La gestion des processus-métiers, des architectures orientées-services et leur rétro-ingénierie s'appuie fortement sur l'extraction des protocoles-métier des services Web et des modèles des processus-métiers à partir de fichiers de journaux. La fouille et l'extraction de ces modèles visent la (re)découverte du comportement d'un modèle mis en œuvre lors de son exécution en utilisant uniquement les traces d'activité, ne faisant usage d'aucune information a priori sur le modèle cible. Notre étude préliminaire montre que : (i) une minorité de données sur l'interaction sont enregistrées par le processus et les architectures de services, (ii) un nombre limité de méthodes d'extraction découvrent ce modèle sans connaître ni les instances positives du protocole, ni l'information pour les déduire, et (iii) les approches actuelles se basent sur des hypothèses restrictives que seule une fraction des services Web issus du monde réel satisfont. Rendre possible l'extraction de ces modèles d'interaction des journaux d'activité, en se basant sur des hypothèses réalistes nécessite: (i) des approches qui font abstraction du contexte de l'entreprise afin de permettre une utilisation élargie et générique, et (ii) des outils pour évaluer le résultat de la fouille à travers la mise en œuvre du cycle de vie des modèles découverts de services. En outre, puisque les journaux d'interaction sont souvent incomplets, comportent des erreurs et de l'information incertaine, alors les approches d'extraction proposées dans cette thèse doivent être capables de traiter ces imperfections correctement. Nous proposons un ensemble de modèles mathématiques qui englobent les différents aspects de la fouille des protocoles-métiers. Les approches d'extraction que nous présentons, issues de l'algèbre linéaire, nous permettent d'extraire le protocole-métier tout en fusionnant les étapes classiques de la fouille des processus-métiers. D'autre part, notre représentation du protocole basée sur des séries temporelles des variations de densité de flux permet de récupérer l'ordre temporel de l'exécution des événements et des messages dans un processus. En outre, nous proposons la définition des expirations propres pour identifier les transitions temporisées, et fournissons une méthode pour les extraire en dépit de leur propriété d'être invisible dans les journaux. Finalement, nous présentons un cadre multitâche visant à soutenir toutes les étapes du cycle de vie des workflow de processus et des protocoles, allant de la conception à l'optimisation. Les approches présentées dans ce manuscrit ont été implantées dans des outils de prototypage, et validées expérimentalement sur des ensembles de données et des modèles de processus et de services Web. Le protocole-métier découvert, peut ensuite être utilisé pour effectuer une multitude de tâches dans une organisation ou une entreprise.