L'ammoniac atmosphérique (NH3) est principalement émis par l'agriculture. C'est le principal composé alcalin de l'atmosphère et il joue un rôle essentiel dans la chimie de l'atmosphère. Les dépôts humides et secs d'NHx (NH3 + NH4+) ont des effets négatifs directs (toxicité à fortes doses) ou indirects acidification, eutrophisation, baisse de la résistance aux stress) sur les écosystèmes naturels ou cultivés.<br />La plante peut être un puits ou une source d'NH3 pour l'atmosphère. Le sens et l'intensité des échanges dépendant du gradient de concentration entre la cavité sous stomatique et l'air. La concentration en ammoniac dans la cavité sous stomatique appelée aussi point de compensation stomatique pour l'ammoniac est déterminée par la température de la feuille, la concentration en ammoniaque ([NH4+]ap) et le pH du liquide apoplastique. Ces deux derniers paramètres dépendent du métabolisme azoté de la feuille et des diverses entrées et sorties de composés à travers le xylème et le phloème. Jusqu'à présent, seuls des modèles empiriques ont été conçus pour modéliser le point de compensation stomatique pour l'ammoniac.<br />Pour analyser le determinisme du point de compensation pour l'ammoniac, nous avons conçu une expérimentation pour mesurer sa variabilité pour de jeunes plantes de colza en fonction de la nutrition azotée et des conditions jour et nuit. Deux méthodes de mesures ont été utilisées : l'extraction d'apoplaste et la chambre à flux. Les deux méthodes montrent une corrélation positive entre la concentration en ammonium dans la solution nutritive et le point de compensation. Par contre la concentration en nitrate a peu d'influence sur le point de compensation de même qu'une alimentation mixte ammonium et nitrate réduit le point de compensation par rapport a une alimentation a même concentration en ammonium. Le point de compensation mesuré de jour n'est pas significativement différent du point de compensation mesuré de nuit même si il a tendance à être plus fort.<br />Le modèle construit est un modèle a compartiment ; il est couplé à un modèle de continuum sol plante atmosphère donnant des flux d'eau et en particulier la conductance stomatique. Il intègre un modèle de photosynthèse et les principales sources et puits d'ammoniac dans une cellule. Le modèle montre une forte dépendance du point de compensation stomatique du flux d'eau, de la température et de la concentration en ammonium dans le xylème.