在共產主義體制下，中國社會各部分皆無法擺脫政治力量的滲透，必須接受人民政府的動員，投入各種政治任務中。作為人民團體之一的基督教界，亦無法免除履行中共政治要求的義務。中共建國之初，即根據對國內外政治局勢，及敵我力量對比的評估，申明打倒「帝國主義」、「封建主義」及「官僚資本主義」等「三大敵人」為首要政治目標，並據此發動全國性政治運動，藉此鞏固政權，樹立其不可挑戰的統治權力。由統治者的觀點出發，與當前須對付的主要矛盾——「三大敵人」有密切聯繫的基督教界，也必須透過向其中的「敵對階級」鬥爭之過程，來適應新中國、新社會的形勢，因此中共在取得政權之初，即對基督教提出切斷與外國勢力的關係，實踐「反帝愛國」任務的要求。為達改造基督教的目標，中共拉攏吳耀宗等認同社會主義道路的基督教人士，配合官方意志而發起「三自」運動，欲將所有更正政教信徒納入政府為其預定的前進軌道。在「反帝愛國」統一戰線範圍中，基督教的發展方向自始即受政治形勢的制約。中共建國之初基督教政策相對較為寬鬆，但韓戰的爆發則催促了革新運動的腳步，朝向激進化發展。在抗美援朝及鎮壓反革命二大運動結合的政治氣氛下，政府大力動員全國人民，針對美帝侵略陰謀罪行，及反革命分子顛覆活動展開控訴運動。對基督教問題而言，政府利用了此一時機，亦針對全國教會發動大規模的群眾控訴運動，要求中國基督徒擺脫並肅清外國勢力在中國教會內的一切影響。在「處理接受美國津貼的基督教團體會議」（又稱「北京會議」）上，政府官員及以吳耀宗為首的三自骨幹人物示範控訴運動的模式，繼而推行至全國各教會團體，全面展開。 在1951年基督教界控訴運動的發展方面，上海為政府眼中「帝國主義」勢力強大的地區，故在控訴運動中首當其衝。從中共意識型態角度而言，中國基督教之本質與「帝國主義文化侵略」無法分割，因而不論是長久以來接受外國津貼的宗派教會，或一向實行三自本土獨立教會團體如靈糧堂、靈工團、及影響力與規模更大之耶穌家庭、上海基督徒聚會處，皆無法免除接受整風改造的命運。在控訴運動推行過程中，多數重要基督教組織在宗教事務處及三自會介入操作下，清除了政治立場、觀點有問題者，使中共黨政得以確立其對各教會團體之領導權。然而仍有包括聚會處在內的本土自立教會，對三自運動持懷疑甚至抗拒態度。再者，許多不滿黨政力量干涉教會事務運作之公會信徒或傳道人，將其宗教信仰活動轉入地下，促使家庭教會勢力迅速增長。這些公開、地下教會組織及「自由傳道人」在1953年以後，逐漸遭受政治力壓迫。在1954年7月下旬第一屆「中國基督教全國會議」於北京召開，正式確立三自運動之名稱，將原先的「革新」改為「愛國」，促使基督徒體認到加入三自的必要性。最後有關當局又藉由1955年「胡風事件」掀起的全國「肅反」運動，將反三自之教會人士以「反革命集團」罪名加以整肅。1955年10月29日，中共正式宣佈凡三自管理範圍外之基督教活動皆為非法，在上海基督徒聚會處進行整風鬥爭，並在其內部進行改組，正式納入三自管轄中。該會的「新生」，可說確立了中共對教會發展方向的主導地位。