Στόχος της παρούσας μελέτης ήταν η εκτίμηση της ποιότητας του υδάτινου οικοσυστήματος της λίμνης Παμβώτιδας, με την εφαρμογή βιολογικών και χημικών παραμέτρων. Συγκεκριμένα, κατά τη διάρκεια του έτους 2011, πραγματοποιήθηκαν 6 δειγματοληψίες (κάθε 2 μήνες) δειγμάτων νερού από σημεία της λίμνης που εμφανίζουν σημαντικές ανθρωπογενείς επιδράσεις και ακολούθησε ανάλυση διαφόρων φυσικοχημικών παραμέτρων ((NO3-, NO2-, BOD, PO4+3-P, pH, αγωγιμότητας και χλωροφύλλης-α). Παράλληλα, συλλέχθηκαν δείγματα ιστών (αίμα, βράγχια, μυϊκός ιστός και ήπαρ) από άτομα του είδους Carassius gibelio (Bloch, 1782) και ακολούθησε προσδιορισμός των επιπέδων των μετάλλων στα βράγχια, τον μυϊκό ιστό και το ήπαρ των ατόμων για κάθε δειγματοληπτική περίοδο. Επιπρόσθετα, εφαρμόστηκε η τεχνική των μικροπυρήνων (ΜΝ test) σε απομονωμένα κύτταρα του αίματος και των βραγχίων, έτσι ώστε να εκτιμηθεί η ύπαρξη γενοτοξικών παραγόντων. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα της μελέτης, παρατηρήθηκαν ιδιαίτερα υψηλές τιμές φωσφορικών, νιτρικών και αμμωνιακών ιόντων, οι οποίες μπορεί να χαρακτηρίσουν τον ευτροφικό χαρακτήρα της λίμνης, ενώ παρατηρήθηκαν σημαντικές εξάρσεις της συγκέντρωσης της χλωροφύλλης-α. Επίσης, οι συγκεντρώσεις των βαρέων μετάλλων που μετρήθηκαν στα βράγχια, το ήπαρ και το μυϊκό ιστό των συλλεχθέντων ιχθύων, εμφάνισαν σημαντικές διαφορές τόσο κατά τη διάρκεια του έτους όσο και μεταξύ των ιστών, ενώ η συχνότητα εμφάνισης μικροπυρήνων και άλλων πυρηνικών ανωμαλιών που μετρήθηκαν σε ερυθροκύτταρα ατόμων του είδους Carassius gibelio δεν έδειξε ένα σαφή πρότυπο διαφοροποίησης κατά τη διάρκεια του έτους. Οι σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ της συχνότητας εμφάνισης πυρηνικών ανωμαλιών με την αγωγιμότητα των υδάτων, με τα επίπεδα των νιτρικών, νιτρωδών και φωσφορικών ιόντων, καταδεικνύουν για πρώτη φορά μια πιθανή σχέση μεταξύ των επαγώμενων γενοτοξικών επιπτώσεων και της κατάστασης των υδάτων. / The aim of the present study was to investigate the water quality of the Lake Pamvotis, with the use of a battery of chemical and biological indices. In specific, during the year 2011, and every 2 months time period, water samples were collected from 4 stations along the lake, which appear to have important anthropogenic influences and analyzed for their physicochemical parameters, (NO2-, NO3-,BOD, PO4+3-P, pH, conductivity and chlorophyll- α). In parallel, individuals of the species Carassius gibelio were caught alive, transferred to the lab and parameters such as the concentration of heavy metals and the micronuclei frequency were investigated in different tissues (blood, gills, muscle and kidney). According to the results of the present study, high levels of NO2-, NO3- and PO4+3-P were observed throughout the year, while there was a significant increase of Chl-α in all stations in December. Heavy metals measured in tissues of fishes showed tissue-specific and time- dependent alterations with time, while the frequency of micronuclei and other nuclear abnormalities measured in blood cells and gills of fishes showed no time-dependent alterations throughout the year. However, the significant relationships occurred among the induction of genotoxic effects with the levels of NO2-, NO3- and PO4+3-P in each case, indicates for a first time the impact of water quality on the homeostasis of aquatic organisms, especially its potency to induce genotoxic effects on aquatic biota. Despite the latter, further studies are need in order to elucidate the biological effects of the aforementioned water parameters, at least in species such as Carassius gibelio which is able to adapt strategies for living under environmental pressure.