Les systèmes toxine-antitoxine (TA) sont composés d’une toxine intracellulaire qui cible un processus cellulaire essentiel et qui est neutralisée par une antitoxine. Ces systèmes sont très abondant chez les bactéries et sont impliqués dans la réponse aux stress, la formation de biofilm, le phénomène de persistance, etc.<p>Mon projet de thèse a porté sur l’étude de la diversité des systèmes TA à deux niveaux. Dans un premier temps, plusieurs toxines de la famille RelE provenant de différentes espèces bactériennes et associées à des antitoxines non-canoniques ont été étudiées. Dans la seconde partie de ma thèse, nous avons caractérisé l’activation spécifique de deux systèmes TA d’Escherichia coli au niveau de la régulation transcriptionnelle du système et de l’activation de la toxine. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les systèmes toxine-antitoxine (TA) bactériens ont été découverts il y a une vingtaine d’année sur les plasmides à bas nombre de copie. Ils sont composés de deux gènes organisés en opéron, l’un codant pour une toxine stable et l’autre pour une antitoxine instable capable de neutraliser l’effet de la toxine. Les systèmes TA sont fortement représentés au sein de l’ensemble des génomes bactériens. Ils se localisent aussi bien sur des éléments génétiques mobiles (plasmides, phages, transposons,…) que dans les chromosomes, ce qui suggère que le transfert horizontal de gènes participe à leur dissémination. Le système TA ccd du plasmide F d’Escherichia coli (ccdF) est composé de l’antitoxine CcdA et de la toxine CcdB. Le système ccdF contribue à la stabilité du plasmide F en tuant les bactéries-filles n’ayant pas reçu de copies plasmidiques lors de la division bactérienne (tuerie post-ségrégationelle).<p>Au cours de ce travail, nous avons caractérisé un homologue du système toxine-antitoxine ccd du plasmide F (ccdF) qui se situe dans le chromosome de la souche pathogène E. coli O157:H7 EDL933 entre les gènes folA et apaH (ccdO157). Les systèmes ccdF et ccdO157 coexistent naturellement dans les souches d’E. coli O157:H7, le système ccdF se trouvant sur le plasmide pO157 qui dérive du plasmide F. Nos résultats montrent que l’antitoxine plasmidique CcdAF neutralise l’effet de la toxine chromosomique CcdBO157, tandis que l’antitoxine chromosomique CcdAO157 ne contrecarre pas la toxicité de la toxine plasmidique CcdBF. Nous avons également montré que le système ccdF cause une tuerie post-ségrégationelle, lorsqu’il est cloné dans un plasmide instable, dans une souche possédant le système chromosomique ccdO157. Le système ccdF est donc fonctionnel en présence de son homologue chromosomique. <p>Le système ccdO157 est absent du chromosome de la souche de laboratoire E. coli K-12 MG1655, où une région intergénique de 77 pb sépare les gènes folA et apaH. Celle-ci contient une séquence cible pour la transposition. Nous avons étudié la distribution du système ccdO157 au sein de 523 souches d’E. coli représentatives de l’ensemble des sérogroupes décrits. Nos résultats montrent que le système ccdO157 est présent au sein de souches appartenant à 47 sérogroupes différents. Nos résultats mettent en évidence la diversité de la région intergénique folA-apaH d’E. coli. Celle-ci peut contenir gènes codant pour des protéines présentant de l’homologie avec des protéines d’espèce bactériennes éloignées d’E. coli ou d’organismes eucaryotes, ainsi qu’un élément génétique mobile, l’IS621, ce qui montre que le système ccdO157 a intégré le chromosome d’E. coli via le transfert horizontal de gènes.<p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

CsrA is a global regulator and the main player of the carbon storage regulator (Csr) network, a well- conserved regulatory network in the bacterial world. CsrA is involved in regulation of many physiological processes, including pathways of central carbon metabolism, biofilm formation, motility and virulence in pathogenic species. CsrA acts at the post-transcriptional level by binding specific sequences on its target mRNAs, leading to mRNA destabilization or stabilization. The majority of studies were analyzing a csrA mutant of E. coli K-12 encoding a truncated form of the CsrA protein, retaining residual activity.<p>This work aims at further characterize the roles of CsrA by deleting the entire csrA gene in a recently isolated strain, the uropathogenic E. coli CFT073 strain. Deletion of csrA leads to a marked growth defect, indicating that this gene, although not essential, is primordial for growth. We performed experimental evolution of csrA deletion mutants. Compensatory mutants totally outcompete the original csrA deletion mutant after six days of culture, indicating that the applied selective pressures are strong. The ÄcsrA and three ÄcsrA evolved mutants were extensively analyzed by combining molecular techniques such as genetics, microscopy and use of fluorescent reporters, and global approaches, including comparative proteomics and whole genome sequencing.<p>Our data indicate that csrA deletion strongly affects central metabolism and energy status, constituting an endogenous metabolic stress that, in turn, induces specific stress responses. This work illustrates the interconnection of multiple regulation networks for responding to specific conditions and demonstrates the flexibility of metabolic network to compensate for genetic perturbations in E. coli.<p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished