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Molecular characterization of genotypically diverse strains of bacteria

Westcott, Anne January 1996 (has links)
No description available.
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Estudo longitudinal sobre similaridade, transmissão, e estabilidade de colonização de Estreptococcus mutans em famílias brasileiras / Longitudinal study of transmission, diversity and stability of mutans streptococci genotypes in Brazilian families

Rubira, Cássia Maria Fischer 13 September 2007 (has links)
O objetivo deste estudo foi investigar longitudinalmente a transmissão de Streptococcus mutans em um grupo de famílias brasileiras de baixa renda. Um critério de inclusão importante foi o de todos os adultos conviverem na mesma casa com a criança. Participaram da pesquisa 14 mães, pais e crianças e 8 avós. Amostras de saliva das crianças foram coletadas em quatro visitas durante 22 meses, para pesquisa de S.mutans. Foram positivas apenas 8 crianças, que tiveram os seus isolados e os isolados de suas famílias identificados pelo método de hibridização DNA-DNA. Um total de 506 isolados de S.mutans foi genotipado pelo método de AP-PCR, usando o primer OPA-02. Foram detectados 20 genótipos diferentes nas 8 famílias, variando de 1 a 5 nos adultos e 1-2 nas crianças. Todas as mães e alguns pais e avós compartilharam genótipos com as crianças. Em todas as famílias foram encontrados genótipos homólogos nos adultos. Alguns genótipos foram estáveis, e outros, se perderam, mas o compartilhamento pode favorecer a contínua reinfecção. Três crianças desenvolveram cárie no período. O encontro de genótipos de cada membro da família na criança e o compartilhar de genótipos nos adultos, sugerem uma reavaliação de modelos preventivos antimicrobianos focalizados apenas na figura materna. / The objective of this study was to investigate in a longitudinal study the transmission of Streptococcus mutans in Brazilian families of a low socioeconomic status. An important entry criterion for the study was to include all members of a household in the study. The study cohort was comprised of 14 mothers, fathers and children and 8 grandmothers. Saliva samples were collected for S. mutans analysis in 4 visits during 22 months. Only eight children were positive for S. mutans by employing DNA-DNA hybridization that was also applied to household members. A total of 506 isolates of S. mutans were genotyped by AP-PCR with the primer OPA-02. Twenty genotypes were detected in 8 families ranging from 1 to 5 in the adults and 1-2 in the children. All mothers and some fathers and grandmothers shared similar genotypes with the children. In all families homologous genotypes were encountered among adults. Some genotypes were stable, and others were lost although sharing a similar environment may favor additional transmission episodes. Three children developed decay during the study period. The fact that children shared genotypes from all household members suggest that reevaluation of preventive methods aimed at suppressing S. mutans infections should include additional family members and not only the mothers.
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Detecção da diversidade molecular de Candida spp. isoladas de UTI neonatal

Arraes, Ana Carolina Palmeira 10 June 2013 (has links)
Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-10T20:55:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Ana Carolina Arraes.pdf: 1876812 bytes, checksum: c4740a70b3675be50d2ebafeb0ba8fe3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-10T20:55:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Ana Carolina Arraes.pdf: 1876812 bytes, checksum: c4740a70b3675be50d2ebafeb0ba8fe3 (MD5) / CAPES / A incidência de candidemia tem aumentado nos últimos anos e o espectro das espécies de Candida tem mudado com a emergência das espécies não-albicans e com o aumento da resistência antifúngica. A técnica de PCR associada à análise dos polimorfismos de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e AP-PCR são exemplos de técnicas moleculares utilizadas para a detecção da variabilidade genética desses micro-organismos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar molecularmente Candida spp. clinicamente importantes. Foram estudadas 82 leveduras do gênero Candida, 73 isolados clínicos e nove cepas padrão de referência da “American Type Culture Collection” (ATCC). O DNA genômico foi extraído através de lise mecânica/química e fenol-clorofórmio. Após amplificação com iniciadores ITS1 e ITS4, os produtos da PCR foram digeridos com as enzimas DdeI, HaeIII, BfaI e MspI. Outra amplificação foi realizada com o iniciador arbitrário AP-4. A identificação fenotípica revelou a frequência de 38% de C. parapsilosis, 33% de C. albicans, 27,5% de C. tropicalis e 1,5% de C. guilliermondii. Após amplificação, foi possível identificar e diferenciar as espécies C. lusitaniae, C. guilliermondii, C. famata e C. glabrata. A diferenciação entre C. albicans, C. dubliniensis C. tropicalis, C. krusei e C. parapsilosis não foi bem evidenciada com as enzimas DdeI e HaeIII. Porém, MspI conseguiu diferenciar C. tropicalis, C. krusei, C. parapsilosis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. lusitaniae e C. famata, juntamente com BfaI que separou C. albicans de C. dubliniensis. Já a técnica de AP-PCR com o iniciador AP-4, possibilitou a distinção das nove espécies cepas padrão ATCC de Candida, pois todas apresentaram perfis de amplificação com número, intensidade e tamanho de banda específico, onde cada espécie foi alocada em grupo distinto e a relação de similaridade variou de 38-69%, ratificando o poder de diferenciação das espécies. As técnicas moleculares foram reprodutíveis e relativamente rápidas, de fácil interpretação e podem ser aplicadas na identificação de espécies clinicamente importantes de Candida para auxílio no diagnóstico mais rápido e tratamento mais eficiente. / Salvador
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Estudo longitudinal sobre similaridade, transmissão, e estabilidade de colonização de Estreptococcus mutans em famílias brasileiras / Longitudinal study of transmission, diversity and stability of mutans streptococci genotypes in Brazilian families

Cássia Maria Fischer Rubira 13 September 2007 (has links)
O objetivo deste estudo foi investigar longitudinalmente a transmissão de Streptococcus mutans em um grupo de famílias brasileiras de baixa renda. Um critério de inclusão importante foi o de todos os adultos conviverem na mesma casa com a criança. Participaram da pesquisa 14 mães, pais e crianças e 8 avós. Amostras de saliva das crianças foram coletadas em quatro visitas durante 22 meses, para pesquisa de S.mutans. Foram positivas apenas 8 crianças, que tiveram os seus isolados e os isolados de suas famílias identificados pelo método de hibridização DNA-DNA. Um total de 506 isolados de S.mutans foi genotipado pelo método de AP-PCR, usando o primer OPA-02. Foram detectados 20 genótipos diferentes nas 8 famílias, variando de 1 a 5 nos adultos e 1-2 nas crianças. Todas as mães e alguns pais e avós compartilharam genótipos com as crianças. Em todas as famílias foram encontrados genótipos homólogos nos adultos. Alguns genótipos foram estáveis, e outros, se perderam, mas o compartilhamento pode favorecer a contínua reinfecção. Três crianças desenvolveram cárie no período. O encontro de genótipos de cada membro da família na criança e o compartilhar de genótipos nos adultos, sugerem uma reavaliação de modelos preventivos antimicrobianos focalizados apenas na figura materna. / The objective of this study was to investigate in a longitudinal study the transmission of Streptococcus mutans in Brazilian families of a low socioeconomic status. An important entry criterion for the study was to include all members of a household in the study. The study cohort was comprised of 14 mothers, fathers and children and 8 grandmothers. Saliva samples were collected for S. mutans analysis in 4 visits during 22 months. Only eight children were positive for S. mutans by employing DNA-DNA hybridization that was also applied to household members. A total of 506 isolates of S. mutans were genotyped by AP-PCR with the primer OPA-02. Twenty genotypes were detected in 8 families ranging from 1 to 5 in the adults and 1-2 in the children. All mothers and some fathers and grandmothers shared similar genotypes with the children. In all families homologous genotypes were encountered among adults. Some genotypes were stable, and others were lost although sharing a similar environment may favor additional transmission episodes. Three children developed decay during the study period. The fact that children shared genotypes from all household members suggest that reevaluation of preventive methods aimed at suppressing S. mutans infections should include additional family members and not only the mothers.
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Caracterização cultural, morfológica, molecular e patogênica de isolados de Colletotrichum spp. associados à antracnose da Pimenta-de-cheiro (Capsicum chinense Jacq.) no Estado do Amazonas

Silva, Alessandro Machado da 21 October 2016 (has links)
Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-02-07T13:27:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-02-07T13:28:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-02-07T13:28:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T13:28:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) Previous issue date: 2016-10-21 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In the Amazon the smell of pepper culture (Capsicum chinense Jacq.) Is subject to attack by many pathogens, especially fungal diseases, among these anthracnose caused by Colletotrichum spp., is one of the most important, because it causes damage to fruit and prevents the marketing. Given the commercial importance of this disease, this study aimed to characterize morphocultural, molecular and pathogenic isolates of Colletotrichum spp. from fruits with symptoms of anthracnose in pepper-of-smell, collected in producing municipalities of Amazonas state (Iranduba, Itacoatiara, President Figueiredo and Manaquiri). The mycelial growth index ranged from 19.29 to 12.77 mm. The color of colonies ranged from white to dark gray. The colony reverse color varied from white, brown, cream, orange, dark brown, black and gray. Most of the isolates were moderately abundant aerial growth, followed by abundant and reduced air. The observed conidia were the oblong/cylindrical type, with dimensions ranging from 15.4 to 9.0 mm in length, 5.5 to 2.9 mm in width and 4.0 to 2.6 μm ratio length width. The format of appressoria were rounded, slightly lobed and lobed, with dimensions of length ranging from 14.6 to 7.3 μm width from 8.8 to 5.2 m and length / width ratio from 1.7 to 1.1 μm. Five isolates did not produce appressoria. The pathogenicity test possible to observe that the isolates from President Figueiredo, Itacoatiara, Manaquiri and Iranduba showed high variability in the mean diameter of lesions (mm), aggressiveness index (%) and incidence (%) when inoculated in different species of Capsicum. Genotyping by Ap- PCR showed genetic diversity within and among isolates of the same origin. The results show possibly the existence of more than one species of Colletotrichum associated with anthracnose in pepper-of-smell in the state of Amazonas. / No Amazonas o cultivo de pimenta-de-cheiro (Capsicum chinense Jacq.) está sujeito ao ataque de diversos patógenos, destacando-se as doenças fúngicas, dentre estas a antracnose causada por Colletotrichum spp., é uma das mais importantes, pois causa danos aos frutos e inviabiliza a comercialização. Dada a importância comercial dessa doença, esse trabalho teve por objetivo realizar a caracterização morfocultural, molecular e patogênica de isolados de Colletotrichum spp. oriundos de frutos com sintomas de antracnose em pimenta-de-cheiro, coletados em municípios produtores do Estado do Amazonas (Iranduba, Itacoatiara, Presidente Figueiredo e Manaquiri). O ICM variou de 19,29 a 12,77 mm. A cor do verso das colônias variou entre branca à cinza escura. A cor do reverso da colônia variou de branca, castanha, creme, laranja, marrom escura, preta e cinza. A maior parte dos isolados apresentaram crescimento aéreo moderadamente abundante, seguido de aéreo abundante e reduzido. Os conídios observados foram do tipo oblongo/cilíndrico, com dimensões variando de 15,4 a 9,0 μm de comprimento, 5,5 a 2,9 μm de largura e 4,0 a 2,6 μm de relação comprimento largura. O formato dos apressórios foram arredondados, levemente lobado e lobado, com dimensões de comprimento variando de 14,6 a 7,3 μm, largura de 8,8 a 5,2 μm e relação comprimento/largura de 1,7 a 1,1 μm. Cinco isolados não produziram apressórios. O teste de patogenicidade cruzada possibilitou observar que os isolados oriundos de Presidente Figueiredo, Itacoatiara, Manaquiri e Iranduba apresentaram alta variabilidade quanto ao diâmetro médio das lesões (mm), índice de infecção (%) e incidência (%) quando inoculados nas diferentes espécies de Capsicum usadas no presente estudo. A genotipagem por Ap-PCR evidenciou alta diversidade genética dentre e entre isolados de uma mesma procedência. Os resultados demonstram, possivelmente, a existência de mais de uma espécie de Colletotrichum associada à antracnose em pimenta-de-cheiro no Estado do Amazonas.

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