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Uso de Meta-aprendizado para a Seleção e Ordenação de Algoritmos de Agrupamento Aplicados a Dados de Expressão Gênica

SOARES, Rodrigo Gabriel Ferreira 31 January 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1983_1.pdf: 1880375 bytes, checksum: 3e607e8a193587ce0ea6508c676eef4e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O volume de dados de expressão gênica vem crescendo exponencialmente nos ultimos anos devido as novas tecnologias da Biologia Molecular, que permitem medir a expressão de milhares de genes ao mesmo tempo. A analise computacional desses dados tem grande importância na Biologia e na Medicina. Ela permite, por exemplo, a descoberta de novas classes de câncer biologicamente e clinicamente significantes e a identificação de novas funções dos genes. As tecnicas de Aprendizado de Maquina não-supervisionado fazem parte da metodologia de analise usada pelos especialistas. Existem diversos algoritmos de agrupamento de dados, cada um procurando particionar os dados de uma maneira especifica. A escolha desse algoritmo e fundamental para a qualidade do agrupamento e, portanto, para a analise adequada dos resultados. Propomos uma metodologia de meta-aprendizado para a escolha dos algoritmos de agrupamento de dados no contexto de dados de expressão gênica de celulas cancergenas. Ate o momento, o meta-aprendizado vinha sendo utilizado apenas no contexto supervisionado. Nesta Dissertação, estendemos esse conceito para problemas não-supervisionados. Usamos bases de dados de diferentes experimentos com microarrays de varios estudos sobre câncer. Extraimos caracteristicas relevantes de cada base de dados a fim de emprega-las no aprendizado de Redes Neurais, k- Vizinhos Mais Proximos e Maquinas de Vetores Suporte, utilizados como meta-aprendizes. Esses metodos foram usados como sistemas de aprendizado para predizer a ordem de desempenho dos algoritmos de agrupamento, bem como selecionar o melhor algoritmo, de acordo com essas caracteristicas. Realizamos um conjunto de experimentos para validar o uso de cada meta-aprendiz. Nesse contexto, mostramos que, em media, os rankings sugeridos pelas Maquinas de Vetores Suporte são significativamente mais correlacionados com o ranking ideal do que aqueles obtidos com o ranking default. Conseguimos realizar um estudo inovador que pode ser expandido para dados de outros contextos, servindo como ponto de partida para novas abordagens
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Interpretação de clusters gerados por algoritmos de clustering hierárquico / Interpreting clusters generated by hierarchical clustering algorithms

Metz, Jean 04 August 2006 (has links)
O processo de Mineração de Dados (MD) consiste na extração automática de padrões que representam o conhecimento implícito em grandes bases de dados. Em geral, a MD pode ser classificada em duas categorias: preditiva e descritiva. Tarefas da primeira categoria, tal como a classificação, realizam inferências preditivas sobre os dados enquanto que tarefas da segunda categoria, tal como o clustering, exploram o conjunto de dados em busca de propriedades que o descrevem. Diferentemente da classificação, que analisa exemplos rotulados, o clustering utiliza exemplos para os quais o rótulo da classe não é previamente conhecido. Nessa tarefa, agrupamentos são formados de modo que exemplos de um mesmo cluster apresentam alta similaridade, ao passo que exemplos em clusters diferentes apresentam baixa similaridade. O clustering pode ainda facilitar a organização de clusters em uma hierarquia de agrupamentos, na qual são agrupados eventos similares, criando uma taxonomia que pode simplificar a interpretação de clusters. Neste trabalho, é proposto e desenvolvido um módulo de aprendizado não-supervisionado, que agrega algoritmos de clustering hierárquico e ferramentas de análise de clusters para auxiliar o especialista de domínio na interpretação dos resultados do clustering. Uma vez que o clustering hierárquico agrupa exemplos de acordo com medidas de similaridade e organiza os clusters em uma hierarquia, o usuário/especialista pode analisar e explorar essa hierarquia de agrupamentos em diferentes níveis para descobrir conceitos descritos por essa estrutura. O módulo proposto está integrado em um sistema maior, em desenvolvimento no Laboratório de Inteligência Computacional ? LABIC ?, que contempla todas as etapas do processo de MD, desde o pré-processamento de dados ao pós-processamento de conhecimento. Para avaliar o módulo proposto e seu uso para descoberta de conceitos a partir da estrutura hierárquica de clusters, foram realizados diversos experimentos sobre conjuntos de dados naturais, assim como um estudo de caso utilizando um conjunto de dados real. Os resultados mostram a viabilidade da metodologia proposta para interpretação dos clusters, apesar da complexidade do processo ser dependente das características do conjunto de dados. / The Data Mining (DM) process consists of the automated extraction of patterns representing knowledge implicitly stored in large databases. In general, DM tasks can be classified into two categories: predictive and descriptive. Tasks in the first category, such as classification and prediction, perform inference on the data in order to make predictions, while tasks in the second category, such as clustering, characterize the general properties of the data. Unlike classification and prediction, which analyze class-labeled data objects, clustering analyses data objects without a known class-label. Clusters of objects are formed so that objects that are in the same cluster have a close similarity among them, but are very dissimilar to objects in other clusters. Clustering can also facilitate the organization of clusters into a hierarchy of clusters that group similar events together. This taxonomy formation can facilitate interpretation of clusters. In this work, we propose and develop tools to deal with this task by implementing a module which comprises hierarchical clustering algorithms and several cluster analysis tools, aiming to help the domain specialist to interpret the clustering results. Once clusters group objects based on similarity measures which are organized into a hierarchy, the user/specialist is able to carry out an analysis and exploration of the agglomeration hierarchy at different levels of the hierarchy in order to discover concepts described by this structure. The proposed module is integrated into a large system under development by researchers from the Computational Intelligence Laboratory ? LABIC ?- which contemplates all the DM process steps, from data pre-processing to knowledge post-processing. To evaluate the implemented module and its use to discover concepts from the hierarchical structure of clusters, several experiments on natural databases were carried out as well as a case study using a real database. Results show the viability of the proposed methodology although the process could be complex depending on the characteristics of the database.
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Detecção de novidade com aplicação a fluxos contínuos de dados / Novelty detection with application to data streams

Spinosa, Eduardo Jaques 20 February 2008 (has links)
Neste trabalho a detecção de novidade é tratada como o problema de identificação de conceitos emergentes em dados que podem ser apresentados em um fluxo contínuo. Considerando a relação intrínseca entre tempo e novidade e os desafios impostos por fluxos de dados, uma nova abordagem é proposta. OLINDDA (OnLIne Novelty and Drift Detection Algorithm) vai além da classficação com uma classe e concentra-se no aprendizado contínuo não-supervisionado de novos conceitos. Tendo aprendido uma descrição inicial de um conceito normal, prossegue à análise de novos dados, tratando-os como um fluxo contínuo em que novos conceitos podem aparecer a qualquer momento. Com o uso de técnicas de agrupamento, OLINDDA pode empregar diversos critérios de validação para avaliar grupos em termos de sua coesão e representatividade. Grupos considerados válidos produzem conceitos que podem sofrer fusão, e cujo conhecimento é continuamente incorporado. A técnica é avaliada experimentalmente com dados artificiais e reais. O módulo de classificação com uma classe é comparado a outras técnicas de detecção de novidade, e a abordagem como um todo é analisada sob vários aspectos por meio da evolução temporal de diversas métricas. Os resultados reforçam a importância da detecção contínua de novos conceitos, assim como as dificuldades e desafios do aprendizado não-supervisionado de novos conceitos em fluxos de dados / In this work novelty detection is treated as the problem of identifying emerging concepts in data that may be presented in a continuous ow. Considering the intrinsic relationship between time and novelty and the challenges imposed by data streams, a novel approach is proposed. OLINDDA, an OnLIne Novelty and Drift Detection Algorithm, goes beyond one-class classification and focuses on the unsupervised continuous learning of novel concepts. Having learned an initial description of a normal concept, it proceeds to the analysis of new data, treating them as a continuous ow where novel concepts may appear at any time. By the use of clustering techniques, OLINDDA may employ several validation criteria to evaluate clusters in terms of their cohesiveness and representativeness. Clusters considered valid produce concepts that may be merged, and whose knowledge is continuously incorporated. The technique is experimentally evaluated with artificial and real data. The one-class classification module is compared to other novelty detection techniques, and the whole approach is analyzed from various aspects through the temporal evolution of several metrics. Results reinforce the importance of continuous detection of novel concepts, as well as the dificulties and challenges of the unsupervised learning of novel concepts in data streams
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Técnicas de aprendizado não supervisionado baseadas no algoritmo da caminhada do turista / Unsupervised learning techniques based on the tourist walk algorithm

Porto Filho, Carlos Humberto 07 November 2017 (has links)
Nas últimas décadas, a quantidade de informações armazenadas no formato digital tem crescido de forma exponencial, levando à necessidade cada vez maior de produção de ferramentas computacionais que auxiliem na geração do conhecimento a partir desses dados. A área de Aprendizado de Máquina fornece diversas técnicas capazes de identificar padrões nesses conjuntos de dados. Dentro dessas técnicas, este trabalho destaca o Aprendizado de Máquina Não Supervisionado onde o objetivo é classificar as entidades em clusters (grupos) mutuamente exclusivos baseados na similaridade entre as instâncias. Os clusters não são pré-definidos e daí o elemento não supervisionado. Organizar esses dados em clusters que façam sentido é uma das maneiras mais fundamentais de entendimento e aprendizado. A análise de clusters é o estudo dos métodos para agrupamento e se divide entre hierárquico e particional. A classificação hierárquica é uma sequência encadeada de partições enquanto que na particional há somente uma partição. O interesse deste trabalho são as técnicas baseadas em uma caminhada determinística parcialmente auto repulsiva conhecida como caminhada do turista. Partindo da hipótese de que é possível utilizar a caminhada do turista como uma técnica de Aprendizado de Máquina Não Supervisionado, foi implementado um algoritmo hierárquico baseado na caminhada do turista proposto por Campiteli et al. (2006). Foi avaliado, através de diferentes conjuntos de imagens médicas, como essa técnica se compara com técnicas hierárquicas tradicionais. Também é proposto um novo algoritmo de Aprendizado de Máquina Não Supervisionado particional baseado na caminhada do turista, chamado de Tourist Walk Partitional Clustering (TWPC). Os resultados mostraram que a técnica hierárquica baseada na caminhada do turista é capaz de identificar clusters em conjuntos de imagens médicas através de uma árvore que não impõe uma estrutura binária, com um número menor de hierarquias e uma invariabilidade à escala dos dados, resultando em uma estrutura mais organizada. Mesmo que a árvore não seja diretamente baseada nas distâncias dos dados, mas em um ranking de vizinhos, ela ainda preserva uma correlação entre suas distâncias cofenéticas e as distâncias reais entre os dados. O método particional proposto TWPC foi capaz de encontrar, de forma eficiente, formas arbitrárias de clusters com variações inter-cluster e intra-cluster. Além disso o algoritmo tem como vantagens: ser determinístico; funcionar com interações locais, sem a necessidade de conhecimento a priori de todos os itens do conjunto; incorporar o conceito de ruído e outlier; e funcionar com um ranking de vizinhos, que pode ser construído através de qualquer medida. / In the last decades, the amount of data stored in digital format has grown exponentially, leading to the increasing need to produce computational tools that help generate knowledge from these data. The Machine Learning field provides several techniques capable of identifying patterns in these data sets. Within these techniques we highlight the Unsupervised Machine Learning where the objective is to classify the entities in mutually exclusive clusters based on the similarity between the instances. Clusters are not predefined and hence the unsupervised element. Organizing this data into clusters that make sense is one of the most fundamental ways of understanding and learning. Cluster analysis is the study of methods for clustering and is divided between hierarchical and partitional. A hierarchical clustering is a sequence of partitions whereas in the partitional clustering there is only one partition. Here we are interested in techniques based on a deterministic partially self-avoiding walk, known as tourist walk. Based on the hypothesis that it is possible to use the tourist walk as an unsupervised machine learning technique, we have implemented a hierarchical algorithm based on the tourist walk proposed by Campiteli et al. (2006). We evaluate this algorithm using different sets of medical images and compare it with traditional hierarchical techniques. We also propose a new algorithm for partitional clustering based on the tourist talk, called Tourist Walk Partitional Clustering (TWPC). The results showed that the hierarchical technique based on the tourist walk is able to identify clusters in sets of medical images through a tree that does not impose a binary structure, with a smaller number of hierarchies and is invariable to scale transformation, resulting in a more organized structure. Even though the tree is not directly based on the distances of the data but on a ranking of neighbors, it still preserves a correlation between its cophenetic distances and the actual distances between the data. The proposed partitional clustering method TWPC was able to find, in an efficient way, arbitrary shapes of clusters with inter-cluster and intra-cluster variations. In addition, the algorithm has the following advantages: it is deterministic; it operates based on local interactions, without the need for a priori knowledge of all the items in the set; it is capable of incorporate the concept of noise and outlier; and work with a ranking of neighbors, which can be built through any measure.
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Suporte ao diagnóstico da doença de Alzheimer a partir de imagens de ressonância magnética / Diagnostic support for Alzheimer's disease through magnetic resonance imaging

Padovese, Bruno Tavares [UNESP] 15 May 2017 (has links)
Submitted by Bruno Tavares Padovese null (bpadovese@gmail.com) on 2017-07-03T15:22:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Mestrado_Bruno_Tavares_Padovese.pdf: 4559390 bytes, checksum: 9152719c817205d08d3a72b5a5abc949 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-04T17:59:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 padovese_bt_me_sjrp.pdf: 4559390 bytes, checksum: 9152719c817205d08d3a72b5a5abc949 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-04T17:59:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 padovese_bt_me_sjrp.pdf: 4559390 bytes, checksum: 9152719c817205d08d3a72b5a5abc949 (MD5) Previous issue date: 2017-05-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Resumo: Os estágios iniciais da doença de Alzheimer são comumente confundidos com o processo natural de envelhecimento. Adicionalmente, a metodologia envolvida no diagnóstico por radiologistas pode ser subjetiva e difícil de documentar. Neste cenário, o desenvolvimento de abordagens acessíveis capazes de auxiliar no diagnóstico precoce da doença de Alzheimer é crucial. Várias abordagens têm sido empregadas com este objetivo, especialmente utilizando imagens de ressonância magnética cerebral. Embora resultados com precisão satisfatória tenham sido obtidos, a maioria das abordagens requer etapas de pré-processamento muito específicas, baseadas na anatomia do cérebro. Neste trabalho, apresentamos uma nova abordagem de recuperação de imagens para auxílio ao diagnóstico da doença de Alzheimer, com base em descritores de propósito geral e uma etapa de pós-processamento não supervisionada. Os exames de ressonância magnética cerebral são processados e recuperados através de descritores de uso geral sem nenhuma etapa de pré-processamento. Dois algoritmos de aprendizado não-supervisionados baseados em ranqueamento foram aplicados para melhorar a eficácia dos resultados iniciais: os algoritmos RL-Sim e ReckNN. Os resultados experimentais demonstram que a abordagem proposta é capaz de atingir resultados de recuperação eficazes, sendo adequada para auxiliar no diagnóstico da doença de Alzheimer. / Abstract: Initial stages of Alzheimer’s disease are easily confused with the normal aging process. Additionally, the methodology involved in the diagnosis by radiologists can be subjective and difficult to document. In this scenario, the development of accessible approaches capable of supporting the early diagnosis of Alzheimer’s disease is crucial. Various approaches have been employed with this objective, specially using brain MRI scans. Although certain satisfactory accuracy results have been achieved, most of the approaches require very specific pre-processing steps based on the brain anatomy. In this work, we present a novel image retrieval approach for supporting the Alzheimer’s disease diagnostic, based on general purpose features and an unsupervised post-processing step. The brain MRI scans are processed and retrieved through general visual features without any pre-processing step. Two rank-based unsupervised distance learning algorithms were used for improving the effectiveness of the initial results: the RL-Sim and ReckNN algorithms. Experimental results demonstrate that the proposed approach can achieve effective retrieval results, being suitable in aiding the diagnosis of Alzheimer’s disease. / CNPq: 154034/2016-9
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Detecção de novidade com aplicação a fluxos contínuos de dados / Novelty detection with application to data streams

Eduardo Jaques Spinosa 20 February 2008 (has links)
Neste trabalho a detecção de novidade é tratada como o problema de identificação de conceitos emergentes em dados que podem ser apresentados em um fluxo contínuo. Considerando a relação intrínseca entre tempo e novidade e os desafios impostos por fluxos de dados, uma nova abordagem é proposta. OLINDDA (OnLIne Novelty and Drift Detection Algorithm) vai além da classficação com uma classe e concentra-se no aprendizado contínuo não-supervisionado de novos conceitos. Tendo aprendido uma descrição inicial de um conceito normal, prossegue à análise de novos dados, tratando-os como um fluxo contínuo em que novos conceitos podem aparecer a qualquer momento. Com o uso de técnicas de agrupamento, OLINDDA pode empregar diversos critérios de validação para avaliar grupos em termos de sua coesão e representatividade. Grupos considerados válidos produzem conceitos que podem sofrer fusão, e cujo conhecimento é continuamente incorporado. A técnica é avaliada experimentalmente com dados artificiais e reais. O módulo de classificação com uma classe é comparado a outras técnicas de detecção de novidade, e a abordagem como um todo é analisada sob vários aspectos por meio da evolução temporal de diversas métricas. Os resultados reforçam a importância da detecção contínua de novos conceitos, assim como as dificuldades e desafios do aprendizado não-supervisionado de novos conceitos em fluxos de dados / In this work novelty detection is treated as the problem of identifying emerging concepts in data that may be presented in a continuous ow. Considering the intrinsic relationship between time and novelty and the challenges imposed by data streams, a novel approach is proposed. OLINDDA, an OnLIne Novelty and Drift Detection Algorithm, goes beyond one-class classification and focuses on the unsupervised continuous learning of novel concepts. Having learned an initial description of a normal concept, it proceeds to the analysis of new data, treating them as a continuous ow where novel concepts may appear at any time. By the use of clustering techniques, OLINDDA may employ several validation criteria to evaluate clusters in terms of their cohesiveness and representativeness. Clusters considered valid produce concepts that may be merged, and whose knowledge is continuously incorporated. The technique is experimentally evaluated with artificial and real data. The one-class classification module is compared to other novelty detection techniques, and the whole approach is analyzed from various aspects through the temporal evolution of several metrics. Results reinforce the importance of continuous detection of novel concepts, as well as the dificulties and challenges of the unsupervised learning of novel concepts in data streams
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Interpretação de clusters gerados por algoritmos de clustering hierárquico / Interpreting clusters generated by hierarchical clustering algorithms

Jean Metz 04 August 2006 (has links)
O processo de Mineração de Dados (MD) consiste na extração automática de padrões que representam o conhecimento implícito em grandes bases de dados. Em geral, a MD pode ser classificada em duas categorias: preditiva e descritiva. Tarefas da primeira categoria, tal como a classificação, realizam inferências preditivas sobre os dados enquanto que tarefas da segunda categoria, tal como o clustering, exploram o conjunto de dados em busca de propriedades que o descrevem. Diferentemente da classificação, que analisa exemplos rotulados, o clustering utiliza exemplos para os quais o rótulo da classe não é previamente conhecido. Nessa tarefa, agrupamentos são formados de modo que exemplos de um mesmo cluster apresentam alta similaridade, ao passo que exemplos em clusters diferentes apresentam baixa similaridade. O clustering pode ainda facilitar a organização de clusters em uma hierarquia de agrupamentos, na qual são agrupados eventos similares, criando uma taxonomia que pode simplificar a interpretação de clusters. Neste trabalho, é proposto e desenvolvido um módulo de aprendizado não-supervisionado, que agrega algoritmos de clustering hierárquico e ferramentas de análise de clusters para auxiliar o especialista de domínio na interpretação dos resultados do clustering. Uma vez que o clustering hierárquico agrupa exemplos de acordo com medidas de similaridade e organiza os clusters em uma hierarquia, o usuário/especialista pode analisar e explorar essa hierarquia de agrupamentos em diferentes níveis para descobrir conceitos descritos por essa estrutura. O módulo proposto está integrado em um sistema maior, em desenvolvimento no Laboratório de Inteligência Computacional ? LABIC ?, que contempla todas as etapas do processo de MD, desde o pré-processamento de dados ao pós-processamento de conhecimento. Para avaliar o módulo proposto e seu uso para descoberta de conceitos a partir da estrutura hierárquica de clusters, foram realizados diversos experimentos sobre conjuntos de dados naturais, assim como um estudo de caso utilizando um conjunto de dados real. Os resultados mostram a viabilidade da metodologia proposta para interpretação dos clusters, apesar da complexidade do processo ser dependente das características do conjunto de dados. / The Data Mining (DM) process consists of the automated extraction of patterns representing knowledge implicitly stored in large databases. In general, DM tasks can be classified into two categories: predictive and descriptive. Tasks in the first category, such as classification and prediction, perform inference on the data in order to make predictions, while tasks in the second category, such as clustering, characterize the general properties of the data. Unlike classification and prediction, which analyze class-labeled data objects, clustering analyses data objects without a known class-label. Clusters of objects are formed so that objects that are in the same cluster have a close similarity among them, but are very dissimilar to objects in other clusters. Clustering can also facilitate the organization of clusters into a hierarchy of clusters that group similar events together. This taxonomy formation can facilitate interpretation of clusters. In this work, we propose and develop tools to deal with this task by implementing a module which comprises hierarchical clustering algorithms and several cluster analysis tools, aiming to help the domain specialist to interpret the clustering results. Once clusters group objects based on similarity measures which are organized into a hierarchy, the user/specialist is able to carry out an analysis and exploration of the agglomeration hierarchy at different levels of the hierarchy in order to discover concepts described by this structure. The proposed module is integrated into a large system under development by researchers from the Computational Intelligence Laboratory ? LABIC ?- which contemplates all the DM process steps, from data pre-processing to knowledge post-processing. To evaluate the implemented module and its use to discover concepts from the hierarchical structure of clusters, several experiments on natural databases were carried out as well as a case study using a real database. Results show the viability of the proposed methodology although the process could be complex depending on the characteristics of the database.
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Técnicas de aprendizado não supervisionado baseadas no algoritmo da caminhada do turista / Unsupervised learning techniques based on the tourist walk algorithm

Carlos Humberto Porto Filho 07 November 2017 (has links)
Nas últimas décadas, a quantidade de informações armazenadas no formato digital tem crescido de forma exponencial, levando à necessidade cada vez maior de produção de ferramentas computacionais que auxiliem na geração do conhecimento a partir desses dados. A área de Aprendizado de Máquina fornece diversas técnicas capazes de identificar padrões nesses conjuntos de dados. Dentro dessas técnicas, este trabalho destaca o Aprendizado de Máquina Não Supervisionado onde o objetivo é classificar as entidades em clusters (grupos) mutuamente exclusivos baseados na similaridade entre as instâncias. Os clusters não são pré-definidos e daí o elemento não supervisionado. Organizar esses dados em clusters que façam sentido é uma das maneiras mais fundamentais de entendimento e aprendizado. A análise de clusters é o estudo dos métodos para agrupamento e se divide entre hierárquico e particional. A classificação hierárquica é uma sequência encadeada de partições enquanto que na particional há somente uma partição. O interesse deste trabalho são as técnicas baseadas em uma caminhada determinística parcialmente auto repulsiva conhecida como caminhada do turista. Partindo da hipótese de que é possível utilizar a caminhada do turista como uma técnica de Aprendizado de Máquina Não Supervisionado, foi implementado um algoritmo hierárquico baseado na caminhada do turista proposto por Campiteli et al. (2006). Foi avaliado, através de diferentes conjuntos de imagens médicas, como essa técnica se compara com técnicas hierárquicas tradicionais. Também é proposto um novo algoritmo de Aprendizado de Máquina Não Supervisionado particional baseado na caminhada do turista, chamado de Tourist Walk Partitional Clustering (TWPC). Os resultados mostraram que a técnica hierárquica baseada na caminhada do turista é capaz de identificar clusters em conjuntos de imagens médicas através de uma árvore que não impõe uma estrutura binária, com um número menor de hierarquias e uma invariabilidade à escala dos dados, resultando em uma estrutura mais organizada. Mesmo que a árvore não seja diretamente baseada nas distâncias dos dados, mas em um ranking de vizinhos, ela ainda preserva uma correlação entre suas distâncias cofenéticas e as distâncias reais entre os dados. O método particional proposto TWPC foi capaz de encontrar, de forma eficiente, formas arbitrárias de clusters com variações inter-cluster e intra-cluster. Além disso o algoritmo tem como vantagens: ser determinístico; funcionar com interações locais, sem a necessidade de conhecimento a priori de todos os itens do conjunto; incorporar o conceito de ruído e outlier; e funcionar com um ranking de vizinhos, que pode ser construído através de qualquer medida. / In the last decades, the amount of data stored in digital format has grown exponentially, leading to the increasing need to produce computational tools that help generate knowledge from these data. The Machine Learning field provides several techniques capable of identifying patterns in these data sets. Within these techniques we highlight the Unsupervised Machine Learning where the objective is to classify the entities in mutually exclusive clusters based on the similarity between the instances. Clusters are not predefined and hence the unsupervised element. Organizing this data into clusters that make sense is one of the most fundamental ways of understanding and learning. Cluster analysis is the study of methods for clustering and is divided between hierarchical and partitional. A hierarchical clustering is a sequence of partitions whereas in the partitional clustering there is only one partition. Here we are interested in techniques based on a deterministic partially self-avoiding walk, known as tourist walk. Based on the hypothesis that it is possible to use the tourist walk as an unsupervised machine learning technique, we have implemented a hierarchical algorithm based on the tourist walk proposed by Campiteli et al. (2006). We evaluate this algorithm using different sets of medical images and compare it with traditional hierarchical techniques. We also propose a new algorithm for partitional clustering based on the tourist talk, called Tourist Walk Partitional Clustering (TWPC). The results showed that the hierarchical technique based on the tourist walk is able to identify clusters in sets of medical images through a tree that does not impose a binary structure, with a smaller number of hierarchies and is invariable to scale transformation, resulting in a more organized structure. Even though the tree is not directly based on the distances of the data but on a ranking of neighbors, it still preserves a correlation between its cophenetic distances and the actual distances between the data. The proposed partitional clustering method TWPC was able to find, in an efficient way, arbitrary shapes of clusters with inter-cluster and intra-cluster variations. In addition, the algorithm has the following advantages: it is deterministic; it operates based on local interactions, without the need for a priori knowledge of all the items in the set; it is capable of incorporate the concept of noise and outlier; and work with a ranking of neighbors, which can be built through any measure.
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Resolução de correferência em múltiplos documentos utilizando aprendizado não supervisionado / Co-reference resolution in multiples documents through unsupervised learning

Silva, Jefferson Fontinele da 05 May 2011 (has links)
Um dos problemas encontrados em sistemas de Processamento de Línguas Naturais (PLN) é a dificuldade de se identificar que elementos textuais referem-se à mesma entidade. Esse fenômeno, no qual o conjunto de elementos textuais remete a uma mesma entidade, é denominado de correferência. Sistemas de resolução de correferência podem melhorar o desempenho de diversas aplicações do PLN, como: sumarização, extração de informação, sistemas de perguntas e respostas. Recentemente, pesquisas em PLN têm explorado a possibilidade de identificar os elementos correferentes em múltiplos documentos. Neste contexto, este trabalho tem como foco o desenvolvimento de um método aprendizado não supervisionado para resolução de correferência em múltiplos documentos, utilizando como língua-alvo o português. Não se conhece, até o momento, nenhum sistema com essa finalidade para o português. Os resultados dos experimentos feitos com o sistema sugerem que o método desenvolvido é superior a métodos baseados em concordância de cadeias de caracteres / One of the problems found in Natural Language Processing (NLP) systems is the difficulty of identifying textual elements that refer to the same entity. This phenomenon, in which the set of textual elements refers to a single entity, is called coreference. Coreference resolution systems can improve the performance of various NLP applications, such as automatic summarization, information extraction systems, question answering systems. Recently, research in NLP has explored the possibility of identifying the coreferent elements in multiple documents. In this context, this work focuses on the development of an unsupervised method for coreference resolution in multiple documents, using Portuguese as the target language. Until now, it is not known any system for this purpose for the Portuguese. The results of the experiments with the system suggest that the developed method is superior to methods based on string matching
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Avaliação de métodos não-supervisionados de seleção de atributos para mineração de textos / Evaluation of unsupervised feature selection methods for Text Mining

Nogueira, Bruno Magalhães 27 March 2009 (has links)
Selecionar atributos é, por vezes, uma atividade necessária para o correto desenvolvimento de tarefas de aprendizado de máquina. Em Mineração de Textos, reduzir o número de atributos em uma base de textos é essencial para a eficácia do processo e a compreensibilidade do conhecimento extraído, uma vez que se lida com espaços de alta dimensionalidade e esparsos. Quando se lida com contextos nos quais a coleção de textos é não-rotulada, métodos não-supervisionados de redução de atributos são utilizados. No entanto, não existe forma geral predefinida para a obtenção de medidas de utilidade de atributos em métodos não-supervisionados, demandando um esforço maior em sua realização. Assim, este trabalho aborda a seleção não-supervisionada de atributos por meio de um estudo exploratório de métodos dessa natureza, comparando a eficácia de cada um deles na redução do número de atributos em aplicações de Mineração de Textos. Dez métodos são comparados - Ranking porTerm Frequency, Ranking por Document Frequency, Term Frequency-Inverse Document Frequency, Term Contribution, Term Variance, Term Variance Quality, Método de Luhn, Método LuhnDF, Método de Salton e Zone-Scored Term Frequency - sendo dois deles aqui propostos - Método LuhnDF e Zone-Scored Term Frequency. A avaliação se dá em dois focos, supervisionado, pelo medida de acurácia de quatro classificadores (C4.5, SVM, KNN e Naïve Bayes), e não-supervisionado, por meio da medida estatística de Expected Mutual Information Measure. Aos resultados de avaliação, aplica-se o teste estatístico de Kruskal-Wallis para determinação de significância estatística na diferença de desempenho dos diferentes métodos de seleção de atributos comparados. Seis bases de textos são utilizadas nas avaliações experimentais, cada uma relativa a um grande domínio e contendo subdomínios, os quais correspondiam às classes usadas para avaliação supervisionada. Com esse estudo, este trabalho visa contribuir com uma aplicação de Mineração de Textos que visa extrair taxonomias de tópicos a partir de bases textuais não-rotuladas, selecionando os atributos mais representativos em uma coleção de textos. Os resultados das avaliações mostram que não há diferença estatística significativa entre os métodos não-supervisionados de seleção de atributos comparados. Além disso, comparações desses métodos não-supervisionados com outros supervisionados (Razão de Ganho e Ganho de Informação) apontam que é possível utilizar os métodos não-supervisionados em atividades supervisionadas de Mineração de Textos, obtendo eficiência compatível com os métodos supervisionados, dado que não detectou-se diferença estatística nessas comparações, e com um custo computacional menor / Feature selection is an activity sometimes necessary to obtain good results in machine learning tasks. In Text Mining, reducing the number of features in a text base is essential for the effectiveness of the process and the comprehensibility of the extracted knowledge, since it deals with high dimensionalities and sparse contexts. When dealing with contexts in which the text collection is not labeled, unsupervised methods for feature reduction have to be used. However, there aren\'t any general predefined feature quality measures for unsupervised methods, therefore demanding a higher effort for its execution. So, this work broaches the unsupervised feature selection through an exploratory study of methods of this kind, comparing their efficacies in the reduction of the number of features in the Text Mining process. Ten methods are compared - Ranking by Term Frequency, Ranking by Document Frequency, Term Frequency-Inverse Document Frequency, Term Contribution, Term Variance, Term Variance Quality, Luhn\'s Method, LuhnDF Method, Salton\'s Method and Zone-Scored Term Frequency - and two of them are proposed in this work - LuhnDF Method and Zone-Scored Term Frequency. The evaluation process is done in two ways, supervised, through the accuracy measure of four classifiers (C4.5, SVM, KNN and Naïve Bayes), and unsupervised, using the Expected Mutual Information Measure. The evaluation results are submitted to the statistical test of Kruskal-Wallis in order to determine the statistical significance of the performance difference of the different feature selection methods. Six text bases are used in the experimental evaluation, each one related to one domain and containing sub domains, which correspond to the classes used for supervised evaluation. Through this study, this work aims to contribute with a Text Mining application that extracts topic taxonomies from unlabeled text collections, through the selection of the most representative features in a text collection. The evaluation results show that there is no statistical difference between the unsupervised feature selection methods compared. Moreover, comparisons of these unsupervised methods with other supervised ones (Gain Ratio and Information Gain) show that it is possible to use unsupervised methods in supervised Text Mining activities, obtaining an efficiency compatible with supervised methods, since there isn\'t any statistical difference the statistical test detected in these comparisons, and with a lower computational effort

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