為滿足灌溉、公共給水、發電、防洪等多項功能，同時達到涵養水量、維護優良水質及確保水土保持工作等目的，便有水庫集水區、水源保護區的劃設與管理，並附帶對區域內的土地使用與開發行為加以限制。然而現階段水源保護區的土地使用管理制度，卻存在著許多問題，不但無法有效達到保護水源各目的，更使區域內的住民抱怨與抗爭不斷。 本研究以永續發展之「經濟效率」、「注重公平」與「環境整合」三理念出發，運用德爾菲技法－－專家學者問卷調查與分析，歸納出現階段水源區土地使用管理制度的相關課題，並以國外水源保護相關制度為借鏡，研議出符合永續發展理念的水源區土地使用管理制度，據此提出下列相關的改進策略作為政策上的建議： （一）土地使用管理方面 1、檢討現行水源區劃設方式。劃設方式應考慮各種有關土地使用的利益與需求，並將水源區置於國土計畫中合理位置，以進行保育方案的研擬與管理。 2、檢討現行水源區土地使用管制方式（管制事項內容、水源特定區土地使用管制要點等）使之臻於合理。 3、長遠而言，應以分級分區方式管理，並結合國土綜合開發計畫下的開發許可制進行管理。 4、研究訂定各分區之管理程度與等級，以績效標準、污染總量管制、水質監測等措施進行之。 （二）法令及管理機關方面 短期內應以修法方式檢討現行法令體系與管理組織機關的設計。長期而言，則應以訂定水源保護區管理專門法規（並考量與現行法規之整合）、設置水源保護專責管理機關（亦應考量與現行機關、地方政府之權限劃分）。 （三）回饋補償措施方面 1、水源保護既為必要，對於水源保護區居民土地使用受限之「特別犧牲」情況，必須給予合理補償。 2、修改《自來水法》12條之1，釐清回饋與補償的意涵。並將回饋金成立為基金、協助民眾參與地方建設。 3、協助地方建設的內容範圍應廣泛，且顧及水源區居民所需，考量社會福利、水源區振興及重建計畫。 （四）建立水源保護區廣泛與開放的民眾參與管道。