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Análise da eficiência da PCR com identificação específica do agente etiológico para o diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina / Evaluation of PCR techniques for the identification and characterization of Visceral Leishmaniasis in different tissues of seropositive dogs

Martins, Thaynan Fernandes Cunha 18 November 2013 (has links)
Atualmente, um dos grandes problemas relacionados à leishmaniose é a falta de um diagnóstico específico capaz de indentificar e diferenciar espécies de Leishmania com rapidez e precisão. O desenvolvimento de métodos moleculares como a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), possibilita que o diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina (LVC) possa se tornar mais preciso e, eventualmente, de fácil execução, uma vez que limitações importantes relacionadas à sensibilidade e especificidade desta técnica ainda são descritas, principalmente quando se utiliza amostras clínicas. Com o intuito de melhor avaliar a eficiência da PCR para o diagnóstico da LVC, foram selecionadas diferentes amostras clínicas (baço, aspirado de linfonodo, pele sem lesão, pele com lesão e amostras de sangue) de 26 cães com sorologia positiva para leishmaniose submetidos à eutanásia pelo Serviço de Vigilância Epidemiológica do município de Embu das Artes - SP. Realizamos uma análise comparativa entre a PCR-RFLP kDNA-HaeIII e PCR-RFLP hsp70-BsaJI/EcoRII com dois métodos diagnósticos tradicionais (parasitológico direto, e cultura in vitro). Amostras clínicas de 28 cães com sorologia negativa para LVC da mesma região foram utilizadas como controle negativo das reações. Notamos que a PCR aprensentou maior sensibilidade em todas as amostras clínicas testadas quando comparadas aos métodos tradicionais. Os resultados apontam que a PCR-RFLP kDNA-HaeIII é a mais eficiente para o diagnóstico da LVC, com um índice de 96,15% de positividade nas amostras de pele com lesão. Quanto à discriminação da espécie de Leishmania envolvida na infecção, nossos resultados de PCR-RFLP kDNA-HaeIII indicam Leishmania chagasi-infantum como o agente etiológico envolvido na infecção e transmissão canina na cidade de Embu das Artes. Por outro lado, a análise da PCR em Tempo Real (qPCR), mostrou que algumas amostras de sangue não apresentavam o padrão associado à Leishmania chagasi-infantum, podendo indicar uma co-infecção com outras parasitoses caninas. Nosso grupo também acompanhou 184 crianças de 4 a 10 anos de idade (população de risco) residentes da mesma região de transmissão autóctone da doença canina, como também foi realizado um levantamento das espécies de flebotomíneos da região (pela SUCEN). Até o momento, não foi encontrado nenhum caso da doença humana, nem a principal espécie transmissora do parasito (Lutzomiya longipalpis). Acreditamos que esses resultados possam contribuir significativamente para aprimorar o diagnóstico e a identificação das espécies Leishmania na LVC. / Currently, one of the major problems related to leishmaniasis is the lack of a specific diagnosis capable of identifying and differentiating Leishmania species quickly and accurately. The development of molecular methods such as Polymerase Chain Reaction ( PCR ) allows the diagnosis of Canine Visceral Leishmaniasis (CVL) to become more accurate and eventually, easy to perform, since that important limitations in terms of sensitivity and specificity of this technique are being described especially when using clinical samples. In order to better evaluate the efficiency of PCR for the diagnosis of CVL, we selected different clinical samples (spleen, lymph node aspirate, skin with and without lesions and blood samples) from 26 dogs with positive serology for leishmaniasis submitted to euthanasia by the Agency of Epidemiological Surveillance of Embu das Artes - SP. Therefore, we performed a comparative analysis between the kDNAPCR-RFLP HaeIII and hsp70PCR-RFLP BsaJI/EcoRII with two traditional diagnostic methods (direct parasitological test, and in vitro culture). Additionally, clinical samples from 28 dogs with negative serology for CVL in the same region were used as negative reactions control. We noted that the PCR showed greater sensitivity in all clinical samples tested when compared with traditional methods. The results indicate that the kDNAPCR-RFLP HaeIII is the most efficient test for the diagnosis of CVL, with a positivity index of 96.15 % in skin lesions samples. Related to the discrimination of the Leishmania species involved in the infection, our results of kDNAPCR-RFLP HaeIII indicate Leishmania infantum chagasi as the agent involved in canine infection in Embu das Artes city. Moreover, the analysis of real-time PCR (qPCR) showed that some blood samples has not showed the same pattern associated with Leishmania infantum chagasi suggesting a possible co-infection with other canine parasite. Our group also followed 184 children between 4 to 10 years old (risk population) living in the same region of autochthonous transmission of canine disease, as well a survey was conducted on the sandfly species in the region (by SUCEN). So far, we found no human infection, nor the main species involved in the transmission of the parasite (Lutzomyia longipalpis). We believe that these results can significantly contribute to the improvement of the diagnosis and identification of Leishmania species involved in the CVL worldwide.
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Padronização de uma Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) para detecção do herpesvírus equino tipo 1 em tecidos incluídos em parafina / Standardization of a Polymerase Chain Reaction (PCR) for Equine Herpesvirus type 1 detection in Paraffin-Embeded Tissues

Prado, Camila Oliveira do 26 September 2011 (has links)
O Herpesvírus equino tipo -1 (EHV-1) pertence ao gênero Varicellovírus da subfamília Alphaherpesvirinae pertencente à Família Herpesviridae. É um vírus envelopado, de DNA linear fita dupla, composto por 76 genes distintos. O EHV-1 é responsável por grandes prejuízos econômicos na equinocultura mundial. Responsável por doença neonatal fatal, mieloencefalopatia, rinopneumonite e abortamento, encontra-se amplamente distribuído pela população equina do território nacional. O objetivo do presente estudo foi o de padronizar uma reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detecção do EHV-1 em tecidos incluídos em parafina a fim de permitir estudos retrospectivos em arquivos de amostras histopatológicas. Assim, foram inoculados experimentalmente 12 camundongos com 21 dias de idade da linhagem CH3/Rockfeller com três diferentes isolados de EHV-1, dois provenientes da Argentina e um do Brasil. Esses animais foram observados por quatro dias e, após sacrifício por sobre dose de uma associação de ketamina e xilazina, foram submetidos à necropsia e colhidos o pulmão e sistema nervoso central (SNC). Os órgãos colhidos foram divididos em duas partes aproximadamente iguais: uma mantida a -20ºC até processamento e a outra fixada em formalina 10% tamponada e posteriormente incluída em parafina. A extração foi realizada com nove fragmentos contínuos de 4µm cada, a partir do protocolo de extração com proteinase K/ fenol/ clorofórmio. Foi realizada avaliação da sensibilidade analítica da PCR com oito diluições na base 10 para os três isolados utilizados. A amplificação do DNA viral foi realizada utilizando primers direcionados para a ORF64. A fim de descartar a eventual presença de inibidores da reação de PCR e assegurar a adequada extração de DNA, foram incluídos primers direcionados para o gene da beta-actina. A PCR mostrou-se capaz de amplificar DNA viral alvo numa diluição de até 10-5, sendo positiva entre 10-1 a 10-2 DICT50/25µL. Com a PCR padronizada, foi possível detectar o DNA do EHV-1 em: a) 100% (12/12) das amostras de pulmão congeladas e 100% (12/12) das amostras de pulmão incluídas em parafina; b) em 91% (11/12) das amostras de SNC congeladas e 41% (5/12) das amostras de SNC incluídas em parafina. A aplicação da PCR padronizada em uma coleção de amostras incluídas em parafina do Laboratório de Anatomia Patológica do IB/SP, colhidas de cinco casos de abortamento em equinos, revelou que o DNA do EHV-1 foi detectado em: a) um caso em que originalmente foi possível isolar o EHV-1; b) em 4/4 amostras que revelaram-se originalmente negativas. Com base nos resultados obtidos, foi possível concluir que a PCR padronizada teve bom desempenho na detecção de DNA viral em amostras incluídas em parafina de animais experimentalmente infectados e, provavelmente, uma sensibilidade diagnóstica mais elevada que os métodos utilizados para o diagnóstico do EHV-1 na coleção de amostras de equino testada. / The equine herpesvirus type 1 (EHV-1) belongs to Varicellovírus genus, Alphaherpesvirinae subfamíly of the Herpesviridae Famíly. It is an enveloped virus, double stranded linear DNA, composed of 76 distinct genes. The EHV-1 is responsible for great losses in horsebread world. Responsible for neonatal death, mieloencephalopaty, rinopneumonite and abortion, it is widely distributed into brasilian equine population. The purpose of this study was to standardize a polymerase chain reaction (PCR) for EHV-1detection in paraffin- embedded tissues allowing retrospective studies based on the collection histopatological samples. Thus, 12 mice (CH3/Rockfeller) with 21 days of age were inoculated with 3 different isolates of EHV-1, 2 from Argentina and one from Brazil. These mice were observed for 4 days and, after sacrifice by overdose of a combination of ketamine and xylazina, it were subjected to necropsy and collected the lung and central nervous system (SNC). The collected tissues were divided into 2 approximately equal parts: 1one stored at -20ºC until processing, and another set at 10% buffering formalin and later paraffin-embedded. The extraction was performed with continuous 9 fragments of 4µm each, using the extration protocol with proteinase K/ fenol/ clorofórmio. The assessment of analytical sensitivity of PCR were determined using 8 dilutions for all 3 virus isolates. The viral DNA amplification was performed using primers targeted to ORF64. In order to rule out the possible presence of PCR inhibitors and to ensure adequate extraction of DNA, primers directed to the gene for beta-actin were included It was possible to amplify viral DNA until 10-5 dilution, corresponding to 10-1 to 10-2 DICT50/25µL. With the standardized PCR, it was possible to detect the EHV-1 DNA in: a) 100% (12/12) of lung frozen sample and 100% (12/12) of the paraffin-embedded lung; b) 91% (11/12) of the frozen CNS and 41% (5/12) CNS paraffin-embedded. Moreover, the standardized PCR was tested in a collection of paraffin-embedded specimens from Pathological Anatomy Laboratory od Biological Institute Sao Paulo State, taken 5 cases of the abortion in horses. It were possible to detect EHV-1 DNA in: a) 1 sample from a case in that originally was possible to isolate the EHV-1, b) 4/4 sample originally negative diagnosed. Based on these results, it is possible to conclude that the standardized PCR performed well for detection viral DNA in paraffin-embedded tissues of experimentally infected animals, and probably a higher diagnostic sensitivity than the methods used for diagnosis of EHV-1 in the collection samples tissues tested for equine.
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Padronização de uma Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) para detecção do herpesvírus equino tipo 1 em tecidos incluídos em parafina / Standardization of a Polymerase Chain Reaction (PCR) for Equine Herpesvirus type 1 detection in Paraffin-Embeded Tissues

Camila Oliveira do Prado 26 September 2011 (has links)
O Herpesvírus equino tipo -1 (EHV-1) pertence ao gênero Varicellovírus da subfamília Alphaherpesvirinae pertencente à Família Herpesviridae. É um vírus envelopado, de DNA linear fita dupla, composto por 76 genes distintos. O EHV-1 é responsável por grandes prejuízos econômicos na equinocultura mundial. Responsável por doença neonatal fatal, mieloencefalopatia, rinopneumonite e abortamento, encontra-se amplamente distribuído pela população equina do território nacional. O objetivo do presente estudo foi o de padronizar uma reação em cadeia pela polimerase (PCR) para detecção do EHV-1 em tecidos incluídos em parafina a fim de permitir estudos retrospectivos em arquivos de amostras histopatológicas. Assim, foram inoculados experimentalmente 12 camundongos com 21 dias de idade da linhagem CH3/Rockfeller com três diferentes isolados de EHV-1, dois provenientes da Argentina e um do Brasil. Esses animais foram observados por quatro dias e, após sacrifício por sobre dose de uma associação de ketamina e xilazina, foram submetidos à necropsia e colhidos o pulmão e sistema nervoso central (SNC). Os órgãos colhidos foram divididos em duas partes aproximadamente iguais: uma mantida a -20ºC até processamento e a outra fixada em formalina 10% tamponada e posteriormente incluída em parafina. A extração foi realizada com nove fragmentos contínuos de 4µm cada, a partir do protocolo de extração com proteinase K/ fenol/ clorofórmio. Foi realizada avaliação da sensibilidade analítica da PCR com oito diluições na base 10 para os três isolados utilizados. A amplificação do DNA viral foi realizada utilizando primers direcionados para a ORF64. A fim de descartar a eventual presença de inibidores da reação de PCR e assegurar a adequada extração de DNA, foram incluídos primers direcionados para o gene da beta-actina. A PCR mostrou-se capaz de amplificar DNA viral alvo numa diluição de até 10-5, sendo positiva entre 10-1 a 10-2 DICT50/25µL. Com a PCR padronizada, foi possível detectar o DNA do EHV-1 em: a) 100% (12/12) das amostras de pulmão congeladas e 100% (12/12) das amostras de pulmão incluídas em parafina; b) em 91% (11/12) das amostras de SNC congeladas e 41% (5/12) das amostras de SNC incluídas em parafina. A aplicação da PCR padronizada em uma coleção de amostras incluídas em parafina do Laboratório de Anatomia Patológica do IB/SP, colhidas de cinco casos de abortamento em equinos, revelou que o DNA do EHV-1 foi detectado em: a) um caso em que originalmente foi possível isolar o EHV-1; b) em 4/4 amostras que revelaram-se originalmente negativas. Com base nos resultados obtidos, foi possível concluir que a PCR padronizada teve bom desempenho na detecção de DNA viral em amostras incluídas em parafina de animais experimentalmente infectados e, provavelmente, uma sensibilidade diagnóstica mais elevada que os métodos utilizados para o diagnóstico do EHV-1 na coleção de amostras de equino testada. / The equine herpesvirus type 1 (EHV-1) belongs to Varicellovírus genus, Alphaherpesvirinae subfamíly of the Herpesviridae Famíly. It is an enveloped virus, double stranded linear DNA, composed of 76 distinct genes. The EHV-1 is responsible for great losses in horsebread world. Responsible for neonatal death, mieloencephalopaty, rinopneumonite and abortion, it is widely distributed into brasilian equine population. The purpose of this study was to standardize a polymerase chain reaction (PCR) for EHV-1detection in paraffin- embedded tissues allowing retrospective studies based on the collection histopatological samples. Thus, 12 mice (CH3/Rockfeller) with 21 days of age were inoculated with 3 different isolates of EHV-1, 2 from Argentina and one from Brazil. These mice were observed for 4 days and, after sacrifice by overdose of a combination of ketamine and xylazina, it were subjected to necropsy and collected the lung and central nervous system (SNC). The collected tissues were divided into 2 approximately equal parts: 1one stored at -20ºC until processing, and another set at 10% buffering formalin and later paraffin-embedded. The extraction was performed with continuous 9 fragments of 4µm each, using the extration protocol with proteinase K/ fenol/ clorofórmio. The assessment of analytical sensitivity of PCR were determined using 8 dilutions for all 3 virus isolates. The viral DNA amplification was performed using primers targeted to ORF64. In order to rule out the possible presence of PCR inhibitors and to ensure adequate extraction of DNA, primers directed to the gene for beta-actin were included It was possible to amplify viral DNA until 10-5 dilution, corresponding to 10-1 to 10-2 DICT50/25µL. With the standardized PCR, it was possible to detect the EHV-1 DNA in: a) 100% (12/12) of lung frozen sample and 100% (12/12) of the paraffin-embedded lung; b) 91% (11/12) of the frozen CNS and 41% (5/12) CNS paraffin-embedded. Moreover, the standardized PCR was tested in a collection of paraffin-embedded specimens from Pathological Anatomy Laboratory od Biological Institute Sao Paulo State, taken 5 cases of the abortion in horses. It were possible to detect EHV-1 DNA in: a) 1 sample from a case in that originally was possible to isolate the EHV-1, b) 4/4 sample originally negative diagnosed. Based on these results, it is possible to conclude that the standardized PCR performed well for detection viral DNA in paraffin-embedded tissues of experimentally infected animals, and probably a higher diagnostic sensitivity than the methods used for diagnosis of EHV-1 in the collection samples tissues tested for equine.
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Análise da eficiência da PCR com identificação específica do agente etiológico para o diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina / Evaluation of PCR techniques for the identification and characterization of Visceral Leishmaniasis in different tissues of seropositive dogs

Thaynan Fernandes Cunha Martins 18 November 2013 (has links)
Atualmente, um dos grandes problemas relacionados à leishmaniose é a falta de um diagnóstico específico capaz de indentificar e diferenciar espécies de Leishmania com rapidez e precisão. O desenvolvimento de métodos moleculares como a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), possibilita que o diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina (LVC) possa se tornar mais preciso e, eventualmente, de fácil execução, uma vez que limitações importantes relacionadas à sensibilidade e especificidade desta técnica ainda são descritas, principalmente quando se utiliza amostras clínicas. Com o intuito de melhor avaliar a eficiência da PCR para o diagnóstico da LVC, foram selecionadas diferentes amostras clínicas (baço, aspirado de linfonodo, pele sem lesão, pele com lesão e amostras de sangue) de 26 cães com sorologia positiva para leishmaniose submetidos à eutanásia pelo Serviço de Vigilância Epidemiológica do município de Embu das Artes - SP. Realizamos uma análise comparativa entre a PCR-RFLP kDNA-HaeIII e PCR-RFLP hsp70-BsaJI/EcoRII com dois métodos diagnósticos tradicionais (parasitológico direto, e cultura in vitro). Amostras clínicas de 28 cães com sorologia negativa para LVC da mesma região foram utilizadas como controle negativo das reações. Notamos que a PCR aprensentou maior sensibilidade em todas as amostras clínicas testadas quando comparadas aos métodos tradicionais. Os resultados apontam que a PCR-RFLP kDNA-HaeIII é a mais eficiente para o diagnóstico da LVC, com um índice de 96,15% de positividade nas amostras de pele com lesão. Quanto à discriminação da espécie de Leishmania envolvida na infecção, nossos resultados de PCR-RFLP kDNA-HaeIII indicam Leishmania chagasi-infantum como o agente etiológico envolvido na infecção e transmissão canina na cidade de Embu das Artes. Por outro lado, a análise da PCR em Tempo Real (qPCR), mostrou que algumas amostras de sangue não apresentavam o padrão associado à Leishmania chagasi-infantum, podendo indicar uma co-infecção com outras parasitoses caninas. Nosso grupo também acompanhou 184 crianças de 4 a 10 anos de idade (população de risco) residentes da mesma região de transmissão autóctone da doença canina, como também foi realizado um levantamento das espécies de flebotomíneos da região (pela SUCEN). Até o momento, não foi encontrado nenhum caso da doença humana, nem a principal espécie transmissora do parasito (Lutzomiya longipalpis). Acreditamos que esses resultados possam contribuir significativamente para aprimorar o diagnóstico e a identificação das espécies Leishmania na LVC. / Currently, one of the major problems related to leishmaniasis is the lack of a specific diagnosis capable of identifying and differentiating Leishmania species quickly and accurately. The development of molecular methods such as Polymerase Chain Reaction ( PCR ) allows the diagnosis of Canine Visceral Leishmaniasis (CVL) to become more accurate and eventually, easy to perform, since that important limitations in terms of sensitivity and specificity of this technique are being described especially when using clinical samples. In order to better evaluate the efficiency of PCR for the diagnosis of CVL, we selected different clinical samples (spleen, lymph node aspirate, skin with and without lesions and blood samples) from 26 dogs with positive serology for leishmaniasis submitted to euthanasia by the Agency of Epidemiological Surveillance of Embu das Artes - SP. Therefore, we performed a comparative analysis between the kDNAPCR-RFLP HaeIII and hsp70PCR-RFLP BsaJI/EcoRII with two traditional diagnostic methods (direct parasitological test, and in vitro culture). Additionally, clinical samples from 28 dogs with negative serology for CVL in the same region were used as negative reactions control. We noted that the PCR showed greater sensitivity in all clinical samples tested when compared with traditional methods. The results indicate that the kDNAPCR-RFLP HaeIII is the most efficient test for the diagnosis of CVL, with a positivity index of 96.15 % in skin lesions samples. Related to the discrimination of the Leishmania species involved in the infection, our results of kDNAPCR-RFLP HaeIII indicate Leishmania infantum chagasi as the agent involved in canine infection in Embu das Artes city. Moreover, the analysis of real-time PCR (qPCR) showed that some blood samples has not showed the same pattern associated with Leishmania infantum chagasi suggesting a possible co-infection with other canine parasite. Our group also followed 184 children between 4 to 10 years old (risk population) living in the same region of autochthonous transmission of canine disease, as well a survey was conducted on the sandfly species in the region (by SUCEN). So far, we found no human infection, nor the main species involved in the transmission of the parasite (Lutzomyia longipalpis). We believe that these results can significantly contribute to the improvement of the diagnosis and identification of Leishmania species involved in the CVL worldwide.

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