Η αποκάλυψη της παρουσίας ενός νέου είδους ποντικού, του Mus cypriacus Cucchi et al., 2006, ενδημικού της Κύπρου, απέδειξε πόσο ελλιπείς είναι οι γνώσεις μας ως προς την πανίδα των μικροθηλαστικών της Κύπρου. Στην Κύπρο θεωρούνταν γνωστά τα είδη Mus musculus domesticus και Mus macedonicus. Τελικά απεδείχθη ότι το μέχρι τότε γνωστό ως Mus macedonicus ήταν το ενδημικό Mus cypriacus. Προκειμένου να μελετηθούν τα μικροθηλαστικά του γένους Mus στην Κύπρο, στα πλαίσια της παρούσας μελέτης πραγματοποιήθηκαν δειγματοληψίες για πέντε δειγματοληπτικές περιόδους (άνοιξη 2008 - άνοιξη 2009), σε δύο περιοχές της Κύπρου, στην πεδινή περιοχή της επαρχίας Αμμοχώστου (περιοχή Λίμνης και Νοσοκομείου Παραλιμνίου), καθώς και στην ορεινή περιοχή του Όρους Τροόδους (περιοχή Κάτω Πλατρών). Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν να ελεγχθεί η ύπαρξη των δύο ειδών στις δύο περιοχές οι οποίες χαρακτηρίζονται από διαφορετικούς βιοτόπους και να ελεγχθεί κατά πόσον ισχύουν οι οικολογικές τους προτιμήσεις. Μέχρι τώρα, θεωρείται ότι το Mus cypriacus είναι αγροδίαιτο είδος, ο βιότοπός του περιλαμβάνει εγκαταλειμμένους αμπελώνες, λιβάδια και θαμνώδεις εκτάσεις και εξαπλώνεται στην περιοχή του Όρους Τρόοδος σε υψόμετρο 300 - 900 m, ενώ δεν εξαπλώνεται σε περιοχές με ισχυρή ανθρωπογενή πίεση, όπως καλλιέργειες στη Μεσαορία (στο κεντρικό τμήμα του νησιού), ανθρώπινες κατοικίες και φάρμες, όπου εξαπλώνεται κυρίως το Mus musculus domesticus. Σε επόμενο στάδιο, επειδή δεν έχουν γίνει πολλές μελέτες ακόμη για το Mus cypriacus και ο ταξινομικός προσδιορισμός του είδους των ζώων που συλλέχθηκαν δεν ήταν εφικτός με βάση τα γνωστά διακριτικά εξωτερικά μορφολογικά χαρακτηριστικά των ειδών, αλλά και επειδή ο ταξινομικός προσδιορισμός δεν μπορούσε να γίνει με βεβαιότητα, λόγω της επικαλυπτόμενης μορφολογικής ποικιλότητας των ειδών, έγινε προσδιορισμός με τη χρήση μοριακών μεθόδων. Συγκεκριμένα, πραγματοποιήθηκε ανάλυση αλληλουχίας στο τμήμα της D-loop περιοχής ελέγχου του μιτοχονδριακού DNA το οποίο απομονώθηκε από κύτταρα του ήπατος. Περαιτέρω, για να γίνει μορφομετρική σύγκριση των πληθυσμών, εφαρμόστηκε γεωμετρική μορφομετρική ανάλυση σε κρανιακούς (ραχιαία και κοιλιακή κρανιακή επιφάνεια) και ανάλυση περιγράμματος σε οδοντικούς χαρακτήρες (κάτοψη περιγράμματος πρώτου άνω γομφίου, M1). Τα ευρήματα της παρούσας μελέτης διευρύνουν την περιοχή εξάπλωσης του Mus cypriacus, τόσο ως προς τον οικολογικό χαρακτήρα των βιοτόπων του (συλλέχθηκε όχι μόνο σε φυσικούς οικοτόπους, αλλά και σε οικοτόπους με έντονη ανθρωπογενή επίδραση) όσο και ως προς την οριζόντια (εξαπλώνεται μέχρι το νοτιοανατολικότερο άκρο της Κύπρου, το Παραλίμνι, μια περιοχή για την οποία δεν υπήρχαν στοιχεία έως τώρα) και κατακόρυφη εξάπλωσή του (εξαπλώνεται σε υψόμετρο από 44 m (Παραλίμνι, κοιλάδα Μεσαορίας) μέχρι 1015 m (Κάτω Πλάτρες, Όρος Τρόοδος). Η ανάλυση της αλληλουχίας ενός τμήματος της D-loop περιοχής του mtDNA αποκάλυψε ότι η ενδοπληθυσμιακή ποικιλότητα των κυπριακών πληθυσμών του είδους Mus musculus domesticus είναι πολύ μεγαλύτερη σε σχέση με τις αντίστοιχες τιμές ελληνικών πληθυσμών του ίδιου είδους. Σε αρκετές περιπτώσεις, και για τα δύο είδη του γένους Mus, η ενδοπληθυσμιακή ποικιλότητα ήταν μεγαλύτερη της διαπληθυσμιακής. Το χαμηλό ποσοστό διαπληθυσμιακής ποικιλότητας υποδηλώνει ότι οι μελετηθέντες πληθυσμοί διαφέρουν πολύ λίγο σε γενετικό επίπεδο, αφού φαίνεται να υπάρχει γενετική ροή μέσω ενεργητικής μετανάστευσης ή παθητικής μεταφοράς ατόμων. Η νουκλεοτιδική και απλοτυπική ποικιλότητα έλαβαν τιμές από τις μεγαλύτερες που έχουν αναφερθεί σε παρόμοιες μελέτες. Η ύπαρξη προγονικών πολυμορφισμών σε συνδυασμό με τη δράση της γενετικής εκτροπής ευθύνονται για τα υψηλά επίπεδα πολυμορφισμού που εμφανίζουν οι κυπριακοί πληθυσμοί των δύο ειδών Mus, συγκρινόμενοι με άλλους πληθυσμούς της υπόλοιπης περιοχής εξάπλωσής τους. Η εφαρμογή της γεωμετρικής μορφομετρικής ανάλυσης και της ανάλυσης περιγράμματος που αφορούν αντίστοιχα στα κρανιακά και οδοντικά χαρακτηριστικά των ειδών της παρούσας εργασίας, αποκαλύπτει τη σαφή διάκριση των ειδών Mus cypriacus και Mus musculus domesticus, τα οποία διαχωρίζονται πλήρως ως προς τους χαρακτήρες που χρησιμοποιήθηκαν ως μορφομετρικοί δείκτες (ραχιαία και κοιλιακή κρανιακή επιφάνεια και περίγραμμα πρώτου άνω γομφίου, Μ1). / The discovery of a new endemic mouse in the island of Cyprus in 2006, Mus cypriacus Cucchi et al., 2006, proved how little we know about the Cyprus small mammal fauna. In order to study the two mouse species of the genus Mus occurring in Cyprus, two geographically distant and ecologically different areas were investigated. The first of these areas lies on Mt. Troodos, in abandoned fields near the forest edge, and the second is situated in the Famagusta area, in farmland with sparse shrub vegetation. In the context of this study, we conducted samplings for five sampling periods, (spring 2008 - spring 2009). The aim of this study was to determine the existence or not, of the two species in both areas and to check their ecological preferences. So far, it is known that Mus cypriacus seems to be absent from areas with strong anthropogenic pressure such as the overexploited agricultural fields, human dwellings and farms in the Mesaoria plain (which includes our second study area) where the House Mouse, Mus musculus domesticus, is almost exclusively dominant. As far as the altitudinal distribution range of Mus cypriacus is concerned, it has been reported mainly on Troodos mountain and the adjacent regions, on altitudes between 300-900 m. Since the taxonomic distinction between the two Mus species in our material was not always safe, on the basis of traditional morphological characters, we conducted mtDNA analyses. The mitochondrial DNA (mtDNA) control region was sequenced from 44 mice collected from both studied areas. In addition, analysis of shape variation of cranial characters (venral and dorsal view) and outline analysis of dental characters (outline of first upper molar, M1) was conducted using Geometric Morphometrics and Elliptic Fourier Analysis (EFA). Our results suggest that Mus cypriacus inhabits a wider range of habitats than it was known, as it was collected not only in more natural areas but also in areas with strong anthropogenic pressure, such as farmlands, abandoned fields and other rural areas. Moreover, we revealed that this species has a more expanded altitudinal and horizontal geographical range, given that it was found from 44 m (Paralimni, Mesaoria plain) to 1015 m (Kato Platres, Mt Troodos). The sequence analysis of a part of the D-loop region of mtDNA region revealed that the values of intra-genetic distance calculated for Mus musculus domesticus populations are greater than the ones calculated for Greek populations of the species. In many cases, the intra-genetic distances were greater than the inter-genetic distances. The low percentage of inter-population genetic diversity observed indicates that the populations examined differ slightly on genetic basis since there is substantial genetic flow among them, possibly due to genetic drift and active migration or passive transportation. The values of nucleotide and haplotide diversity were among the greatest ones reported from similar studies. The presence of ancestral polymorphisms in combination with the genetic drift are accountable for the high levels of polymorphism of the two Mus species in Cyprus. According to our results, Geometric Morphometrics and Elliptic Fourier Analysis (EFA) for both cranial and dental characters resulted in a clear discrimination of the populations. These two characters were found to be suitable for discrimination for both species inhabiting Cyprus.