Η ανταλλαγή θερμότητας μεταξύ ατμόσφαιρας και θάλασσας είναι μια διεργασία πολύ σημαντική για τη δυναμική και τις φυσικές ιδιότητες των δύο μέσων (π.χ. θερμοκρασία) αλλά και σε βάθος χρόνου για το κλίμα ολόκληρου του πλανήτη. Η συνολική ενέργεια που μεταφέρεται από την ατμόσφαιρα στη θάλασσα και αντίστροφα είναι το άθροισμα τεσσάρων επιμέρους συνιστωσών : α) της μικρού μήκους ηλιακής ακτινοβολίας, β) της μεγάλου μήκους υπέρυθρης ακτινοβολίας, γ) της λανθάνουσας θερμότητας και δ) της θερμότητας αγωγιμότητας. Μέσες μηνιαίες τιμές για τις τέσσερις αυτές συνιστώσες από το Ιόνιο και Κρητικό Πέλαγος εξετάζονται για το διάστημα 1958-2007. Οι τιμές προέρχονται από τη Μεσογειακή Βάση Δεδομένων ARPERA και αποτελούν προϊόν διόρθωσης αριθμητικής προσομοίωσης (reanalysis product). Στην παρούσα εργασία παραθέτονται στατιστικά χαρακτηριστικά των χρονοσειρών της κάθε συνιστώσας και στις δύο περιοχές. Από τη μελέτη της ροής θερμότητας και στα δύο Πελάγη διαπιστώθηκαν οι εξής διαφορές : το Κρητικό Πέλαγος εμφανίζει μεγαλύτερες απώλειες θερμότητας σε σχέση με το Ιόνιο καθώς επίσης και μεγαλύτερο δυναμικό αιολικής ενέργειας. / The heat exchange between the atmosphere and the sea is a very important process for the dynamics and physical properties of the two media (e.g. temperature) and long-term climate of the entire planet. The total energy transferred from the atmosphere to the sea and vice versa is the sum of four separate components : a) the short wave solar radiation , b ) the long wave radiation , c ) latent heat and d ) heat conduction . Average monthly prices for these four components of the Ionian and Cretan Sea are examined for the period 1958-2007 . The values ​​come from the Mediterranean Database ARPERA and result correction numerical simulation (reanalysis product). In this thesis I present statistical characteristics of the time series of each component in both regions . From the study of heat flow in both regions we found the following differences: the Cretan Sea shows greater heat loss in relation to the Ionian as well as greater wind potential .