La maladie des raies noires (MRN), causée par le champignon ascomycète Mycosphaerella fijiensis, est l'une des maladies les plus dévastatrices du bananier (Musa spp.). Elle constitue une contrainte majeure à sa production, particulièrement dans les pays des tropiques humides où le bananier est une culture alimentaire de base. L'objectif de cette thèse a été de caractériser les populations de M. fijiensis et d'étudier l'épidémiologie de la MRN dans la région de Kisangani (RDC) en vue d'évaluer les stratégies de protection intégrée à développer dans les cultures de bananiers et bananiers plantains. La particularité de notre approche réside en la combinaison d'études en laboratoire, selon des approches classique et moléculaire, et des expérimentations sur le terrain pour mieux connaître les caractéristiques épidémiologiques de la maladie selon les saisons et les systèmes de cultures. Les caractéristiques phénotypiques des souches isolées de Kisangani sur milieu PDA étaient typiques de l'espèce M. fijiensis. Cette identification a été confirmée selon une approche moléculaire sur base du séquençage d'une partie de l'ADN ribosomal incluant les régions ITS (internal transcribed spacers) et le gène 5,8S. L'existence des deux types de croisement Mat1-1 et Ma1-2 au sein de la population a été révélée mais un déséquilibre entre les deux idiomorphes a été remarqué. L'évaluation de la pathogénicité des souches a montré que toutes les souches testées ont un pouvoir pathogène vis-à-vis du cultivar Cavendish " Grande Naine ". Notre étude a aussi permis de ressortir des différences de virulence selon les souches. Les tests de sensibilité aux fongicides ont montré que les souches de la RDC sont sensibles aux triazoles et au carbendazime, mais certaines souches seraient résistantes à l'azoxystrobine. Sur le plan épidémiologique, notre étude a révélé que les deux formes fongiques (anamorphe et téléomorphe) sont présentes non seulement en saison des pluies mais également en saison subsèche. Elles jouent donc un rôle important dans l'épidémiologie de la maladie. L'incidence de la maladie 6 Résumé a été légèrement moindre en saison subsèche qu'en saison humide. Une comparaison de la progression de la maladie pendant les deux saisons selon le système de culture a révélé que le développement de la MRN a été plus lent en forêt secondaire qu'en jachère et en jardin de case et l'incidence et la sévérité ont été plus grandes sur les plantains que sur les bananes. La meilleure tolérance du cultivar Yangambi Km5 a été confirmée. Ces résultats ont apporté des éléments nouveaux sur l'épidémiologie de la maladie dans la région de Kisangani et sur les caractéristiques de la population en présence. Ils ont été exploités pour établir une liste de recommandations visant à mieux gérer les dégâts de M. fijiensis, un pathogène au potentiel évolutif important.