「秘密證人」之稱謂在我國法制上最早係源於81年7月29日修正之檢肅流氓條例（原名稱：動員戡亂時期檢肅流氓條例）第十二條，然在司法院釋字第三八四號解釋以侵害被告對質詰問權為由將其宣告違憲後，秘密證人制度之存廢遂成為一大爭議。事實上，如從證人保護觀點將秘密證人制度理解為一種受危害證人之保護措施，在我國許多附屬刑事訴訟法例如組織犯罪防制條例、證人保護法等規定中，仍處處可見其影子；另一方面，在司法院釋字第三八四號、第五八二號、第六三六號解釋相繼問世，被告的對質詰問權已確定成為憲法基本權之保障範疇，而日益受到重視，然而，秘密證人制度與被告對質詰問權的衝突也愈趨明顯；本文認為，當被告的對質詰問權愈受到重視，證人權利的保護亦應相對地受到更多關注。基此，本文擬從秘密證人保護制度的法理基礎出發，從憲法的人性尊嚴、基本權利保障、國家保護義務及基本權衝突等觀點，尋找秘密證人保護制度之法理依據；另考察外國立法例，如德國法的三階段保護理論、歐洲人權法院的秘密證人相關案例等比較法上秘密證人的相關規範及實務見解，透過其與我國秘密證人保護制度的比較，檢討我國秘密證人保護制度待改進之處，並觀察歐洲人權法院判決在秘密證人相關案例上之見解，尋找秘密證人保護與被告對質詰問權的調和方向，進而對我國現行法有關秘密證人的規範如何解釋適用等問題嘗試提出解決之道，再評析我國實務見解，俾在現行法規範架構下謀求個案正義的實現，最後再針對我國秘密證人保護制度的問題提出立法論上的建議。