces du traitement pré-ARNr et induit une réponse au stress nucléolaire dans les cellules. Dans le projet 4, j'ai étudié un long ARN non codant appelé SAMMSON. SAMMSON joue un rôle crucial dans la survie du mélanome. Nous avons constaté que sa perte d’expression affecte négativement la biogenèse des ribosomes. Nous avons également démontré qu'en modulant l'affinité de liaison d'une protéine unique, à savoir CARF, SAMMSON réarme le réseau ARN-protéine et favorise une augmentation synchronisée de la maturation de l'ARNr à la fois dans le cytosol et les mitochondries, renforçant ainsi la traduction dans les deux compartiments cellulaires. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished
| Identifer | oai:union.ndltd.org:ulb.ac.be/oai:dipot.ulb.ac.be:2013/288480 |
| Date | 19 June 2019 |
| Creators | Saraf, Kritika |
| Contributors | Lafontaine, Denis, Vanhamme, Luc, Fahrenkrog, Birthe, Tafforeau, Lionel, Heurgué-Hamard, Valérie |
| Publisher | Universite Libre de Bruxelles, Université libre de Bruxelles, Faculté des Sciences – Sciences biologiques, Bruxelles |
| Source Sets | Université libre de Bruxelles |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:ulb-repo/semantics/doctoralThesis, info:ulb-repo/semantics/openurl/vlink-dissertation |
| Format | 3 full-text file(s): application/pdf | application/pdf | application/pdf |
| Rights | 3 full-text file(s): info:eu-repo/semantics/closedAccess | info:eu-repo/semantics/closedAccess | info:eu-repo/semantics/restrictedAccess |
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