本研究以教育部「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」為例，以全國164所大學院校為研究對象，採用其95學年度至97學年度中之資料，利用兩階段分析方法，第一階段利用資料包絡分析法，估計各大學院校在固定規模報酬、變動規模報酬與規模效率下之效率值；第二階段則採用Tobit迴歸模型，探討教育部提供之補助款與多項解釋變數對各大學院校辦學績效的影響如何。 研究結果顯示，就效率值方面來看，95年度之效率值相對最高，且有逐年遞減的情況，至97年度達最低值；另外，有獲得教育部「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」之補助款的大學院校，其效率值相對於未獲得補助款之大學院校效率值高，表示計畫實施3年以來有一定的成果。 第二階段Tobit迴歸分析方面，顯示「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」中有關國際一流大學部份之補助款對大學院校之辦學績效有正向的影響，補助款越多，可提升大學院校之辦學績效；然而，頂尖研究中心之補助款與大學院校辦學績效之間卻呈現負向關係，表示教育部此項補助款越多，將會降低大學院校辦學績效，或許政府應思考此項補助計畫之必要性，以避免造成不必要之浪費。