Enterocytozoon bieneusi y Giardia duodenalis son considerados como los parásitos intestinales más comunes de seres humanos, animales domésticos, silvestres y en cautiverio. Estos patógenos son responsables de causar diarrea en individuos inmunocomprometidos e inmunocompetentes. El presente estudio tuvo por objetivo identificar los genotipos de E. bieneusi y G. duodenalis en muestras de heces de crías de alpaca. Las muestras de heces usadas en el estudio correspondieron a 126 crías de alpaca de 1 a 30 días de edad, de tres regiones geográficas en los andes del Perú (Huancavelica, Cuzco y Puno). Para el diagnostico se amplifico mediante PCR anidado la región espaciador transcrito interno (ITS) del gen ARNr de E. bieneusi, así como el locus triosafosfato isomerasa (TPI) de G. duodenalis. Todas las muestras positivas (E. bieneusi = 65; G. duodenalis = 42) fueron secuenciadas. Sesenta y cinco crías (51.6%) resultaron ser positivas en el PCR para E. bieneusi. Se encontró diez distintos genotipos de E. bieneusi en los aislamientos de crías de alpaca, seis de los aislamientos pertenecen a nuevos genotipos (ALP1, ALP2, ALP3, ALP4, ALP5 y ALP6). Cinco crías (7.7%) fueron positivos para el genotipo P, cuatro crías (6.2%) fueron positivos para el genotipo Tipo IV, dos (3.1%) al genotipo D, una (1.5%) al genotipo Beb6, 48 (73,8%) al genotipo ALP1, y cinco crías fueron positivos para cada genotipo nuevo (ALP2, ALP3, ALP4, ALP5 y ALP6). Así mismo, cuarenta y dos muestras fueron positivas para G. duodenalis. Los ensamblajes A (n = 33) y E (n = 9) fueron detectados en las crías. El ensamblaje A fue el más frecuentemente en crías de Puno y Huancavelica, mientras que el ensamblaje E se encontró en 8 crías en Cuzco y uno de Huancavelica. El papel potencial de E. bieneusi y G. duodenalis en el síndrome diarreico neonatal de la alpaca necesita ser seriamente considerada y evaluada, a pesar de no haber asociación entre la presencia de los parásitos y la presentación de diarrea. Palabras claves: Enterocytozoon bieneusi, Giardia duodenalis, alpaca, diarrea, zoonosis / --- Enterocytozoon bieneusi and Giardia duodenalis are considered the most common intestinal parasites found in humans and domestic, captive and wild animals. These pathogens are responsible for causing diarrhea in immunocompromised and immunocompetent individuals. The aim of the present study was to identify E. bieneusi and G. duodenalis genotypes in fecal samples from alpaca crias. Fecal samples were collected from 126 alpaca crias up to 30 days of age from three geographic regions in the highland of Peru (Huancavelica, Cuzco and Puno). The internal transcribed spacer (ITS) region of the rRNA gene of E. bieneusi, and the amplification of the triosephosphate isomerase (TPI) locus of G. duodenalis, were amplified for a nestedPCR. All positives samples were sequenced. Sixty-five crias (51.6%) were found to be PCR positive for E. bieneusi. Ten distinct genotypes of E. bieneusi were found in alpaca cria isolates, six of all isolates belong to novel genotypes (ALP1, ALP2, ALP3, ALP4, ALP5, and ALP6). Five (7.7%) crias were positive to genotype P, four (6.2%) crias were positive to genotype Type IV, two (3.1%) to genotype D, one (1.5%) to genotype Beb6, 48 (73.8%) to genotype ALP1, and five crias were positive each to new genotype (ALP2, ALP3, ALP4, ALP5, and ALP6). Forty-two samples were positive for G. duodenalis. Assemblages A (n=33) and E (n=9) were detected in crias, Assemblage A was the most frequently found in Puno and Huancavelica, while Assemblage E was found in 8 crias in Cuzco and one from Huancavelica. The potential role of E. bieneusi and G. duodenalis in the neonatal diarrhea syndrome of alpaca needs to be seriously considered and further evaluated, although had not association between the presence of parasites and diarrhea. Key words: Enterocytozoon bieneusi, Giardia duodenalis, alpaca, diarrhea, zoonosis.