在兩岸投資所得規定對台商投資架構之影響與風險方面，台商因應中國大陸新企業所得稅法實施，統一稅率25%及非居民企業股息匯出10%稅率，及台灣對中華民國境外來源之股利所得併入營利事業所得稅課稅，台商為減少租稅負擔及延緩課稅，均將投資架構調整為間接投資方式，甚或透過租稅互抵國家採雙層或三層控股方式以延緩所得稅及降低稅負。 在兩岸企業所得稅租稅優惠對台商租稅規劃之影響方面，由於新稅法統一內、外資適用之稅收優惠，適用對象以產業優惠為主，區域優惠為輔為原則，另對於取消稅收優惠的老企業給予過渡期，台商面臨中國大陸租稅環境之改變，由於台商過去投資中國大陸大都藉助其勞力成本較低，因此未來較難符合其稅收優惠政策，租稅成本因而增加，台商為維持在中國大陸之競爭力，除將生產基地往外移勞力成本更低廉之印度或越南外，僅能西進其區域優惠為輔之地區，或調整在中國大陸企業之定位，藉以降低中國大陸企業之利潤。 在兩岸企業所得稅法反避稅規定對台商之影響與稅務風險方面，由於兩岸移轉訂價制度之實施，台商過去為減少納稅，透過營運規劃而將利潤保留在境外免稅天堂或低稅負區，若整體稅負低於兩岸法定稅率太多，在兩岸反避稅規定及實質課稅原則下，將面臨極高之稅務風險。 透過對在台灣或香港已上市之台商分析，兩岸租稅環境之改變，對台商經營決策在投資架構、投資方式、營運流程規劃及移轉訂價策略規劃等決策影響，並探討台商因應之道，建議應遵循稅法規定，包括帳務處理正確性及合規申報，回歸經濟實質之營運流程及交易模式，而非透過不合商業目的的安排減少稅負，正視稅為企業重要經營成本，強化企業體質提升營運效率，俾利永續經營。