Resumo: Muitas espécies marinhas estão em risco de extinção devido à exploração excessiva e carência de manejo de nossos oceanos. Reduzir a intensidade do impacto das atividades antrópicas sobre o ambiente marinho é uma tarefa complexa, uma vez que grande parte da população mundial reside próximo às áreas costeiras, e por isso, freqüentemente depende dos recursos marinhos para sua subsistência e lazer. Essa dependência dos seres humanos em relação aos oceanos torna crucial o conhecimento dos ecossistemas marinhos para adequado manejo de seus recursos. Hoje em dia, a pesquisa nessa área é ainda bastante limitada, principalmente, devido às dificuldades de se trabalhar nos oceanos. Entretanto as análises de DNA estão contribuindo significativamente para o nosso conhecimento acerca da distribuição e saúde das populações de espécies marinhas criticamente ameaçadas. Dentre as espécies ameaçadas destaca-se o tubarão-martelo Sphyrna lewini cujas populações naturais estão atualmente em acelerada depleção devido à excessiva exploração pela pesca, principalmente para a comercialização de suas valorizadas nadadeiras nos mercados asiáticos. Esta espécie apresenta características relacionadas à sua disribuição e ao seu ciclo de vida que podem conduzir à estruturação em finaescala de suas populações. No presente trabalho foi verificada a existência de estruturação genética de S. lewini no Atlantico entre as populações do Brasil, Golfo do México e Mar do Caribe. Também foi detectada estruturação em fina escala ao longo da costa do Brasil, possivelmente em função do comportamento filopátrico de fêmeas dessa espécie e à existência de áreas de berçários costeiras. Os dados obtidos no presente trabalho evidenciam que as populações de tubarões-martelo do Atlantico Ocidental são geneticamente distintas, mesmo considerando-se curtas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The scalloped hammerhead shark Sphyrna lewini is a cosmopolitan species heavily exploited for fisheries and fin trade. Here we used mitochondrial DNA control region sequences to trace market-derived Sphyrna lewini fins back to their geographical region of origin. We showed that twenty-one percent of these fins were derived from the Western Atlantic, where this species is endangered. We also evaluated the population genetic structure and differentiation of S. lewini along Western Atlantic employing mtDNA and microsatellites. Our mtDNA results indicate strong population subdivision and four distinct genetic stocks along the studied area due to philopatric females with high fidelity to natal region. Contrarily, males facilitate gene flow dispersal and connection among areas as supported by low genetic differentiation verified in the 10 microsatellite loci analysis. We also report the occurrence of a rare cryptic scalloped hammerhead shark species lineage in the Southeastern Atlantic based on the analysis of nuclear (ITS2) and mitochondrial control region (CR) markers. Finally, we also developed a suite of species-specific primers sharks for global identification of sharpnose sharks (genus Rhizoprionodon). These species are morphologically very similar to one another and exhibit life-history characteristics (rapid growth, early maturity, annual reproduction) that suggests that they could be fished in a sustainable manner assuming an investment in monitoring, assessment and careful management. Here we successfully validated an approach that accurately distinguishes sharpnose sharks from a wide range of other sharks (52 species) and can therefore assist in the regulation of coastal shark fisheries around the world / Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Otto Bismarck Fazzano Gadig / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Andrey Leonado Fagundes Castro / Banca: Reinaldo Otávio Alvarenga Alves de Brito / Banca: Mercival Roberto Francisco / Doutor

Resumo: Bryconinae compreende um grupo de peixes com um grande número de espécies distribuídas em sistemas hidrográficos da América Central e da América do Sul. Análises cromossômicas baseadas em técnicas citogenéticas clássicas revelaram que todas as espécies estudadas até o momento apresentam cariótipos similares sem a presença de cromossomos sexuais heteromórficos. Visando ampliar os dados genéticos acerca das relações entre as espécies deste gênero e sobre a evolução cromossômica deste grupo, o objetivo do presente estudo foi isolar e caracterizar fragmentos de DNA associados a um determinado sexo e repetições de DNA satélite em Brycon cephalus e B. orbignyanus. Desta forma, uma análise de marcadores RAPD ("Random Amplified Polymorphic DNA") e uma dinâmica de digestão enzimática de DNA total foram realizadas. Sessenta e seis primers decâmeros foram utilizados em PCR revelando um fragmento de RAPD, composto por 535 pb, presente em fêmeas de B. cephalus. Dados de hibridização em membrana ("dot-blot") e de um marcador SCAR ("Sequence Characterized Amplified Region") desenvolvido confirmaram a especificidade deste fragmento a fêmeas desta espécie e revelaram sua ausência em duas outras espécies do gênero - B. orbignyanus e B. lundii.Digestões enzimáticas de DNA de B. cephalus e B. orbignyanus não evidenciaram diferenças entre machos e fêmeas. Por outro lado, as digestões realizadas com EcoRV, EcoRI, NotI, XbaI e XhoI em B. cephalus levaram à identificação de fragmentos de aproximadamente 250-300 pb em ambos os sexos que provavelmente correspondem a repetições de DNA satélite, denominadas de SatBc1, SatBc2, SatBc3, SatBc4 e SatBc5, respectivamente. A enzima HindIII permitiu a visualização de duas bandas de restrição com cerca de 650 e 850 pb (denominadas de SatBo1 e SatBo2) em machos e fêmeas de B. orbignyanus... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bryconinae stands for a fish group with several species that have been reported in South and Central America hydrographic systems. Chromosome analyses based on classical cytogenetic techniques have revealed that all species so far studied present similar karyotypes with no heteromorphic sex chromosomes. In order to improve genetic data on the species relationships and chromosome evolution, the purpose of the present study was to isolate and characterize sex-associated DNA fragments and satellite repeats in Brycon cephalus and B. orbignyanus. For this purpose, a random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay and a genomic DNA restriction digestion analysis were performed. Sixty six decamer primers were used in PCR revealing a RAPD fragment, composed by 535 bp, present in females of B. cephalus. Data on dot-blot hybridization and on a designed SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) marker confirmed its female-specificity in this species and revealed its absence in two other species of the genus - B. orbignyanus and B. lundii. Genomic DNA restriction digestions in B. cephalus and B. orbignyanus resulted in no differences between sexes of both species. However, EcoRV, EcoRI, NotI, XbaI and XhoI DNA digestions in B. cephalus led to the identification of fragments of approximately 250-300 bp in both sexes that probably correspond to satellite DNA repeats, denominated SatBc1, SatBc2, SatBc3, SatBc4 and SatBc5, respectively.The HindIII enzyme permitted the visualization of two restriction bands of around 650 and 850 bp (named as SatBo1 and SatBo2) in males and females of B. orbignyanus. Characterization of the SatBc1 fragment isolated from B. cephalus indicated that its monomeric unit is constituted by 255 bp and 52.9% AT rich. The obtained RAPD data can lead to the supposition that B. cephalus may present heteromorphic sex chromosomes that should be in an early phase... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Adriane Pinto Wasko / Coorientador: Cesar Martins / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Banca: Lúcia Giuliano-Caetano / Mestre

Orientador: Mary Massumi Itoyama / Banca: Maria Izabel Camargo Mathias / Banca: Luis Gustavo da Conceição Galego / Banca: Eliana Morielle Versute / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Resumo: Os Heteroptera apresentam particularidades, como a variação entre as espécies no número de lobos testiculares e colorações diferentes da bainha peritoneal. Além destas características, algumas espécies da família Pentatomidae possuem um dos lobos testiculares com características morfológicas e celulares diferentes dos demais lobos, levando à formação de espermatozoides com funções diversificadas. Embora apresentem inúmeras características peculiares, como as tratadas anteriormente, o modo como evoluem necessita de análises aprofundadas. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a evolução dos caracteres números de lobos, pigmentação da bainha peritoneal, espermatozoides não fertilizantes e cariótipo, baseando-se nas reconstruções filogenéticas. Foram utilizados, como marcadores, moleculares os genes mitocondriais COI, 16S e o nuclear 18S. Foi feito o sequenciamento de parte desses genes de 25 espécies de Heteroptera, sendo 12 da Família Coreidae e 13 da família Pentatomidae. Verificou-se que sozinhos estes genes não forneceram uma inferência segura nas análises evolutivas. Com tais genes concatenados, as informações puderam se somar, porém devido à baixa consistência nos ramos, as inferências evolutivas devem ser vistas com cautela. Desse modo, esta pesquisa evidenciou a complexidade das distribuições das características testiculares e citogenéticas relatadas através da filogenia molecular. Tornando-se necessário ampliar estes estudos com novas abordagens, como a utilização de caracteres morfológicos ou outros marcadores moleculares para elucidar sua evolução / Abstract: Heteroptera have peculiarities, including varying numbers of testicular lobes and different coloration of the peritoneal sheath between species. In addition to these features, some species in the Pentatomidae family have testicular lobes with morphologies and cells that are differentiated from the others, leading to the formation of spermatozoa with diversified functions. Although Heteroptera have many peculiar features, such as those previously reported, the study of their evolution requires detailed analysis. Thus, this study aimed to analyze the evolution of the characteristic number of lobes, peritoneal sheath pigmentation, production of non-fertilizing sperm and karyotype based on phylogenetic reconstructions using molecular markers, such as the COI, 16S and nuclear 18S mitochondrial genes. Thus, portions of genes from 25 Heteroptera species, including 12 from the Coreidae family and 13 from the Pentatomidae family, were sequenced. These genes alone did not provide reliable inference for evolutionary analyzes. With such concatenated genes, information could be added, but due to low consistency in the branches, the resulting evolutionary inferences must be viewed with caution. Thus, this research demonstrated the complexity of the distributions of the testicular and cytogenetic characteristics inferred by molecular phylogeny, and it is necessary to extend these studies with new approaches, such as the use of morphological or other molecular markers to elucidate evolution / Doutor

Orientador: Cesar Martins / Banca: Marcelo Vicari / Banca: Francis Nunes / Banca: Robson Carvalho / Banca: Patrícia Reis / Resumo:?? / Abstract: ?? / Doutor

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Banca: Rita de Cássia de Moura / Banca: Patricia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Ricardo Utsunomia / Banca: Maria Cristina de Almeida / Resumo: Os hemipteros da infraordem Cicadomorpha são representados por aproximadamente 30.000 espécies de insetos sugadores distribuídos mundialmente. Apesar de se destacarem por causarem muitos prejuízos na agricultura e pecuária pouco se sabe sobre a variabilidade genética e cromossômica desses animais que apresentam cromossomos holocentricos. Os DNAs repetitivos são uma ferramenta útil em estudos de diversificação cariotípica, organização e evolução dos genomas. Deste modo, este trabalho teve como objetivo contribuir com o conhecimento sobre a dinâmica dos cariótipos de representantes de Cicadomorpha e a organização de DNAs repetitivos, especificamente: I. analisar o cariótipo de espécies pertencentes a quatro famílias de Cicadomorpha, bem como caracterizar a heterocromatina constitutiva quanto a riqueza de pares de base; II. inferir a respeito da dinâmica evolutiva de famílias gênicas por meio do mapeamento cromossômico; III. analisar a organização cromossômica e testar a conservação interespecífica da sequência telomérica TTAGGn do pool de DNAs repetitivos obtidos (fração C0t) de espécies do gênero Mahanarva e das sequências teloméricas; IV. Analisar o satelitoma de Mahanarva quadripunctata e comparar os diferentes DNAs satélites de seu genoma com o de outras espécies do gênero visando entender a organização e evolução dos satDNAs neste grupo. Os dados obtidos revelam ampla variabilidade cromossômica entre as distintas famílias, causada principalmente por fusões cromossômicas, e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The hemipterans of the Cicadomorpha infraorder are represented by approximately 30.000 species of sucking insects distributed worldwide. Although they stand out by cause many damages in agriculture and livestock, they are poorly studied regarding the genetic and chromosomal variability of these animals that present holocentric chromosomes. Repetitive DNAs are a useful tools in studies of karyotypic diversification, organization and evolution of genomes. The aim of this work was to contribute with knowledge about the dynamics of the karyotypes of Cicadomorpha and the organization of repetitive DNAs, specifically: I. Analyze the karyotype of species belonging to four families of Cicadomorpha, as well as to characterize the constitutive heterochromatin regarding base pairs richess; II. Infer about the evolutionary dynamics of multigene families through the chromosomal mapping; III. Analyze the chromosomal organization and test the interspecific conservation of the telemetric repeat TTAGGn from the pool of repetitive DNA fraction (C0t fraction) of Mahanarva species and telomeric sequences; IV. Analyze the satellitome of Mahanarva quadripunctata and compare the different satellite DNAs of its genome with that from other species of the genus in order to understand the organization and evolution of satDNAs in this group. The data obtained reveal a wide chromosomal variability among the different families, caused mainly by chromosomal fusions, however within a same family the karyoty... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Marielle Cristina Schneider / Banca: Douglas de Araujo / Banca: Vanessa Bellini Bardella / Banca: Ana Paula de Moraes / Banca: Simone Lilian Gruber / Resumo: O subgênero Tityus (Archaeotityus) compreende escorpiões sedentários que vivem na serapilheira. Neste trabalho, seis espécies brasileiras de Archaeotityus (Tityus clathratus, Tityus maranhensis, Tityus mattogrossensis, Tityus paraguayensis, Tityus pusillus e Tityus silvestris) foram caracterizadas quanto ao número diploide e haploide, comportamento dos cromossomos durante a meiose, localização das regiões organizadoras nucleolares (NORs), sequências de DNA repetitivo, tais como de heterocromatina constitutiva, rDNA 28S e telomérica (TTAGG)n e marcadores epigenéticos (H3K9ac, H4K5ac, H3S10f, H3K4m2, H3K9m2, H3K9m3). Todas as espécies analisadas apresentaram cromossomos holocêntricos, meiose sináptica e aquiasmática e presença de cadeias cromossômicas na meiose I. Variação intraespecífica de número diploide e a presença de associações multivalentes formadas por um número variável de elementos foi visualizado dentro e entre as populações das cinco espécies. Metáfases espermatogoniais mostram: 2n=16, 2n=17 e 2n=18 em T. paraguayensis; 2n=16 e 2n=24 em T. silvestris; 2n=20 em T. maranhensis; 2n=19 e 2n=20 em T. clathratus, T. mattogrossensis e T. pusillus. Núcleos pós-paquitênicos revelaram uma alta variabilidade no número de bivalentes e/ou elementos envolvidos em associações multivalentes, dando destaque para T. clathratus, o qual mostrou 11 configurações meióticas distintas, e T. pusillus que exibiu células poliploides. Metáfases II indicaram que todos os cromossomos possuem disjunção regular e segregação balanceada. Metáfases mitóticas submetidas à impregnação por íon prata exibiram regiões organizadoras nucleolares localizadas na região terminal/subterminal de um par de cromossomos em todas as espécies. A heterocromatina constitutiva foi ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The subgenus Tityus (Archaeotityus) comprises sedentary scorpions that live in the upper layers of the leaf litter. In this work, six Brazilian Archaeotityus species (Tityus clathratus, Tityus maranhensis, Tityus mattogrossensis, Tityus paraguayensis, Tityus pusillus and Tityus silvestris) were examined regarding to the diploid/haploid number, chromosome behavior during meiosis, repetitive DNA sequences (constitutive heterochromatin, 28S rDNA and telomeric (TTAGG)n), and epigenetic marks (H3K9ac, H4K5ac, H3S10f, H3K4m2, H3K9m2, H3K9m3). All analyzed species showed holocentric chromosomes, synaptic and achiasmatic meiosis, and chromosome chains in meiosis I. Intraespecific variation of diploid number and the presence of multivalent associations formed by a variable number of elements were visualized within and among populations of five species. Spermatogonial metaphase cells exhibited: 2n=16, 2n=17 and 2n=18 in T. paraguayensis; 2n=16 and 2n=24 in T. silvestris; 2n=20 in T. maranhensis, 2n=19 and 2n=20 in T. clathratus, T. mattogrossensis and T. pusillus. In postpachytene nuclei, a high variability in the number of bivalents and/or chromosomes involved in multivalent associations was verified. The most extreme variability occurred in T. clathratus, which showed 11 distinct chromosome configurations in meiosis, and T. pusillus, which exhibited polyploid cells. Metaphase II cells indicated that all chromosomes possess regular disjunction and balanced segregation. In all species, mitotic metaphase cells submitted to silver impregnation revealed two nucleolar organizer regions localized on terminal/subterminal chromosome sites. The constitutive heterochromatin was localized in the terminal region of the one chromosome pair. Meiotic cells submitted to FISH with 28S rDNA probe showed ribosomal cistrons in the terminal region of one bivalent-like element ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Thesis (Ph. D.)--University of Adelaide, Dept. of Animal Science, 1997. / Includes bibliographical references (leaves 186-200).

Thesis (M.S.)--Virginia Polytechnic Institute and State University, 1993. / Vita. Abstract. Includes bibliographical references (leaves 128-140). Also available via the Internet.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-17Bitstream added on 2014-06-13T18:43:17Z : No. of bitstreams: 1 pinhal_d_dr_botib.pdf: 899231 bytes, checksum: 13c52ed23d9f3ece1bf640ab4d0e5703 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Muitas espécies marinhas estão em risco de extinção devido à exploração excessiva e carência de manejo de nossos oceanos. Reduzir a intensidade do impacto das atividades antrópicas sobre o ambiente marinho é uma tarefa complexa, uma vez que grande parte da população mundial reside próximo às áreas costeiras, e por isso, freqüentemente depende dos recursos marinhos para sua subsistência e lazer. Essa dependência dos seres humanos em relação aos oceanos torna crucial o conhecimento dos ecossistemas marinhos para adequado manejo de seus recursos. Hoje em dia, a pesquisa nessa área é ainda bastante limitada, principalmente, devido às dificuldades de se trabalhar nos oceanos. Entretanto as análises de DNA estão contribuindo significativamente para o nosso conhecimento acerca da distribuição e saúde das populações de espécies marinhas criticamente ameaçadas. Dentre as espécies ameaçadas destaca-se o tubarão-martelo Sphyrna lewini cujas populações naturais estão atualmente em acelerada depleção devido à excessiva exploração pela pesca, principalmente para a comercialização de suas valorizadas nadadeiras nos mercados asiáticos. Esta espécie apresenta características relacionadas à sua disribuição e ao seu ciclo de vida que podem conduzir à estruturação em finaescala de suas populações. No presente trabalho foi verificada a existência de estruturação genética de S. lewini no Atlantico entre as populações do Brasil, Golfo do México e Mar do Caribe. Também foi detectada estruturação em fina escala ao longo da costa do Brasil, possivelmente em função do comportamento filopátrico de fêmeas dessa espécie e à existência de áreas de berçários costeiras. Os dados obtidos no presente trabalho evidenciam que as populações de tubarões-martelo do Atlantico Ocidental são geneticamente distintas, mesmo considerando-se curtas... / The scalloped hammerhead shark Sphyrna lewini is a cosmopolitan species heavily exploited for fisheries and fin trade. Here we used mitochondrial DNA control region sequences to trace market-derived Sphyrna lewini fins back to their geographical region of origin. We showed that twenty-one percent of these fins were derived from the Western Atlantic, where this species is endangered. We also evaluated the population genetic structure and differentiation of S. lewini along Western Atlantic employing mtDNA and microsatellites. Our mtDNA results indicate strong population subdivision and four distinct genetic stocks along the studied area due to philopatric females with high fidelity to natal region. Contrarily, males facilitate gene flow dispersal and connection among areas as supported by low genetic differentiation verified in the 10 microsatellite loci analysis. We also report the occurrence of a rare cryptic scalloped hammerhead shark species lineage in the Southeastern Atlantic based on the analysis of nuclear (ITS2) and mitochondrial control region (CR) markers. Finally, we also developed a suite of species-specific primers sharks for global identification of sharpnose sharks (genus Rhizoprionodon). These species are morphologically very similar to one another and exhibit life-history characteristics (rapid growth, early maturity, annual reproduction) that suggests that they could be fished in a sustainable manner assuming an investment in monitoring, assessment and careful management. Here we successfully validated an approach that accurately distinguishes sharpnose sharks from a wide range of other sharks (52 species) and can therefore assist in the regulation of coastal shark fisheries around the world

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T19:42:36Z : No. of bitstreams: 1 souza_hv_dr_sjrp.pdf: 2893095 bytes, checksum: 3fbfb29a644c0168eb94cfc13b38ae77 (MD5) / Os Heteroptera apresentam particularidades, como a variação entre as espécies no número de lobos testiculares e colorações diferentes da bainha peritoneal. Além destas características, algumas espécies da família Pentatomidae possuem um dos lobos testiculares com características morfológicas e celulares diferentes dos demais lobos, levando à formação de espermatozoides com funções diversificadas. Embora apresentem inúmeras características peculiares, como as tratadas anteriormente, o modo como evoluem necessita de análises aprofundadas. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a evolução dos caracteres números de lobos, pigmentação da bainha peritoneal, espermatozoides não fertilizantes e cariótipo, baseando-se nas reconstruções filogenéticas. Foram utilizados, como marcadores, moleculares os genes mitocondriais COI, 16S e o nuclear 18S. Foi feito o sequenciamento de parte desses genes de 25 espécies de Heteroptera, sendo 12 da Família Coreidae e 13 da família Pentatomidae. Verificou-se que sozinhos estes genes não forneceram uma inferência segura nas análises evolutivas. Com tais genes concatenados, as informações puderam se somar, porém devido à baixa consistência nos ramos, as inferências evolutivas devem ser vistas com cautela. Desse modo, esta pesquisa evidenciou a complexidade das distribuições das características testiculares e citogenéticas relatadas através da filogenia molecular. Tornando-se necessário ampliar estes estudos com novas abordagens, como a utilização de caracteres morfológicos ou outros marcadores moleculares para elucidar sua evolução / Heteroptera have peculiarities, including varying numbers of testicular lobes and different coloration of the peritoneal sheath between species. In addition to these features, some species in the Pentatomidae family have testicular lobes with morphologies and cells that are differentiated from the others, leading to the formation of spermatozoa with diversified functions. Although Heteroptera have many peculiar features, such as those previously reported, the study of their evolution requires detailed analysis. Thus, this study aimed to analyze the evolution of the characteristic number of lobes, peritoneal sheath pigmentation, production of non-fertilizing sperm and karyotype based on phylogenetic reconstructions using molecular markers, such as the COI, 16S and nuclear 18S mitochondrial genes. Thus, portions of genes from 25 Heteroptera species, including 12 from the Coreidae family and 13 from the Pentatomidae family, were sequenced. These genes alone did not provide reliable inference for evolutionary analyzes. With such concatenated genes, information could be added, but due to low consistency in the branches, the resulting evolutionary inferences must be viewed with caution. Thus, this research demonstrated the complexity of the distributions of the testicular and cytogenetic characteristics inferred by molecular phylogeny, and it is necessary to extend these studies with new approaches, such as the use of morphological or other molecular markers to elucidate evolution