Στα πλαίσια της συγκεκριμένης μεταπτυχιακής εργασίας μελετήθηκαν αλγόριθμοι και εργαλεία σχεδίασης φαρμάκων με τη βοήθεια Η/Υ που υπάρχουν στη διεθνή βιβλιογραφία. Η μελέτη εστιάστηκε σε αλγορίθμους ανάκτησης πιθανών φαρμακοφόρων μορίων από Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων (search algorithms for virtual ligand screening), με χρήση της μεθόδου μοριακής αναγνώρισης (docking method). Η μέθοδος αυτή προσπαθεί να εντοπίσει μικρά μόρια-προσδέτες τα οποία ταιριάζουν, όσο το δυνατόν καλύτερα, στην κοιλότητα πρόσδεσης των μακρομορίων-στόχων που μας ενδιαφέρουν. Το ταίριασμα στηρίζεται στην ικανοποίηση: - γεωμετρικών κριτηρίων, τα οποία ελέγχουν την συμπληρωματικότητα στις δομές (σχήματα) των μορίων που επιδιώκουμε να ταιριάσουμε, και - ενεργειακών κριτηρίων τα οποία εξασφαλίζουν ότι αναπτύσσονται οι βέλτιστες αλληλεπιδράσεις μεταξύ των εμπλεκόμενων μορίων. Στόχος της διπλωματικής εργασίας ήταν η σχεδίαση ενιαίου πλαισίου αξιολόγησης των σχετικών εργαλείων και αλγορίθμων σχεδιασμού Φαρμάκων, ώστε να αποτελέσει βάση για περαιτέρω έρευνα, εντοπίζοντας ανοικτά προβλήματα ή/και προτείνοντας πιθανές βελτιώσεις. / In this dissertation algorithms and tools for computer-aided drug design that are available in the international bibliography were studied. The study focussed on virtual screening search algorithms and tools using the docking methodology, which locates small molecules (ligands) with optimal fit in the binding cavity of the target macromolecules of interest. Fit is based in the fulfilment of: - geometric criteria, which check for structural complementarity of the molecules involved and - energetic criteria, which check for optimal interactions between the molecules. The goal of this study was to develop an evaluation context for tools and algorithms used for computer-aided drug design in order to be used as the basis for further research and help us proposing possible improvements or addressing open problems.