水庫與山稜線所圍成之特殊地理空間稱為水庫集水區，而水庫集水區與水庫水源之狀態關係非常密切，保育水庫應從保護水庫集水區開始。水庫集水區內的自然資源以均土地為生存、活動之承載，所有活動之結果最終也都會作用於土地之上，因此土地重要性不容忽視，並應以其整合相關事務的運作。 目前主要以水利法以水保法處理水庫集水區面之問題，但事實上二法規皆未能有效觸及土地管理，遂有導入土地管理制度的必要。土地管理主要由空間計畫構成，其功能為根據空間特性、限制與未來發展目標，並綜合考量各部門的空間發展需求，進而配置與管制空間的土地使用，故協調整合其他機關的機制遂顯重要。現行區計法具備協調其他部門的機制，但因缺乏強制規範，間接強化行政機關間疏於連絡之情況，若能有效執行相關規定，或得強化行政機關間的鏈結，俾整合水庫集水區管理相關事務之進行。要言之，本研究認為現行制度並非不能處理水庫集水區之問題，應以綜合計畫為基礎，整體配置、控管空間的使用型態，進而由水利、水保各依其專業從事相關管理措施。關於這部分，得以流域區域計畫等特定區域計畫的方式完成。 再者，關於執行面，主要根據經濟部訂定之《水庫集水區治理權責暨有關事項處理原則》，但從行政管轄與權限的法理面觀察，上開處理原則關於河川野溪與水土保持的治理權責分工，並不完全符合原水利法與水土保持法的授權內容，實有檢討改進的必要。 綜言之，水庫集水區管理須符合空間特性方能對症下藥，同時亦須在符合行政組織法理基礎的前提下進行，未來應以空間計畫為基礎，強化相關部門間的橫向整合，俾共同朝向水資源保育之目標邁進。