跨境犯罪隨著國家間頻繁地交流而日趨增長，因此國際間跨國追訴犯罪的合作面臨極大挑戰，然而跨國調查取證時常遭遇效率不彰的問題，跨國取證的合作發展遠遠不及於跨國犯罪蓬勃滋生之腳步，因而該如何建立更完善的取證制度，用以促進各國間的相互合作為跨國調查取證之首要目標。除了效率之要求外，對於被告及犯罪嫌疑人之權利保障，以及境外證據證據能力的問題也是國際刑事司法互助面臨的問題，要如何避免被告及犯罪嫌疑人的相關權利在跨境追訴中被犧牲，不使之成為跨境追訴下的次等公民，以及如何確保跨境證據在請求國法院被採用而達到司法互助的目的？因此，本文主要以《歐盟刑事偵查令狀指令》為比較對象，介紹歐盟首度以單一立法規範國際刑事司法互助調查取證的《歐盟證據令》與取代《歐盟證據令》之《歐盟刑事偵查令狀指令》，了解歐盟法制如何規範國際刑事司法互助的調查取證，並討論《歐盟刑事偵查令狀指令》規範的完整性以及運作上面臨的挑戰。在了解外國法制後，反思我國在國際刑事司法互助的調查取證方法制上可以做如何的改善；在跨境證據的採用上，除了以傳聞法則作為篩選跨境證據的標準以外，我國實務是否還有其他管控機制；以及如何平衡被告對質詰問權的保障，最後，對於我國草擬的《國際刑事司法互助法》提出粗淺的看法與建議。