日本對調查的概念始於明治維新的西洋經驗，欲以完整的調查統計作為掌握國情的基礎，也對外宣示其一掃積弊脫亞入歐的決心，對殖民地的研究也是取法西方殖民國家。1871年牡丹社事件發生後，日人決定對台灣出兵，開啟日人直接調查台灣的序幕，1895年日本領台後初行軍政，對台灣內部進行調查稱為「機密報」，是日人對台灣舊慣宗教首次較具系統的記載。 日治初期，日本佛教各教派亦隨之傳入台灣，在台灣各地設置布教所和說教所傳教，藉此擴張勢力，官方進行「社寺、廟宇、教務所等數量及傳教狀況」調查工作，雖此次調查目的是為確認日本佛教在台灣發展之狀況，但此時日本佛教勢力尚未完全建立，地方回報之宗教狀況仍以舊慣宗教為主。訓令二二○號頒布〈關於社寺申報書之處理〉，是在統一社寺、廟宇登記之手續，以確實管理台灣社寺、廟宇，官方又發布社寺廟宇臺帳更新樣式，主要針對舊慣宗教製作，表格樣式將舊慣宗教區分為社寺廟宇、齋堂、神明會三個樣式，台帳共計八個表格，調查宗教消長情形提出相關報告。 《臺灣慣習記事》有第一手的、來自調查者對台灣舊慣宗教的報導。臨時台灣舊慣調查會最重要的一部著作是岡松參太郎主筆的《臺灣私法》，《臺灣私法》中最重要的並非關於台灣舊慣寺廟的調查結果，而是岡松賦予這些資訊新的解釋，也就是法制化的定位。 1915年，西來庵事件發生，官方體認舊慣信仰中的迷信成分，對國家治安危害甚鉅，事件尚未結束便通令各地方對舊慣宗教作一調查，緊接著設置社寺課，將神社和宗教分離，進入台灣宗教法規整備時期。寺廟調查由各地方公學校負責，教員們對舊慣寺廟的看法不一，他們雖認同舊慣寺廟凝聚鄉民共識、勸人向善的好影響，也不諱言此實為智識低下者之迷信。更有論者提出，為將台人涵化為具日本國民性之人民，首要便是要改革舊慣宗教，並朝著導正台人正確的宗教信仰而努力。1919年，丸井圭治郎集結數年來的調查成果，撰寫《臺灣宗教調查報告書》第一卷，且於社寺課設置之後，在課內成立一倡導佛教改革之非官方組織南瀛佛教會，促進佛教組織的變革，倡導破除迷信。