Lors d'une étude en santé environnementale il est primordial pour les chercheurs de connaître et de comprendre les relations entre la santé des populations et l'environnement dans lequel elles évoluent. Notre évaluation des étapes actuelles d'acquisition de données en santé environnementale nous a permis de constater qu'aucune méthodologie d'acquisition n'introduit systématiquement les références spatiales et temporelles lors de leur collecte. Nous estimons que la référence spatio-temporelle complémentaire à une procédure d'acquisition standardisée permettrait de donner un sens nouveau aux données hétérogènes, en les transformant en informations utiles à une plus large communauté d'utilisateurs. Nous avons donc défini une procédure d'acquisition de données spatio-temporelles. Cette procédure formalise, via une interface cartographique disponible sur un ordinateur de poche, le positionnement par GPS ou par toponyme d'échantillons utiles aux études en santé environnementale. De plus, elle automatise le peuplement de la base de données et s'assure de l'intégrité du lien entre l'identifiant de l'échantillon, le lieu et le moment de son acquisition jusqu'au rattachement des résultats d'analyses en laboratoire. Les données sont ensuite transférées et stockées dans une base de données multidimensionnelle (via un SOLAP) et accessibles par Internet. Ceci permet le partage direct des informations à d'autres chercheurs en environnement. La procédure a été implantée et mise à l'épreuve dans le cadre de la première mission du laboratoire mobile Atlantis. Cette mission s'est déroulée aux Bermudes et a permis aux spécialistes en environnement de collecter des échantillons d'eau, de sédiments, de pétoncles et de tissus humains (sang au cordon ombilical et placenta) à l'aide de cette procédure. Les chercheurs ont manifesté beaucoup d'enthousiasme et nos premiers tests montrent que la procédure d'acquisition est conviviale et qu'elle a été d'une grande utilité pour les spécialistes en facilitant leur collecte de données. De plus, il est clair que cette procédure basée sur un référentiel spatial commun favorise le partage des données à la base hétérogènes (toxicologie, microbiologie, chimie) pour parvenir à une analyse réellement intégrée.

L'étude du processus actuel d'acquisition, de gestion et d'analyse des données, en particulier de la donnée géospatiale, sur un chantier de fouille archéologique, met en évidence des lacunes importantes : imprécision, lenteur, redondance, etc. Le SIG apparaît pour beaucoup comme une solution utile et pertinente. Pourtant, si les SIG soulèvent l'enthousiasme de la communauté archéo-informatique, les archéologues de terrain se montrent quant à eux beaucoup plus prudents, voir réticents, à l'idée d'introduire ces technologies sur les chantiers. Ce constat est à la base du questionnement général de cette recherche. Il relance la discussion sur la manière d'introduire efficacement les savoir-faire géomatiques au sein d'une organisation, ici plus spécifiquement au sein d'un chantier de fouille archéologique. L'objectif de cette recherche consiste à montrer que la conception et le développement participatif d'une solution logicielle géomatique nomade peut soutenir efficacement la géomatisation ± acceptée ¿ du processus d'acquisition des données lors de la fouille. Un prototype logiciel, baptisé Arch-Tablet, a ainsi été conçu et développé suivant une démarche participative centrée sur l'utilisateur. Il a ensuite été testé auprès des archéologues de Parcs Canada, en charge de la fouille du site de l'ancien château de St-Louis, situé sous les planches de la terrasse Dufferin, à Québec. Ces derniers ont accepté de s'investir comme partenaires du projet Archéogéomatique en général et de cette recherche en particulier, en nous accordant un droit de visite sur leur chantier et en nous consacrant, à la demande, un peu de leur temps. Des tests ont été menés sur le terrain dans un premier temps, puis en laboratoire dans un second temps. Les résultats obtenus démontrent, d'un point de vue technologique, que la solution répond efficacement aux différentes faiblesses qui avaient été préalablement identifiées au niveau du processus actuel d'acquisition des données. Par ailleurs, d'un point de vue méthodologique, les commentaires recueillis auprès des archéologues démontrent clairement que la solution a été bien acceptée sur le plan humain. L'alternative proposée par cette recherche s'avère donc prometteuse.

Cette étude avait pour but d’inventorier la flore fongique associée aux symptômes observés sur les organes de Ricinodendron heudelotii (Baill.) Pierre ex Heckel au Cameroun dans une perspective d’agroforesterie. De manière spécifique, il s’est agi de : 1) dégager les atouts et les contraintes agroforestières de R. heudelotii au Cameroun en identifiant des thématiques de recherche à venir pour cette essence; 2) identifier les contraintes de germination de cette essence et d’y apporter des solutions; 3) caractériser, du point de vue phénotypique, quelques champignons présumés pathogènes chez R. heudelotii; 4) vérifier le pouvoir pathogène (postulats de Koch) de ces champignons présumés pathogènes et 5) tester l’efficacité de quatre fongicides de synthèse contre les maladies foliaires des plantules de R. heudelotii en pépinières. La dormance tégumentaire, la durée de conservation des graines et les maladies sont les contraintes de germination chez R. heudelotii. Les recherches menées dans les bases de données publiques en utilisant l’algorithme BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) et les séquences du gène de l’ADNr cloné (PCR) des 350 isolats collectés ont montré que plusieurs champignons d’importance phytopathologique colonisent les organes infectés de R. heudelotii au Cameroun. Le milieu de culture et la température d’incubation ont affecté les caractéristiques phénotypiques (pigmentation et vitesse de croissance du mycélium, concentration de conidies) des champignons présumés pathogènes chez R. heudelotii à savoir Pestalotiopsis microspora, Lasiodiplodia theobromae et trois individus du taxon Fusarium oxysporum (F. oxysporum ZB049F, F. oxysporum ZB164T et F. oxysporum ZH121F). Ces cinq champignons se sont révélés pathogènes sur les organes détachés et les plantules de R. heudelotii en laboratoire; leur agressivité chez l’hôte a varié d’une espèce fongique à l’autre. Les préparations commerciales de fongicides Plantomil 72WP (60% d’oxyde de cuivre et 12% de métalaxyl) et Nordox 75WG (86% d’oxyde de cuivre) ont permis de lutter efficacement contre les maladies foliaires dues à P. microspora et L. theobromae. Compte tenu de la grande diversité des espèces dans le taxon F. oxysporum et de l’importance phytopathologique de F. solani, l’identification moléculaire plus poussée et complète des individus de ces espèces isolés chez R. heudelotii est à envisager. / The work described in this thesis was conducted in order to identify the fungal species that are associated with infected organs of Ricinodendron heudelotii (Baill.) Pierre ex Heckel in Cameroon in the perspective of agroforestry. Specifically, objectives were to: 1) identify the advantages and constraints of R. heudelotii for agroforestry in Cameroon and suggest some future research topics for this species; 2) identify germination constraints of R. heudelotii and provide solutions; 3) characterize morphocultural parameters of some suspected pathogenic fungi of R. heudelotii; 4) verify Koch’s postulates for these suspected pathogens; and 5) test the efficacy of four synthetic fungicides against foliar diseases of R. heudelotii seedlings in nurseries. Seed coat dormancy, duration of storage and diseases were the major factors that affected germination in R. heudelotii. Research in the public databases using the BLAST algorithm (Basic Local Alignment Search Tool) and cloned rDNA sequences of isolated fungi (350 isolates) showed that several fungi of phytopathological interest colonized infected organs of R. heudelotii in Cameroon. Culture medium and temperature affected the phenotypic characteristics (pigmentation of the mycelium, growth rate and conidia concentrations) of suspected pathogenic fungi of R. heudelotii, namely Pestalotiopsis microspora, Lasiodiplodia theobromae and three species of the taxon Fusarium oxysporum (F. oxysporum ZB049F, F. oxysporum ZB164T and F. oxysporum ZH121F). These five fungi were pathogenic on detached organs and seedlings of R. heudelotii under laboratory conditions; their aggressiveness on the host varied from one fungal species to another. Fungicides such as Plantomil 72WP (60% copper oxide and 12% metalaxyl) and Nordox 75WG (86% copper oxide) were effective against foliar diseases caused by P. microspora and L. theobromae. Given the great diversity of species in the taxon F. oxysporum and the phytopathological importance of F. solani, further and complete identification of individuals of those species based on molecular markers should be considered.

Les plantations de teck ont de multiples avantages socio-économiques. Elles constituent de ce fait un secteur à bon potentiel, qui mérite d’être étudié convenablement pour en tirer un maximum de retombées. Malheureusement, la commercialisation du bois de teck au Bénin et sa rentabilité restent encore très peu connues. Cette situation entraîne la prise de décisions qui entravent le développement de l’activité. Une étude diagnostic du circuit de commercialisation et une évaluation de la rentabilité du bois de teck du Bénin dans les plantations industrielles ont donc été menées. L’objectif général du travail est de fournir une description détaillée de la filière du bois de teck dans les plantations industrielles de l’Office National du Bois (ONAB). Pour atteindre cet objectif, nous avons suivi trois étapes. Tout d’abord, nous avons procédé à une description de la filière du bois de teck de l’Office Nationale du Bois (ONAB) par l’entremise d’une revue de la littérature qui a permis de collecter des données secondaires. Par la suite, nous avons pris connaissance de la perception des professionnels du milieu forestier par rapport à la gouvernance de la filière afin de faire ressortir les difficultés qui freinent la filière. Pour ce faire, nous avons réalisé une enquête terrain et interrogé dix-neuf intervenants au total, répartis en trois catégories soit les acteurs directs, les acteurs d’appui et les acteurs indirects. L’analyse financière des plantations de teck de l’ONAB fût réalisée en se basant sur des coûts réels fournis par les agents de l’ONAB et en calculant la valeur actuelle nette. Une analyse de sensibilité de certains facteurs nous a permis d’établir une liste des facteurs qui ont une grande influence sur la rentabilité. Il s’avère que le prix du bois, le rendement du bois, le taux d’intérêt et le coût de production des plants de teck sont les quatre facteurs prépondérants dans la rentabilité des plantations de teck. En général, l’activité des plantations de teck est rentable. Cependant il est important de prendre ce résultat avec réserve.

Dans cette thèse nos contributions à la résolution de deux problématiques rencontrées en vision numérique et en photogrammétrie, qui sont le calibrage de caméras et la stéréovision, sont présentées. Ces deux problèmes font l’objet de très nombreuses recherches depuis plusieurs années. Les techniques de calibrage existantes diffèrent beaucoup suivant le type de caméras à calibrer (classique ou panoramique, à focale fixe ou à focale variable, ..). Notre première contribution est un banc de calibrage, à l’aide des éléments d’optique diffractive, qui permet de calibrer avec une bonne précision une très grande partie des caméras existantes. Un modèle simple et précis qui décrit la projection de la grille formée sur l’image et une méthode de calibrage pour chaque type de caméras est proposé. La technique est très robuste et les résultats pour l’ensemble des caméras calibrées sont optimaux. Avec la multiplication des types de caméras et la diversité des modèles de projections, un modèle de formation d'image générique semble très intéressant. Notre deuxième contribution est un modèle de projection unifié pour plusieurs caméras classiques et panoramiques. Dans ce modèle, toute caméra est modélisée par une projection rectiligne et des splines cubiques composées permettant de représenter toutes sortes de distorsions. Cette approche permet de modéliser géométriquement les systèmes de stéréovision mixtes ou panoramiques et de convertir une image panoramique en une image classique. Par conséquent, le problème de stéréovision mixte ou panoramique est transformé en un problème de stéréovision conventionnelle. Mots clés : calibrage, vision panoramique, distorsion, fisheye, zoom, panomorphe, géométrie épipolaire, reconstruction tridimensionnelle, stéréovision hybride, stéréovision panoramique. / This thesis aims to present our contributions to the resolution of two problems encountered in the field of computer vision and photogrammetry, which are camera calibration and stereovision. These two problems have been extensively studied in the last years. Different camera calibration techniques have been developed in the literature depending on the type of camera (classical or panoramic, with zoom lens or fixed lens..). Our first contribution is a compact and accurate calibration setup, based on diffractive optical elements, which is suitable for different kind of cameras. The technique is very robust and optimal results were achieved for different types of cameras. With the multiplication of camera types and the diversity of the projection models, a generic model has become very interesting. Our second contribution is a generic model, which is suitable for conventional and panoramic cameras. In this model, composed cubic splines functions provide more realistic model of both radial and tangential distortions. Such an approach allows to model either hybrid or panoramic stereovision system and to convert panoramic image to classical image. Consequently, the processing challenges of a hybrid stereovision system or a panoramic stereovision system are turned into simple classical stereovision problems. Keywords: Calibration, panoramic vision, distortions, fisheye, zoom, panomorph, epipolar geometry, three-dimensional reconstruction, hybrid stereovision, panoramic stereovision.

Les champignons ectomycorhiziens forment des symbioses racinaires avec des arbres des forêts boréales. Malgré leur importance dans cet écosystème, leurs exigences en matière d’habitat demeurent mal connues. Deux champignons comestibles, une chanterelle (Cantharellus cibarius var. roseocanus Redhead, Norvell & Danell) et la dermatose des russules (Hypomyces lactifluorum (Schwein.) Tul. & C.Tul. / Russula brevipes Peck.), ont été étudiés dans cette thèse. Trois expériences ont été menées en peuplements aménagés et non aménagés de pin gris (Pinus banksiana Lamb.). Cette étude visait à caractériser les paramètres environnementaux qui influencent la production de carpophores chez ces champignons, à déterminer l’impact d’une peturbation forestière sur ces derniers et à préciser l’importance de la phénologie du pin gris pour la fructification de C. cibarius var. roseocanus. Les résultats relient la distribution (présence/absence des carpophores) et la productivité (biomasse fraîche et densité des carpophores) de ces champignons à des paramètres du sol, du peuplement, de la végétation et du climat. L’aménagement de sentiers n’a pas augmenté la production de carpophores de dermatose des russules, mais l’a maintenu durant les périodes de faibles précipitations. La productivité de ce champignon présente des corrélations positives avec l’abondance de plantes intolérantes à l’ombre et l’ammonium extractible et négatives avec le pH du sol. La productivité de C. cibarius var. roseocanus s’équivaut entre le peuplement aménagé et non aménagé malgré l’absence de carpophores dans les sentiers du peuplement aménagé. L’association végétale Solidago puberula – Comptonia peregrina – Pinus banksiana et la présence de mousses représente un habitat propice à la fructification de cette chanterelle, alors que la présence de plantes éricacées la défavoriserait. Les précipitations et la température de l’air ont aussi un impact sur la quantité de carpophores. Le pic de fructification de C. cibarius var. roseocanus suit la transition du bois juvénile vers le bois mature. Durant la saison de croissance, la respiration du carpophore est synchronisée avec la respiration totale du sol et ces deux respirations sont corrélées avec les variations de températures du sol. Les résultats permettront de mieux prédire la distribution et la productivité de ces espèces en peuplements de pin gris. Ces connaissances contribueront au développement et à l’exploitation durable de cette ressource. / Ectomycorrhizal fungi form root symbioses with boreal tree species. Despite their importance in that ecosystem, their requirements in term of habitat remain unknown. Two edible mushrooms, a chanterelle (Cantharellus cibarius var. roseocanus Redhead, Norvell & Danell) and the lobster mushroom (Hypomyces lactifluorum (Schwein.) Tul. & C.Tul. / Russula brevipes Peck.) were studied in this thesis. Three experiments were conducted in managed and unmanaged jack pine (Pinus banksiana Lamb.) stands. This research aimed to characterize the ecological parameters related to the production of sporocarps of these fungi, to determine the impact of a specific forest disturbance on the latter and to specify the importance of jack pine phenology on the pattern of C. cibarius var. roseocanus carpophore production. Results allowed us to link the mushroom distribution (sporocarp presence/absence) and the productivity (fresh sporocarp biomass and sporocarp density) to specific soil, stand, plant and meteorological parameters. Trail management did not increase lobster mushroom carpophore production but maintained it during periods of reduced precipitation. Productivity of this fungus was positively related to the abundance of shade-intolerant plant species and to extractable ammonium concentration, and negatively related to soil pH. C. cibarius var. roseocanus sporocarp productivity was similar for the managed and the unmanaged stands despite the absence of carpophore on trails of the managed stand. The Solidago puberula – Comptonia peregrina– Pinus banksiana association and mosses presence indicated high-quality environments for chanterelle fructification, whereas ericaceous species presence restricted it. Rainfall and air temperature also had an impact on the carpophore productivity. The C. cibarius var. roseocanus fructification peak followed the earlywood–latewood transition within days. Over the growing season the carpophore respiration was in synchrony with the total soil respiration and these respirations were correlated to the soil temperature patterns. Results will enable the prediction of the distribution and the productivity of these species in jack pine stands. This knowledge will contribute to the sustainable development and use of this natural resource.

La participation des communautés autochtones à la foresterie est un enjeu important au Québec. Pour les communautés autochtones, le développement forestier représente des retombées économiques importantes qui peuvent permettre de réduire l’écart entre les conditions socioéconomiques de leur population et celles de la population non-autochtone. Conséquemment, la participation des autochtones à la foresterie a sensiblement augmenté au cours des dernières décennies. Le manque d’information actuellement disponible nuit toutefois aux efforts déployés pour soutenir et encourager les initiatives autochtones en foresterie. Afin de mettre en exergue certains facteurs qui facilitent ou qui limitent les initiatives entrepreneuriales autochtones en foresterie, cette étude explore le développement de l’entrepreneuriat forestier dans la communauté ilnu de Mashteuiatsh. Cette communauté est située dans la région du Saguenay-Lac-Saint-Jean. Le premier chapitre situe le projet dans le contexte forestier québécois. Le deuxième chapitre présente le portrait des entrepreneurs forestiers autochtones de cette communauté. Finalement, le troisième chapitre compare ces entrepreneurs autochtones à des entrepreneurs forestiers non-autochtones de la même région. Les résultats de notre étude montrent l’importance pour l’entrepreneur forestier autochtone du réseau social au sein de la communauté de Mashteuiatsh. Cette situation permet d’expliquer en partie les différences constatées lors de la comparaison des profils, des perceptions et des motivations des entrepreneurs forestiers de la communauté de Mashteuiatsh et d’un groupe d’entrepreneurs forestiers non-autochtones. Les entrepreneurs autochtones, contrairement à leurs homologues non-autochtones, semblent très optimistes quand à l’évaluation de leur sort actuel et avenir. / The participation of the First Nations in forestry is a fundamental issue in the province of Québec. For their part, First Nations are considering forestry as a lever to improve the socioeconomic conditions in their communities. Over the last decades, there has been an increasing participation of First Nations in the forestry sector. Unfortunately, little information is currently available on aboriginal community initiatives in regards to business creation. The main objective of this research is to identify key factors that favor or limit aboriginal business creation in forestry. This study first presents the development of forest entrepreneurship within the Ilnu community of Mashteuiatsh, located in the region of Saguenay-Lac-Saint-Jean. The first chapter situates this project in the broader context of Québec forestry. The second chapter draws a portrait of forestry entrepreneurs within this community. The third chapter compares these aboriginal forestry entrepreneurs to non-aboriginal forestry entrepreneurs from the same area. Ours results demonstrate the importance for the aboriginal forest entrepreneur of the social network of the Mashteuiatsh Ilnu community. This network contributes to the differences observed when comparing the portrait, the perceptions and motivations of forestry entrepreneurs within the Ilnu community of Mashteuiatsh to those of non-aboriginal forestry entrepreneurs. In addition, Aboriginal forest entrepreneurs seem more optimist than non-aboriginal entrepreneurs when evaluating they actual situation and future.

La productivité est influencée par des facteurs climatiques et non-climatiques temporaires ou permanents. Leurs effets varient dans le temps et dans l’espace et le fait d’assumer une sensibilité homogène de la productivité alors qu’elle est en fait hétérogène a des conséquences sur la capacité de prévision de la productivité forestière. Il existe des preuves des changements globaux, régionaux et locaux et la réponse en terme de croissance à ces variations dans la forêt boréale est diversifiée et dans certains cas contrastées. Il est donc nécessaire de surveiller constamment la croissance et la productivité et des études régionales sont donc nécessaires pour étudier les alternatives des procédures d'estimation de la productivité. Cette thèse a donc pour but de déterminer dans quelle mesure les changements dans le climat et les régimes de perturbations affecter la productivité du site dans les forêts boréales et tempérées septentrionales situées dans la province de Québec. Des données d’analyse de tiges ont été obtenues pour 32 peuplements dominés par le tremble dans un transect nord-sud couvrant 5 degrés de latitude, représentant un large gradient climatique avec différent dépôts du surface. La croissance en hauteur en temps réel y a été étudiée à l’aide du modèle de productivité de Plonski. Plus de 4000 placettes échantillons temporaires ont été obtenues dans des peuplements d'âges, de structures et de compositions différentes pour mesurer les effets rétroactifs de la végétation sur la productivité, qui résultent indirectement du climat et du sol. Le modèle de Pothier et Savard a ensuite été utilisé pour estimer l'indice de qualité de station du tremble dans des peuplements mélangés. Enfin, le dernier chapitre a utilisé le modèle aspécifique hauteur dominante-âge de Pothier et Auger. Les résultats du premier chapitre montrent que, dans les peuplements dominés par le tremble, la croissance en hauteur est surtout influencée par la somme annuelle des degrés-jours, avec un pouvoir prévisionnel aussi bon que celui obtenu avec des variables basées sur les processus. Un modèle qui suppose que certaines populations ont des réponses différentes au climat est meilleur, ce qui démontre que la sensibilité du tremble au climat n'est pas identique sur toute son aire de dispersion. Dans les peuplements mélangés, la structure du peuplement et la composition en espèces sont les principaux facteurs expliquant la productivité du tremble. Une interaction entre les facteurs du paysage et de la placette influence la productivité à l’échelle des placettes, suggérant qu'une approche de modélisation hiérarchique est plus appropriée. Enfin, puisque les changements de structure et de composition reflètent la dynamique de succession, il est déduit que les changements successionnels dominent la variabilité de la productivité dans les peuplements mélangés. Nos résultats semblent concorder avec l’idée fondamentale de l’existence d’une hétérogénéité (dans la productivité forestière) due aux interactions intra- et inter-specifiques qui produisent des structures capables de s’adapter dans le temps, comme le suggère le concept des systèmes adaptatifs complexes. / Forest productivity is driven by direct climatic and non-climatic factors which are transient or permanent in nature. Their effects vary through time and along spatial scales, thus assuming equal sensitivities across time and space where heterogeneous growth responses exist has consequences for the prediction of forest productivity. There is growing evidence of global changes, associated by rather diverse and in some cases contrasting changes in growth. It is necessary to constantly monitor growth and productivity and regional studies are therefore necessary to consider alternative productivity estimation procedures. This thesis was therefore aimed at determining to what extent global, regional and local changes in climate and disturbance regimes affect forest site productivity within eastern Canadian boreal and northern temperate forests located within the province of Québec. Stem analysis data was first obtained from 32 aspen dominated stands that spanned a 5-degree of latitude-wide transect representing a large climate gradient with different surficial deposit types in order to study real-time height growth. Plonki’s site index model calibrated from stem analysis data was used in estimating a height growth index for these 32 stands. Over 4000 temporary sample plots were also obtained from stands of varying age, structure and species compositional gradients in order to determine feedback effects of vegetation on productivity, which are indirect effects of climate and soil. A site index model calibrated from temporary sample plots (and currently used in Québec for growth and yield estimation) was used in estimating site index for mixed aspen stands. Finally, the last chapter of this thesis used an aspecific height-age relationship. Results of the first chapter show that within aspen dominated stands, height growth is mainly driven by the annual cumulative sum of growing degree days with an explanatory capacity as good as that of more complex processed-based variables. Also, aspen productivity in pure stands is better explained with a model that assumes that specific populations have different response functions to climate, demonstrating that climate sensitivity is not stable across a species’ geographic range. Within mixed species stands, stand structure and species composition are the major drivers of aspen productivity. Variability in productivity is better explained at the level of landscapes than stand-level. An interaction between landscape- and stand-level drivers influence stand-level productivity, suggesting that a hierarchical modelling approach is more appropriate than a single-level model. Since stand structural and compositional changes are dynamics that characterize stand succession, it is inferred that successional changes and not climate drive productivity in mixed stands, when measured with site index. Our results seem to concur with the fundamental idea of the existence of heterogeneity (in forest productivity) due to intra- and inter-specific interactions in a way that produces structures capable of adapting through time, as suggested by the concept of complex adaptive systems.

Depuis que les études des impacts des changements climatiques ont montré que le milieu marin pourrait être énormément fragilisé par la disparition de certaines espèces de sa faune et de sa flore, ainsi que par le vieillissement rapide de son infrastructure sous-marine, la recherche de systèmes d’observation robustes et continus est classée parmi les sujets de recherche les plus prioritaires des scientifiques. Généralement, l’observation de l’environnement et l’inspection des infrastructures sous-marines se font au moyen des capteurs imageurs tels que les capteurs optiques ou les systèmes acoustiques. Toutefois, ces outils souffrent de certaines limitations lors de leur utilisation. Les caméras optiques fournissent des données caractérisées par une bonne résolution permettant une interprétation facile des scènes observées mais aussi par des problèmes techniques lors de l’acquisition liés aux conditions du milieu marin (e.g. manque de visibilité) empêchant une observation continue du milieu. Les sonars traditionnels produisent aussi des images mais ils n’offrent pas de séquences d’images de haute cadence tels que les capteurs optiques, et leur utilisation est parfois contrainte dans les milieux portuaires et de faible profondeur. C’est pour pallier ces problèmes que les caméras acoustiques ont été conçues. Elles ont la capacité d’acquérir des séquences d’images multi-vues avec une haute cadence et de fonctionner dans des milieux très turbides. Néanmoins, ces caméras ne produisent que des images en 2D où l’élévation de la scène observée est inconnue. Or, une représentation 2D de l’environnement ne peut présenter qu’une partie des informations, elle n’est pas en mesure de représenter "fidèlement" le milieu où le phénomène est observé. Ceci n’est possible qu’à travers une représentation 3D. L’objectif de cette thèse est donc de développer une approche de reconstruction 3D de scènes sous-marines à partir de séquences d’images acquises par des caméras acoustiques. Pour ce faire, nous nous sommes inspirés du principe de la stéréovision pour une reconstruction 3D à partir de points saillants. Néanmoins, la géométrie et la nature bruitée des images acoustiques ne permettent pas une application directe du principe de la stéréovision. Ainsi nous proposons dans cette thèse, une méthodologie de reconstruction 3D qui répond aux problématiques posées par les images des caméras acoustiques. Elle se base, en première partie, sur la conception d'un processus d’extraction de points saillants pertinents sur lesquels, en deuxième partie, va pouvoir s'appuyer la reconstruction 3D de la scène observée. Pour la reconstruction 3D, nous proposons deux approches différentes : une approche curviligne et une approche volumique. Dans ces deux approches, l’algorithme d’optimisation SE-AMC issu de la famille des stratégies d’évolution intervient dans le calcul du mouvement de la caméra entre les images, la détermination de ce mouvement permettant par la suite, l'estimation des informations 3D. La performance de l’approche d’extraction de primitives ainsi que celle des approches de reconstruction 3D ont été évaluées: la première au travers de critères de bonne détection, de répétabilité et de bonne localisation et la deuxième au travers de la comparaison du mouvement et des informations 3D estimés avec des données réelles. / According to recent studies, climate change is having a significant impact on our marine environment inducing temperature increases, chemistry changes, ocean circulation influencing both population dynamics and underwater structure stability. Environmental change is thus a growing scientific concern requiring a regular monitoring of the evolution of underwater ecosystems with appropriate studies combined with accurate and relevant detailed information extraction and preservation. Tracking and modeling such changes in a marine environment is one of the current challenges for underwater exploration. The most common technique used to observe underwater environment, relies on vision-based systems either acoustical or optical. Optical cameras are widely used for acquiring images of the seafloor/underwater structures as they can provide information about the physical properties of the image that will enable the description of the observed scene (color, reflection, geometry). However, the range limitation and non-ideal underwater conditions (dark and turbid waters) make acoustic imaging the most reliable means of sight inside the underwater environment. Traditional sonar systems cannot provide an acoustic image sequences like optical cameras. To overcome those drawbacks, acoustic camera was built. They can produce real time high resolution underwater image sequences, with high refresh rate. Moreover, compared to optical devices, they can acquire acoustic images in turbid, deep and dark water making acoustic camera imaging a reliable means for observing underwater environment. However, although acoustic cameras can provide 2-D resolution of the order of centimeters, they do not resolve the altitude of observed scene. Thus they offer a 2D environment representation which provides incomplete information about the underwater environment. Hence, it would be very interesting to have a system which can provide height information as well as a high resolution. This is the purpose of this thesis where we developed a methodology that enables 3D reconstruction of underwater scenes using sequences of acoustic images. The proposed methodology is inspired from stereovision techniques that allow 3D information computation from image sequences. It consists of two main steps. In the first step, we propose an approach that enables the extraction of relevant salient points from several images. In the second step, two different methods have been proposed (curvilinear approach and volumetric approach) in order to reconstruct the observed scene using images acquired from different viewpoints. The Covariance Matrix Adaptation Evolution Strategy algorithm (SE-AMC) has been used to compute camera movement between images. This movement has been then used to retrieve 3D information. The methodology performances have been evaluated: feature extraction approach has been assessed using criteria of good detection, repeatability and good localization and 3D reconstruction approach has been assessed by comparison between estimated camera movement and 3D information with real data.

Pour bien évaluer les tendances populationnelles des oiseaux forestiers, ainsi que les effets des pratiques forestières sur ceux-ci, il est essentiel d’estimer leur succès de nidification. Les méthodes indirectes d’estimation basées sur l’activité parentale permettent d’analyser la productivité des oiseaux sur des territoires plus vastes que les approches traditionnelles de suivi de nids. Cependant, certains facteurs influencent l’activité parentale et son observation, ce qui peut donner un portrait incomplet ou faussé du succès de nidification. J’ai étudié les facteurs influençant la fréquence de nourrissage et la probabilité d’observer le transport de nourriture chez neuf espèces d’oiseaux chanteurs (17 nids) de la Forêt Montmorency (Québec), à l’été 2010. La fréquence des visites au nid augmentait avec l’âge des oisillons et diminuait avec les précipitations. Le transport de nourriture se manifestait de moins en moins avec l’avancement de la matinée et avec la distance au nid. La température ambiante n’avait pas d’effet observable sur la fréquence de nourrissage ou la probabilité d’observer le transport de nourriture. Il n’existait pas de corrélation entre la fréquence de nourrissage et la probabilité d’observer le transport de nourriture. Les résultats obtenus indiquent que les facteurs influençant ces deux phénomènes diffèrent, suggérant entre eux des liens d’une complexité plus grande qu’attendue. Mots clés : nourrissage des oisillons, transport de nourriture, activité parentale, comportements parentaux, succès de nidification, succès reproducteur, indices de reproduction, facteurs influençant le nourrissage. / Estimating the nesting success of forest birds is essential to understand their population dynamics and their response to forestry practices. Indirect methods based on parental activity allow estimation on a larger scale than traditional nest monitoring. However, a number of factors can influence parental activity and its observation. Here, we studied factors influencing nestling feeding frequency and the probability of observing food transport by parents at Forêt Montmorency, a boreal forest located in southern Québec. Seventeen nests of nine different species were monitored during summer of 2010. Feeding frequency increased with nestling age and decreased with precipitation. Probability of observing food transport decreased throughout the morning and with distance to nest. Frequency of visits to the nest and probability of observing food transport were not influenced by ambient temperature, and were not correlated. Our results indicate that biotic and abiotic factors can influence feeding frequency and observation of food transport. However, the same factors have a different effect on each phenomenon, which suggests a complexity greater than expected in the relationship between feeding frequency and observation of food transport. Keywords : nestling provisioning, food transport, parental activity, nesting success, reproductive success, reproductive index, factors influencing provisioning.