Les virus font partie des entités les plus abondantes sur Terre, mais la diversité des virus est très peu connue puisque biaisée en faveur d’hôtes animaux d’intérêts sociétal, agronomique et économique. L’apport des nouvelles techniques de séquençage permet actuellement d’obtenir des informations qui étaient tout simplement inaccessibles. Le but de mon travail de thèse a été l’étude de la diversité virale présente au sein d’un grand nombre d’animaux non-modèles. Pour répondre à cette problématique il m’a fallu mettre en place une méthodologie analytique innovante de découverte de nouveaux virus par une approche de méta-transcriptomique. Ce travail i) montre que la méthodologie bioinformatique mise en place est pertinente, ii) permet de découvrir de nouveaux virus ayant des caractéristiques génomiques particulières relevant de nouveaux genres ou familles de virus, iii) révèle de nouveaux hôtes pour des virus appartenant à des familles virales très étudiées et iv) montre que la gamme d’hôte de virus connus peut être plus étendue qu’attendu grâce à un focus sur la diversité des virus d’hyménoptères. D’une manière plus globale, mon travail permet de combler quelques lacunes existantes dans les connaissances liées à l’étude de la diversité virale et met en évidence l’importance de l’étude des animaux non-modèles. / Viruses are among the most abundant entities on Earth, but the viral diversity remains mostly unknown as currently biased in favour of animals of social, agronomic and economic interest. Next Generation Sequencing technologies provide access to so far inaccessible information. The aim of my PhD thesis was the study of the viral diversity within a large range of non-model animals. To address this question I set up an innovative analytical framework to discover new viruses based on a meta-transcriptomic approach. This work i) shows that this bioinformatics method is efficient and powerful, ii) allows the discovery of new viruses with particular genomic organisations suggesting they belong to new virus genera of families, iii) uncovered new viruses from new hosts in well-known viral families and iv) shows wider viral host range than previously expected based on a particular focus on hymenopteran viral diversity. Overall, my work allows to fill some gaps in the knowledge of viral diversity and shows the importance of studying non-model animal species in virology.

Dans ce projet, nous étudions certaines classes d équations non-linéaires aux différences pour toutes les valeurs non-négatives admissibles de paramètres et de conditions initiales. Dans la première partie, nous présentons quelques définitions initiales et nécessaires de la stabilité dans la littérature des équations aux différences. Nous exprimons également plusieurs résultats connus et quelques théorèmes qui seront utiles dans notre recherche à la suite. Dans le deuxièllle chapitre, on étudie l'intervalle invariant, le caractère des sellli-cycles, la stabilité globale, et le "boundedness" de l'équation aux différences [Formule mathématique]. Dans la deuxième partie de ce travail, nous étudions la famille de modèles de la population, d'ordre supérieur, de l'équation logistique non-autonorne [Formule mathématique]. En particulier, le comporternent périodique, l'attractivité des solutions et la stabilité de solutions sont examinés en détail. Ce modèle représente les différentes croissances de population telles que la plupart des saumons et "spruce budworms" ayant assez de nourriture (feuillage). L'impact du caractère saisonnier , qui est indubitablenlent présent dans la croissance de la population, sur le comporternent des solutions (croissance de la population) est également envisagé. Enfin, nous présentons un modèle déterministe de l'infection par le VIH (virus d'immunodéficience hurnaine) en présence de la trithérapie. Puis la stabilité globale asymptotique de l'équilibre "disease-free" et l'équilibre endémique sont étudiés pour le modèle continu. En outre, le modèle est implicitement estimé par la méthode des différences finies, un système d'équations aux différences, afin de résoudre le système d 'IVP (problème aux valeurs initiales) . La dynamique du modèle estimé est complètement déterminée par une quantité de seuil R appelée le "basic reproduction number". Lorsque le nombre associé à la reproduction est inférieur à l'unité, le résultat indique que l'infection par le VIH peut être éliminée de la personne infectée. Un équilibre stable endémique existe lorsque le nombre associé à la reproduction est supérieur à l'unité (conduisant à la persistance et l'existence du VIH au sein de la personne infectée, puis de la communauté) .