Les principales limitations des systèmes d'intégration de données existants sont soit leur absence d'automatisation en l'absence d'une ontologie partagée, soit l'absence d'autonomie des sources dans le cas où une ontologie partagée est utilisée, et, dans tous les cas l'absence de prise en compte des besoins d'évolution asynchrone tant des différentes sources de données que des ontologies. Dans cette thèse, nous proposons d'abord une approche d'intégration permettant d'assurer une intégration entièrement automatique de sources de données, tout en laissant à chacune des sources une autonomie significative tant au niveau de sa structure qu'au niveau de son évolution. Cette approche suppose que chaque source contienne à la fois sa propre ontologie et les relations sémantiques qui l'articulent a priori avec une ou des ontologie(s) partagée(s). Nous proposons ensuite un modèle qui permet une gestion automatique de l'évolution asynchrone de notre système d'intégration à base ontologique. L'hypothèse fondamentale autour de ce modèle, appelée principe de continuité ontologique, stipule qu'une évolution d'une ontologie ne peut infirmer un axiome antérieurement vrai. Nous proposons enfin dans la dernière partie de cette thèse, une méthode d'intégration par réification des correspondances entre ontologies. Cette approche permet de traiter de façon neutre, indépendante de tout langage ou environnement des correspondances arbitrairement complexes entre ontologies. L'ensemble de ces propositions a été validé sur des exemples issus du commerce électronique professionnel (B2B) et de l'intégration des catalogues de composants industriels (projet PLIB).