Ο σκοπός της παρούσας διπλωματικής εργασίας ήταν να διερευνήσει την ενδεχόμενη συσχέτιση του γενετικού πολυμορφισμού -308 (G→A) του προαγωγέα (promoter) του γονιδίου του TNFα με την κλινική υποτροπή ή αγγειογραφική επαναστένωση, σε 40 Έλληνες ασθενείς μετά από αγγειοπλα-στική των στεφανιαίων αρτηριών (PTCA). Στη μελέτη περιελήφθησε και ένας πληθυσμός 30 υγιών μαρτύ-ρων. Η παρούσα μελέτη αποσκοπούσε ακριβώς στο να διερευνήσει τη συχνότητα της κλινικής υποτροπής ή αγγειογρα-φικής επαναστένωσης 6-8 μήνες μετά από PTCA, σε πληθυσ-μούς της περιοχής μας σε σχέση με το γονότυπο των ασθενών αυτών για το παραπάνω γονίδιο. Η πλειοψηφία των ασθενών 95% (38/40) ήταν ομόζυγοι για τον άγριο τύπο W του αλληλομόρφου και είχαν τον γονότυπο WW, 5% (2/40) ήταν ετεροζυγώτες WM, ενώ δεν ανευρέθησαν ομοζυγώτες MM για τον πολυμορφισμό. Στο δείγμα των 30 υγιών μαρτύρων, 90% (27/30) ήταν ομόζυγοι για τον άγριο τύπο W του αλληλομόρφου και είχαν τον γονότυπο WW, 10% (3/30) ήταν ετεροζυγώτες WM, ενώ δεν ανευρέθησαν ομοζυ-γώτες MM για τον πολυμορφισμό. Αγγειογραφική επαναστέ-νωση συνέβη σε 7 (οι 6/7 ασθενείς έχουν WW γονότυπο και ο 1/7 έχει τον WM γονότυπο) από τους 40 ασθενείς. Στην παρούσα μελέτη, δεν παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική συσχέτιση του -308 γενετικού πολυμορφισμού του TNFα με την αγγειογραφική επαναστένωση ή την κλινική υποτροπή μετά από αγγειοπλαστική των στεφανιαίων αρτηριών (PTCA), δείχνοντας ότι ο -308 γενετικός πολυμορφισμός του TNFα δεν είναι από μόνος του ένας βασικός παράγοντας κινδύνου, τουλάχιστον στον Ελλαδικό πληθυσμό με στεφανιαία νόσο. Βέβαια, τα αρνητικά μας ευρήματα σχετίζονται άμεσα με τη χαμηλή συχνότητα εμφάνισης του συγκεκριμένου πολυμορφισμού στους διάφορους πληθυσμούς, αλλά και με τον πολύ μικρό αριθμό ατόμων των παρατηρήσεων. / A follow-up study was conducted to investigate whether -308 genetic polymorphism of TNF-α gene was associated with the increased risk of restenosis in 40 Greek coronary artery disease patients undergoing coronary angioplasty and stent implanta-tion. For comparison of genotype frequency, a control group of 30 asymptomatic individuals was also studied. The end-point of the current study was the incidence of restenosis at 6-8 months of clinical follow-up. The majority of patients (38/40) had the WW genotype (homozygous for the wild-no polymorphic type allele) and only 2/40 patients had the WM genotype (heterozygous). Patients homozygous for the polymorphism (MM genotype) were not found. The frequency distribution was not different from that of the control subjects. Restenosis occurred in 7 of the 40 patients. In the population studied, -308 genetic polymorphism of TNF-α gene was not found to predispose patients to an increased incidence of restenosis. Nevertheless, these findings should be considered as preliminary, taking into account the small number of patients that were studied and the rarity of the -308 genetic polymorphism of TNF-α gene.

Σκοπός της παρούσης διατριβής είναι να προτείνει ένα τυπικό πλαίσιο για μια μεθοδολογία ανάλυσης που να ενσωματώνει ποσοτικά, και λειτουργικά δεδομένα και στοχεύει στο σχεδιασμό πειραμάτων για την επιβέβαιωση μεταγραφικών παραγόντων που δεσμεύονται σε ένα λειτουργικά ενεργό μοτίβο στον υποκινητή γονιδίων. Το πλαίσιο αυτό που βασίζεται στη Bayesian πιθανοκρατική θεωρία όπως αυτή θεμελιώνεται στη θεωρία λήψης αποφάσεων, εφαρμόζεται σε ένα πρόβλημα από το ερευνητικό πεδίο της ανοσοβιολογίας. Συγκεκριμένα μελετούμε την ανίχνευση μεταγραφικών παραγόντων που ενέχονται στην αρνητική ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης κατά τη διαδικασία ενεργοποίσης των Τ λεμφοκυττάτων. Η υιοθέτηση του προτεινούμενου πλαισίου σμιλεύει μαι αυστηρή διαδοχή διεξαγωγής in vitro και in silico πειραμάτων που ξεκινά από τεχνικές μαζικής ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης, περνά μέσα από βάσεις δεδομένων μεταγραφικών παραγόντων και μέσω πειραμάτων ηλεκτροφορητικής κινητικότητας (Electromobility Shift Assays) στοχεύεται στην επιβεβαίωση που προσφέρουν τα πειράματα διαμόλυνσης (transfection and reporter assays). Κατά την τυποποίηση της λογικοφανούς αυτής προσέγγισης ανακύπτει ένα από τα γνωστότερα προβλήματα της εφαρμοσμένης στατιστικής, το πρόβλημα των "δύο μέσων όρων" ή πρόβλημα Behrens-Fisher. Για τη λύση αυτού του προβλήματος προτείνονται νέα μαθηματικά εργαλεία τα οποία αξιοποίηθηκαν για την κατασκευή αντίστοιχου λογισμικού. Με την εφαρμογή αυτών των εργαλείων στο εφαρμοσμένο ανοσοβιολογικό πρόβλημα προέκυψε μια μη αναμενόμενη σχέση μεταξύ δυο φαινομενικά μη συνδεόμενων συστημάτων¨των γονιδίων των κυτταροκινών και του ιού HIV. Μέσω της περιγραφόμενης μεθοδολογίας κατέστη εφικτή μια υποθεσο-εξαρτώμενη προσέγγιση σε ένα σημαντικό πρόβλημα το οποίο δεν ήταν δυνατό να λύθέί με κλασσικές βιοχημικές τεχνικές λόγω τεχνικών δυσκολιών / The current disertation concerns the description of a formal framework and an analytic methodology which aims to validate transcription factors controlling gene expression through functional and quantitative data. This Bayesian decision theory inspired framework is applied to a specific immunobiological problem. The problem targetted was the discovery of transcriptional repressors implicated in the negative control of T cell activation. Adopting the proposed framework leads one to a staged experimental strategy which starts from high-throughput gene expression data and transcription factor databases and through Electrophoretic Mobility Shift Assays targets the design of transfection and reporter gene assays. The formalization of the proposed approach, led to one of the famous applied statistics problems i.e. the two means or Behrens - Fisher problem. In order to deal with the computational aspects of this problem, we applied a novel integral transformations and ported them to software. The application of these tools to the immunobiological problem led to an unexpected connection between two seemingly unrelated systems: cytokine gene protomers and HIV LTR. The proposed methodology enabled a hypothesis-driven approach to an important basic immunobiological problem which could not be solved by standard biochemical techniques.