Orientador: Marcelo Menossi Teixeira, Aluisio de Souza Pinheiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T01:46:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Duarte_RodrigoDrummondCouto_D.pdf: 10481872 bytes, checksum: b2571c6b4e34ab56accd3eade31da7dd (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Arranjos de DNA são uma poderosa técnica de monitoramento da expressão gênica em larga escala. No entanto, a grande quantidade de dados gerados com esse tipo de experimento requer um tratamento estatístico adequado às suas características. Uma aplicação importante dos arranjos de DNA é a identificação de genes diferencialmente expressos em diferentes amostras de RNA. Essa seleção demanda testes estatísticos apurados, capazes de distinguir, entre o grande número de genes usualmente presentes nos arranjos, aqueles cuja expressão é significativamente diferenciada. Neste trabalho nós desenvolvemos algoritmos para a análise estatística dos dados provenientes de arranjos de DNA, eficientes em lidar com os problemas usuais nesse tipo de dados, como o número limitado de réplicas. Aplicados a dados simulados, os algoritmos desenvolvidos mostraram-se competitivos com outros métodos de análises descritos na literatura, superando-os em algumas situações. A aplicação desses algoritmos foi também demonstrada em um experimento voltado à identificação de genes de cana-deaçúcar diferencialmente expressos em resposta a deficiência de fosfato. O fósforo é um macronutriente essencial, captado pelas plantas principalmente na forma de fosfato inorgânico (Pi). A deficiência de fosfato é freqüente na natureza, especialmente nos solos ácidos das regiões tropicais e subtropicais. Devido a grande importância econômica da cana-de-açúcar, a identificação de genes diferencialmente expressos em resposta à deficiência de fosfato nesta espécie é de grande interesse científico e agronômico. Algoritmos de agrupamento foram também aplicados aos dados de expressão obtidos no experimento, identificando padrões de expressão gênica nos diferentes estágios da resposta da cana a esse estresse e proporcionando assim uma caracterização adicional da mesma. Futuramente, os resultados desse trabalho podem conduzir ao desenvolvimento de linhagens de cana-de-açúcar com melhor desempenho em solos pobres de fosfato, o que seria de extremo interesse agronômico / Abstract: DNA arrays are a powerful technique for monitoring gene expression in large scale. However, the great amount of data generated by this kind of experiment requires a statistical treatment adequate to its characteristics. An important application of DNA arrays is the identification of differentially expressed genes in different RNA samples. This selection demands refined statistical tests, able of distinguish among the great number of genes usually present in the arrays those which expression is significantly different. In this work, we have developed algorithms for the analysis of DNA array data, efficient in handling the usual problems in this kind of data, as the limited number of replicates. When applied to data simulations the developed algorithms showed to be competitive with other methods of analysis described in the literature and widely used, overperforming them in some situations. The application of these algorithms was also demonstrated in an experiment devoted to the identification of sugarcane genes differentially expressed in response to phosphate deficiency. Phosphorous is an essential macronutrient, absorbed by plants mostly in the form of inorganic phosphate (Pi). The phosphate deficiency is frequent in the nature, especially in the acid soils of tropical and subtropical areas. Because of the great economical importance of sugarcane, the identification of genes that are differentially expressed in response to phosphate deficiency in this species is of great scientific and agronomic interest. Clustering algorithms were also applied to the expression data obtained in the experiment, identifying patterns of gene expression in the different stages of the sugarcane response to the stress, thus providing an additional characterization of it. In the future, the results of this work can lead to the development of sugarcane cultivars that have better performance in phosphate deficient soils, what would be of great agronomic interest / Doutorado / Bioinformatica / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Luiz Carlos de Freitas / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Educação / Made available in DSpace on 2018-08-10T17:34:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Miranda_AntonioCarlos_D.pdf: 2370098 bytes, checksum: 7a5f08dbf980e10e5b8b282077a79667 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O mote principal deste trabalho foi explorar a aplicação da DEA na avaliação do desempenho das escolas municipais de educação fundamental da cidade de Campinas, através de indicadores de qualidade especificados pelas escolas envolvidas. Uma das características da DEA é possibilitar a construção e análise, respeitando a escola isoladamente, ao mesmo tempo em que constrói uma fronteira de eficiência para cada instituição, a partir de critérios que não são arbitrários ou estranhos as mesmas. Entende-se que cada escola tem um conjunto de ¿recursos¿ (infra-estrutura, número de professores, apoio técnico, biblioteca, recursos tecnológicos, etc.) e que deve obter alguns ¿resultados¿ (número de alunos aprovados, proficiência dos alunos, redução da violência na escola, melhora no clima escolar, etc.). A DEA permite que se observe a relação (recursos-resultados) em uma escola, olhando simultaneamente para o conjunto das escolas analisáveis. Entretanto, mediante a infinidade de variáveis geradas pelas escolas, nos deparamos com o problema das escolhas das mesmas, logo, se pensou em uma alternativa metodológica na construção de índices, ou seja, que este fosse capaz de representar de forma significativa a união de várias medidas em uma única, dentro da DEA, o que foi denominado índice LOED. A partir deste índice, foi construída uma fronteira de referência para cada escola, onde ela pode se localizar em relação a esta fronteira, para conhecer e discutir seus problemas, tendo como foco, a superação de suas dificuldades para conseguir uma escola melhor. Assim, foi possível confirmar que a DEA relacionando recursos e resultados de maneira simples, agregado a outras informações torna-se uma ferramenta valiosa para os gestores / Abstract: The main goal of this work was to explore the using of the DEA in the evaluation of the performance of the basic education of the public schools in Campinas, SP, through quality indicators specified by own involved schools. One of the characteristics of DEA is to be able to build and analyze, respecting the individuality institutional, at the meantime constructing an efficiency reference for each school from criteria that are not strange and arbitrary. We know, each school has a set of resources (infrastructure, number of staff, technical support, library, etc) and they have to reach some results (promoted students, their proficiencies, reduction of violence in the school, etc). The DEA allows to observe the relation between resources and results isolate and at once to the set of evaluated schools. However, with the large number of variables, how to choose the right one, so, it was thought in alternative methodological in the construction of indicators, it means, to be able to represent a set of indicators inside of one, in the DEA, what it was called LOED indicator. After that, DEA can construct a reference border for each school so that they are capable to find their position in relation to this border to have knowledge e discuss their problems, in order to surpass their difficulties to get a better school. To conclude, it was to realize DEA is able to relate resources and results of simple way, adding other information, it becomes a value tool to the schools administrators / Doutorado / Ensino, Avaliação e Formação de Professores / Doutor em Educação