Introducción: el uso de nuevas rutas de comunicación como el WhatsApp ha facilitado la vida cotidiana del mundo entero, empleándose hoy en día como herramienta habitual en la comunicación médico-paciente. No obstante, el impacto de este sobre la esfera psíquica del médico ha sido pobremente estudiada. Objetivo: Analizar la relación entre la ansiedad y el agotamiento emocional laboral en el médico con el uso de WhatsApp como medio de comunicación médico-paciente. Metodología: Estudio descriptivo, transversal y analítico. Se realizó una encuesta de manera virtual a médicos generales y de diversas especialidades, obteniendo 205 respuestas, se eliminaron 25 formatos por diferentes motivos, quedando 180 respuestas después de cumplir con los criterios de selección para el análisis. Se realizo el análisis multivariado de Poisson para obtener las variables que funcionan como factores asociados. Resultados: De los médicos que presentaron algún grado de ansiedad, el 56,92% fueron hombres y el 69,23% no fueron especialistas; así mismo el haber tenido problema médico legal por el uso de WhatsApp ha sido el mayor factor asociado identificado (RP: 3,98; p = 0,002) y el responder por mensaje de texto, es decir no por llamada telefónica, fue el mayor factor asociado (RP: 0,29; p = 0,028) para la variable ansiedad. Para la variable agotamiento emocional laboral, el mayor factor asociado fue dedicar 1 hora diaria para responder los mensajes (RP: 1,69; p = 0,035), mientras que el mayor factor asociado fue la percepción negativa del uso de WhatsApp (RP: 0,73; p = 0,016). Conclusiones: Hoy en día es frecuente el uso del WhatsApp como parte de la comunicación médico paciente, sin embargo el uso incorrecto del mismo podría conllevar a mayores niveles de ansiedad, agotamiento emocional laboral y problemas de índole médico-legal. El empleo rutinario de esta herramienta tecnológica dentro del acto médico debe ser llevado con cautela y prudencia.