Ce travail concerne le développement et l'optimisation de la thermométrie par fluorescence en milieu sec et liquide pour caractériser thermiquement des fils de dimensions submicrométriques dont l'échauffement est obtenu par effet Joule. En utilisant des simulations en éléments finis, les paramètres des fils sont étudiés afin d'optimiser leur comportement thermique. Un fort confinement spatial de la température autour des fils en nickel sur un substrat de silicium est observé grâce à des mesures en fluorescence. Concernant le temps de réponse, des constantes de temps thermiques en dessous de la milliseconde sont obtenues expérimentalement. Les résultats présentés dans cette thèse sont d'un grand intérêt pour le développement de nouveaux outils pour la détection, la reconnaissance et l'étude fondamentale des molécules (dépliement et repliement de protéines et d'ADN par exemple) sous modulation thermique rapide.