第一章「緒論」，內容在敘述本論文之寫作動機與目的、研究範圍與方法，並且整理前人研究的成果，以點明本文所欲進行之方向。 第二章「生平與思想背景」，首先介紹張純甫的家世背景、生平事蹟以及著作；接著再從張純甫所處的臺灣儒學環境、政治因素，以及外來文化衝擊等三方面，從中找出其思想形成與之間的相關性。 第三章「在經學上的研究與反思」，主要是從張純甫在經學方面的研究著作：《是左十說》、《孝經同倫解》、〈孔子之說孝〉及其他成果來進行分析，以了解其經學觀、經世致用的目的以及治經的成果與主張。 第四章「延續國族文化的史學研究」，主要是從張純甫在史學方面的研究著作：《漢族姓氏考》、《古今人物彙考》、《詠史雜詩》，以及其他詩文集中所呈現對歷史人物或歷史事件的評論等成果來進行分析，以了解其史學觀、治史態度與原則和治史的成果，並從中作出評價。 第五章「對儒墨內涵之分判比較」，主要是以張純甫的《非墨十說》為本，來了解其對墨學思想的檢討、儒墨兩家思想的分析與比較情形，並透過與同時代的陳柱、連橫和黃純青等人的墨學研究相比較，說明其堅主儒家本位的時代意義。 第六章「對社會的關注與省思」，主要是從張純甫在詩文集中所呈現對當時社會風氣轉變所作的評論，以了解其關心民生，強調教化之功的用心，展現純乎儒者的應世態度。 第七章「評價與定位」，主要是針對上述內容中張純甫在學術研究上的各項表現提出評論；並且，試圖為張純甫在日治時期臺灣儒學研究上尋出其歷史定位；。 第八章「餘論」，除了總結本論文對張純甫儒學思想的研究心得之外，另外，則提出本論文中尚未能解決的問題，以留待後來進一步的研究。