En Méditerranée, un Hotspot de biodiversité, des Aires Marines Protégées (AMP) ont été instaurées dès les années 1960 pour protéger la biodiversité marine pour des raisons éthiques, culturelles et fonctionnelles, du fait de la contribution au bien-être des individus. Aujourd’hui, la mise en œuvre des AMP s’inscrit dans un environnement institutionnel formalisé à différents échelons : national, méditerranée, européen, et global avec la Convention pour la Diversité Biologique (CDB). Dans ce contexte de gouvernance environnemental prometteur, le constat de la couverture de protection par les AMP demeure pourtant en-dessous des engagements pris par les pays riverains dans les différentes instances évoquées. Peu de moyens sont mis en œuvre et les AMP sont nombreuses à être peu effectives. Face à ce constat décevant les gestionnaires des AMP de Méditerranée ainsi que leurs partenaires se mobilisent pour le renforcement de la lutte contre la dégradation des biens communs que représente la biodiversité marine et côtière. L’objectif de cette thèse est de contribuer à cet effort en éclairant les éléments favorables à l’effectivité et l’efficacité des AMP. Les AMP, dont la finalité est la protection de la biodiversité, établissent des règles d’usages liés à la biodiversité marine et côtière et mettent en œuvre des activités spécifiques au sein d’un espace clairement défini. Ceci entraîne à la fois des contraintes et des opportunités pour la trajectoire de développement durable notamment celle du territoire écologiquement et socio-économiquement liée à l’AMP. Cette thèse vise à montrer que les AMP sont des dispositifs institutionnels qui s’inscrivent dans des systèmes socio-écologiques. Dans ce contexte, outre les mécanismes de résilience des écosystèmes, la capacité des AMP à générer des bénéfices pour le développement durable des territoires repose notamment, d’une part sur la capacité des parties prenantes à s’adapter au changement de règles, à faire face aux contraintes et à saisir les opportunités ; et, d’autre part, sur la capacité des AMP à s’appuyer sur des réseaux sociaux denses pour favoriser la conformité des comportements et donc l’effectivité de l’AMP. La première partie, centrée sur l’approche institutionnelle, permet de considérer les AMP au sein de leur système socio-écologique. Elle s’ouvre avec le premier chapitre qui définit le rôle attribué aux AMP à travers la construction de cet outil depuis le début du XXème siècle en s’appuyant sur la construction aux différents échelons imbriqués de notions cadre, telle que la biodiversité, le développement durable et la gouvernance du milieu marin. Le deuxième chapitre fait le bilan de la situation actuelle des AMP en Méditerranée face à leurs objectifs d’effectivité et d’efficacité. Une typologie réalisée à partir des AMP méditerranéennes est proposée afin de contribuer à la définition de stratégies différenciées pour renforcer des AMP existantes et à venir dans le bassin. Le troisième chapitre, qui clôt la Partie 1, analyse les AMP en tant que dispositifs institutionnels. Il éclaire la nature des effets et des enjeux liés à la création d’AMP, et discute la concrétisation de facteurs clés pour faciliter la réussite des AMP. La deuxième partie, centrée sur l’intégration des AMP dans le développement durable des territoires, s’ouvre avec le quatrième chapitre qui analyse la formation des bénéfices et des coûts générés par les AMP de Méditerranée sur le capital naturel, le capital humain et le capital social (et indirectement sur le capital physique) disponibles sur le territoire. Le dernier chapitre montre comment l’évaluation socio-économique des effets des AMP peut renforcer les AMP en dépassant les limites de l’évaluation économique concentrée sur certains bénéfices liés aux services écosystémiques ; par la réalisation de méthodes d’évaluation et des processus complémentaires qui encouragent l’engagement des parties prenantes auprès des AMP. / In the Mediterranean, a biodiversity Hotspot, Marine Protected Areas (MPAs) were introduced in the 1960s to protect biodiversity for ethical, cultural and functional reasons, as biodiversity contributes to the well-being. Today the AMP implementation is part of a formalized institutional environment at various levels: national, Mediterranean, European, and global with the Convention on Biological Diversity. In this promising context of environmental governance, protection cover by AMP yet remains below the commitments of riparian countries in the various governance bodies mentioned. Few resources are expanded and many MPAs are likely to be low effective. Given this disappointing finding the managers of Mediterranean MPA and their partners are gathering to strengthen efforts against the degradation of our common good that is marine and coastal biodiversity. The objective of this thesis is to contribute to this effort by enlightening elements favorable to the effectiveness and efficiency of MPAs.MPAs are intended to protect biodiversity and therefore establish rules related to the use of marine and coastal biodiversity and implement specific activities within their clearly defined space. This causes both constraints and opportunities for the sustainable development path especially that of territory environmentally and socio-economically connected to the MPA. This thesis aims to show that MPAs are institutional arrangements that are part of a social-ecological system. In this context, besides the mechanisms of ecosystem resilience, MPAs ability to generate benefits for the sustainable development of territories is based on the one hand on the ability of stakeholders to adapt to the change of rules, address the constraints and seize opportunities, and, on the other hand, on the ability of MPAs to rely on dense social networks to encourage behavior compliance and thus MPA’s effectiveness.The first part adopts an institutional approach that enables to consider MPAs in their socio-ecological system. It opens with the first chapter that defines the role attributed to AMP through the elaboration of this tool since the early twentieth century building on the construction at different levels nested of framework notions such as biodiversity, development sustainability and governance of the marine environment. The second chapter, looks over the current situation of MPAs in the Mediterranean in regard to their objectives of effectiveness and efficiency. A typology of Mediterranean MPAs is proposed to help the definition of differentiated strategies so as to strengthen existing and future MPAs in the basin. The third chapter, which ends the first part, analyzes the MPAs as institutional arrangements that enlighten on the one hand the nature of the effects and stakes related to the establishment of MPAs, and on the other hand, discusses the empirical forms of key success factors to facilitate MPAs.The second part, focusing on the integration of MPAs into the sustainable development of territories, opens with the fourth chapter which analyzes the formation of the benefits and costs generated by the Mediterranean MPAs on natural capital, human capital and social capital (and indirectly on physical capital) available in the territory. The last chapter shows that socio-economic assessment of the effects of MPAs can help strengthen MPAs, by going beyond the limits of economic valuation of particular benefits related to ecosystem services; and implementing complementary assessment methods and processes helping stakeholder engagement towards AMP.