Ten polyQ (polyglutamine) diseases constitute a group of hereditary, neurodegenerative, lethal disorders, characterized by neuronal loss and motor and cognitive impairments. The only common molecular feature of polyQ disease-associated proteins is the homopolymeric polyglutamine repeat. The pathological expansion of polyQ tract invariably leads to protein misfolding and aggregation, resulting in formation of the fibrillar intraneuronal deposits (aggregates) of the disease protein. The polyQ-related cellular toxicity is currently attributed to early, small, soluble aggregate species (oligomers), whereas end-stage, fibrillar, insoluble aggregates are considered to be benign. In the complex cellular environment aggregation and toxicity of mutant polyQ proteins can be affected by both the sequences of the corresponding disease protein (factors acting in cis) and the cellular environment (factors acting in trans). Additionally, the nucleus has been suggested to be the primary site of toxicity in the polyQ-based neurodegeneration. In this study, the dynamics and structure of nuclear and cytoplasmic inclusions were examined to determine the intrinsic and extrinsic factors influencing the cellular aggregation of atrophin-1, a protein implicated in the pathology of dentatorubral-pallidoluysian atrophy (DRPLA), a polyQ-based disease with complex clinical features. Dynamic imaging, combined with biochemical and biophysical approaches revealed a large heterogeneity in the dynamics of atrophin-1 within the nuclear inclusions compared with the compact and immobile cytoplasmic aggregates. At least two types of inclusions of polyQ-expanded atrophin-1 with different mobility of the molecular species and ability to exchange with the surrounding monomer pool coexist in the nucleus of the model cell system, neuroblastoma N2a cells. Furthermore, our novel cross-seeding approach which allows for monitoring of the architecture of the aggregate core directly in the cell revealed an evolution of the aggregate core of the polyQ-expanded ATN1 from one composed of the sequences flanking the polyQ domain at early aggregation phases to one dominated by the polyQ stretch in the later aggregation phase. Intriguingly, these changes in the aggregate core architecture of nuclear and cytoplasmic inclusions mirrored the changes in the protein dynamics and physico-chemical properties of the aggregates in the aggregation time course. 2D-gel analyses followed by MALDI-TOF MS (matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry) were used to detect alterations in the interaction partners of the pathological ATN1 variant compared to the non-pathological ATN1. Based on these results, we propose that the observed complexity in the dynamics of the nuclear inclusions provides a molecular explanation for the enhanced cellular toxicity of the nuclear aggregates in polyQ-based neurodegeneration. / Zehn Polyglutamin-basierte (polyQ) Erkrankungen bilden eine Gruppe von erblichen, neurogenerativen, letalen Krankheiten, die durch neuronalen Zellverlust und motorischen und kognitiven Störungen charakterisiert sind. Die mit polyQ Erkrankungen-assoziierten Proteine enthalten eine repetitive Abfolge der Aminosäure Glutamin (den polyQ-Bereich, der die einzige gemeinsame Sequenz aller polyQ Proteine ist). Durch die pathologische Verlängerung des PolyQ-Bereiches bekommen die polyQ Proteine eine Neigung zu aggregieren, und bilden damit unlösliche, fibrilläre Ablagerungen in Neuronen. Es wird vermutet, dass die sich anfangs bildenden kleinen löslichen Ablagerungsvorstufen (Oligomere) toxisch, und die später gebildeten, unlöslichen fibrillären Aggregate jedoch harmlos sind. Im zellulären Milieu werden Aggregations-Prozess und Toxizität durch die polyQ-flankierenden (benachbarten) Sequenzen des jeweiligen Proteins (in cis agierende Faktoren) und unterschiedliche zelluläre Proteine (in trans agierende Faktoren) beeinflusst. Außerdem kann die nukleare Lokalisation der polyQ Spezies mit verlängertem PolyQ-Bereich ihren toxischen Effekt erhöhen. Die Verlängerung des polyQ-Bereiches im Protein Atrophin-1 (ATN1) über 49 Glutamine hinaus, verursacht Dentatorubro-Pallidoluysische Atrophie (DRPLA), eine progressive Erkrankung, die sich durch Muskelzuckungen, Epilepsie, Ataxie und Demenz äußern kann. In dieser Arbeit wurden die dynamischen Eigenschaften und die Struktur der nuklearen und zytoplasmatischen Aggregate systematisch untersucht, um die Faktoren, die das Aggregations-Verhältnis der Atrophin-1 in cis und in trans beeinflussen zu erkennen. Mittels des mit biochemischen und biophysikalischen Analysen kombinierten Dynamic Imaging, konnte gezeigt werden, dass Aggregate der mutierten ATN1 in vivo, im Säugetier-Zellen Model (Neuroblastoma N2a Zellen), sich von den frühen, löslichen zu später gebildeten unlöslichen Spezies entwickeln. Die Resultate der im Rahmen dieser Arbeit entwickelten Cross-Seeding Methode zeigen, dass das Aggregatcore der früheren Aggregate von den polyQ-Bereich flankierenden Sequenzen kontrolliert wurde, während die Transformation zu unlöslichen Aggregaten von dem expandierten polyQ-Bereich dominiert ist. Außerdem, wie die 2D-Gelelectrophorese und die MALDI-TOF MS (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry) Analysen beweisen, beeinflusst die Länge des PolyQ-Bereiches die Interaktionen mit zellulären Proteinen. Wir haben auch festgestellt, dass das in nuklearen Aggregaten abgelagerte polyQ-expandierte ATN1 im Vergleich zu den zytoplasmatischen Ablagerungen eine erhöhte Mobilität aufwies. Mindestens zwei Aggregat-Typen mit unterschiedlichen Mobilitäten von mutierten ATN1 koexistieren im Zellkern der N2a Zellen, während im Gegensatz dazu das Protein in den kompakten zytoplasmatischen Aggregaten ausnahmslos immobil erscheint. Dies stellt eine molekulare Erklärung der erhöhten Toxizität der nuklearen ATN1-Aggregate dar.