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Impact des pratiques de gestion agricole du sol sur ses variables de qualité physico-chimiques et biologiques par approche métagénomique, en parcelles de longue durée de grandes culturesRibeiro Da Silva Junior, José 20 June 2024 (has links)
Les pratiques de gestion des sols ont un impact direct sur leurs propriétés physico-chimiques et biologiques. Afin d'évaluer l'impact de ces pratiques sur les caractéristiques physico-chimiques du sol, une expérimentation à longue durée sur une rotation maïs-soja a été établie en 1992 à la Ferme expérimentale de l'Acadie de l'Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), située dans l'est du Canada. En 2017, lors de la 25e année de cette expérimentation, les parcelles, situées sur un sol loam argileux, ont été analysées. La combinaison factorielle des traitements de travail du sol [labour conventionnel (LC) vs. semis direct (SD)] et de fertilisation azotée appliquée pour le maïs [0 kg N ha-1 (0N), 80 kg N ha-1 (1N), et 160 kg N ha-1 (2N)] a été analysée. Deux horizons de sol (0-5 cm et 5-20 cm) ont été prélevés pour l'étude. Dans un premier temps, nous avons examiné l'effet de ces pratiques sur les caractéristiques physico-chimiques du sol et la productivité du soja. Il en ressort que le SD a augmenté les stocks d'éléments dans le sol, suivant l'ordre décroissant P > Zn > Ntot > Ctot > B > K > Ca > Pb > Cd > Cu. Ni le travail du sol ni la fertilisation azotée n'ont augmenté le rendement en grains du soja. Nous avons également observé une augmentation de la concentration d'aluminium dans le traitement LC. Concernant la physique des sols, une densité plus faible a été notée dans l'horizon supérieur dans les deux systèmes, mais la macro-agrégation était favorisée dans le système SD. Les analyses métagénomiques de la communauté bactérienne du sol ont été réalisées par séquençage à haut débit (SHD) via la plateforme Illumina MiSeq®. Les résultats indiquent que les méthodes de travail du sol et l'horizon d'échantillonnage influencent le microbiome bactérien du sol, la fertilisation ayant une influence moindre. Le semis direct augmente la diversité bactérienne avec des genres comme *Terrabacter, Patulibacter, Blastococcus,* contribuant à la décomposition de la matière organique et au cycle des nutriments. Cette méthode montre une stratification claire entre les horizons du sol et une forte présence de bactéries spécialistes. En contraste, le labour conventionnel a une composition bactérienne plus homogène et moins diversifiée. Le semis direct, favorisant des « hubs » bactériens, renforce la résilience et la stabilité de la communauté microbienne du sol, tandis que le labour conventionnel présente une moindre complexité microbienne, pouvant affecter la santé du sol. Ainsi, l'analyse du microbiome bactérien est essentielle pour évaluer l'impact des pratiques de gestion des sols sur leur santé, et le semis direct se révèle plus avantageux pour la santé du sol. / Soil management practices have a direct impact on their physicochemical and biological properties. To assess the impact of these practices on the physicochemical characteristics of the soil, a long-term experiment on a corn-soybean rotation was established in 1992 at the Experimental Farm of Acadia of Agriculture and Agri-Food Canada (AAC), located in Eastern Canada. In 2017, during the 25th year of this experiment, the plots, located on clay loam soil, were analyzed. The factorial combination of soil management treatments [conventional tillage (CT) vs. no-till (NT)] and nitrogen fertilization applied to corn [0 kg N ha⁻¹ (0N), 80 kg N ha⁻¹ (1N), and 160 kg N ha⁻¹ (2N)] was analyzed. Two soil horizons (0-5 cm and 5-20 cm) were sampled for the study. Initially, we examined the effect of these practices on the physicochemical characteristics of the soil and the productivity of soybeans. It turns out that NT increased the stocks of elements in the soil, following the descending order P > Zn > Ntot > Ctot > B > K > Ca > Pb > Cd > Cu. Neither soil tillage nor nitrogen fertilization increased soybean grain yield. We also observed an increase in aluminum concentration in the CT treatment. Regarding soil physics, a lower density was noted in the upper horizon in both systems, but macro-aggregation was favored in the NT system. Metagenomic analyses of the soil bacterial community were conducted through high-throughput sequencing (HTS) using the Illumina MiSeq platform®. The results indicate that the methods of soil management and the sampling horizon influence the soil bacterial microbiome, with fertilization having a lesser influence. No-till increases bacterial diversity with genera such as *Terrabacter, Patulibacter, Blastococcus,* contributing to the decomposition of organic matter and nutrient cycling. This method shows a clear stratification between soil horizons and a strong presence of specialist bacteria. In contrast, conventional tillage presents a more homogeneous and less diversified bacterial composition. No-till, promoting bacterial 'hubs,' enhances the resilience and stability of the soil microbial community, while conventional tillage shows reduced microbial complexity, which could affect soil health. Therefore, the analysis of the bacterial microbiome is essential to assess the impact of soil management practices on their health, and no-till proves to be more advantageous for soil health.
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