Se evaluaron las condiciones higiénico sanitarias de la preparación de alimentos en cuatro centros de abasto, ubicados en los distritos de Independencia, San Juan de Lurigancho, San Juan de Miraflores y La Victoria mediante un estudio explorativo. Se efectuó el análisis microbiológico de 118 muestras de alimentos preparados utilizándose como indicadores: Coliformes Fecales, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus y Salmonella spp. Los alimentos evaluados fueron aquellos expuestos a mayor riesgo microbiológico: “pan con pollo”, “papa a la huancaína”, “cebiche de pescado”, “tallarines” y “jugos naturales”. Se realizaron 5 evaluaciones higiénico-sanitarias de los puestos de expendio de alimentos, mediante el Sistema de Análisis de Riesgos y Control de Puntos Críticos (HACCP) para identificar su perfil de riesgo y calificarlo como aceptable (con un nivel de aprobación mayor al 75%), e inaceptable (menor al 75%)en base a una tabla de puntajes. Las evaluaciones permitieron determinar que los puestos de preparación de alimentos de los mercados “Valle Sharon” y “Los Incas” alcanzaron la calificación de aceptables en cuanto a su calidad higiénico sanitaria, superando el nivel de aceptabilidad del 75%, mientras que los puestos de comidas preparadas de “Manco Cápac” (73%) y “Caja de Agua” (72%) resultaron inaceptables. Los resultados sugieren que durante el expendio de alimentos en centros de abastos, la detección de altos valores de microorganismos contaminantes en los alimentos preparados obedecen tanto a prácticas inadecuadas en la preparación así como a los hábitos alimenticios de los consumidores. De todas las variables consideradas en los puestos de comidas y jugos, las diferencias significativas (P < 0,05) encontradas en la evaluación del sistema de desagües, se deberían al diseño y antigüedad de los mercados de abastos. Asimismo, los Puntos Críticos de Control (PCC) de los centros de abastos evaluados, no mostraron diferencias significativas entre ellos, pudiéndose manejar como una sola área de evaluación.