本研究以證券交易所得稅停徵（所得稅法第4 條之1）與實質課稅原則為中心，蒐集民國95 至97 年度最高行政法院判決書，區分為綜合所得稅與營利事業所得稅，針對判決書之爭點予以統整分析，將爭議型態類型化，並以案件數最多之爭議型態進行法官、財政部發布函釋與大法官會議解釋之統計分析。 研究結果顯示，綜合所得稅有關證券交易所得稅停徵與實質課稅原則之最高行政法院判決書，就公司處分固定資產溢價收入轉列資本公積，先增資、後減資並無償配發股票與自然人股東，應予課徵營利所得之爭議案件，佔本研究資料範圍之九成。營利事業所得稅部分，案件最多之爭議類型有四種：一、依實質課稅原則認定係屬「以買賣有價證券為專業」之營利事業，其應稅收入與免稅收入應如何攤計費用？二、認購售權證相關費用攤計如何認列？三、信託投資事業與相關利息收入如何列計？四、股票股利、短期投資、長期投資與長、短期投資轉列時，有關未分配盈餘加項或減項應如何列計等爭議。 次針對上述爭議類型，進行現行規定之探討，研究範圍內部分案件已列入司法院大法官人民聲請案件審查會待審案中，亦有相同爭議之案件業已提出大法官會議解釋，於日前經審查會作成不受理決議。 本研究以最高行政法院判決書為研究範圍，並以證券交易所得稅停徵暨實質課稅原則於實務之運用，縱向將爭議案件予以分類整理，橫向歸納各爭議類型現 行狀態，涉及人民行政救濟之最後訴訟階段為最高行政法院，例外得依司法院大法官審理案件法第5 條第1 項第2 款聲請大法官會議解釋，涉及納稅者權利保障事項，最重要者為行政法院訴訟階段，本研究針對主要爭議類型之案件，就承審法官予以統計，為保障納稅者之權利，本研究建議未來修法應成立「專業財稅法庭」以及設置「稅法實務問題研究委員會」。