Th.--Méd.--Paris, 1864-12-27. / Voyez tome 6 N ° 227 Paris 1864.

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The entire dissertation/thesis text is included in the research.pdf file; the official abstract appears in the short.pdf file (which also appears in the research.pdf); a non-technical general description, or public abstract, appears in the public.pdf file. Title from PDF of title page (University of Missouri--Columbia, viewed on March 25, 2010). Vita. Thesis advisor: Christian Lorson. "July 2009" Includes bibliographical references.

Thesis (M.F.A.)--Rochester Institute of Technology, 1995. / Typescript. Includes bibliographical references (leaves 30-31).

Thesis (Ph. D.)--University of Missouri--Columbia, 2004. / "December 2004" Typescript. Vita. Includes bibliographical references (l. 180-210). Also issued on the Internet.

This thesis sets out to investigate the Alzheimer's disease (AD) heterogeneity in an unsupervised framework. Different subtypes of AD were identified in the past from a number of studies. The major objective of the thesis is to apply clustering methods that are specialized in coping with high dimensional data sets, in a sample of AD patients. The evaluation of these clustering methods and the interpretation of the clustered groups from a statistical and a medical point of view, are some of the additional objectives. The data consist of 271 MRI images of AD patients from the AddNeuroMed and the ADNI cohorts. The raw MRI's have been preprocessed with the software Freesurfer and 82 cortical and subcortical volumes have been extracted for the needs of the analysis. The effect of different strategies in the initialization of a modified Gaussian Mixed Model (GMM) (Bouveyron et al, 2007) has been studied. Additionally, the GMM and a Bayesian clustering method proposed by Nia (2009) have been compared with respect to their performances in various distance based evaluation criteria. The later method resulted in the most compact and isolated clusters. The optimal numbers of clusters was evaluated with the Hopkins statistic and 6 clusters were decided while 2 observations formed an outlier cluster. Different patterns of atrophy were discovered in the 6 clusters. One cluster presented atrophy in the medial temporal area only (n=37,~13.65%). Another cluster resented atrophy in the lateral and medial temporal lobe and parts of the parietal lobe (n=39,~14.4%). A third cluster presented atrophy in temporoparietal areas but also in the frontal lobe (n=74,~27.3%). The remaining three clusters presented diffuse atrophy in nearly all the association cortices with some variation in the patterns (n1=40,~14.7%,n2=58,~21.4,n3=21,7.7%). The 6 subtypes also differed in their demographical, clinical and pathological features.

Lower motor neuron diseases (LMNDs) include a large spectrum of clinically and genetically heterogeneous disorders, characterized by progressive anterior horn cell degeneration. The aims of this thesis were on the one hand to refine the phenotypic description and the clinical classification of hereditary LMNDs, and on the other hand to improve our knowledge of the genetic bases of these disorders. This work was performed in collaboration with the Centre of Human Genetics of the Necker-Enfants-Malades Hospital in Paris. We focused our researches on autosomal recessive variants of LMNDs. First, we selected patients with Spinal Muscular Atrophy with Respiratory Distress (SMARD or d-HMN VI). This severe variant of autosomal recessive LMND is characterized by neurogenic muscular atrophy associated with early life-threatening respiratory failure due to diaphragmatic dysfunction. SMARD type 1 has been ascribed to mutations in the immunoglobulin mu-binding protein 2 (IGHMBP2) gene on chromosome 11q13-q21. We reported the identification of 9 novel IGHMBP2 mutations in five SMARD1 patients, Seven of them occurred at highly conserved residues of the putative DNA helicase domain, suggesting that this particular domain plays a major role in the SMARD1 disease causing mechanism (Hum Mutat. 2004; 23(5):525-6). Then, we collected families and sporadic patients affected by chronic distal spinal muscular atrophy (d-HMN III/IV), an autosomal recessive variant of LMND characterized by a progressive motor weakness and muscular atrophy, predominating in the distal parts of the limbs. A form of chronic dSMA gene had been mapped to a 10.3 cM interval on chromosome 11q13. By linkage analysis in 12 European chronic dSMA families, we reduced the genetic interval to a 2.6cM region on chromosome 11q13.3 and showed partial linkage disequilibrium between 3 rare alleles and the mutant chromosome in European patients, suggesting that most chronic dSMA chromosomes are derived from a single ancestor (Eur J Hum Genet. 2004;12(6):483-8). Additional experiments are now in progress at Necker-Enfants-Malades Hospital, in order to identify the disease-causing gene. At last, we described the clinical features of a novel variant of autosomal recessive LMND, characterized by childhood onset, generalized muscle involvement, and severe outcome. Studying a large inbred African family, we mapped the disease gene to a 3.9-cM interval on chromosome 1p36 (Neurology.2006;67(1):120-4). We identified a homozygous missense mutation of the PLEKHG5 gene and performed in vitro experiments to clarify the pathogenic function of this mutation. In transiently transfected HEK293 and MCF10A cell lines, we found that wild-type PLEKHG5 activated the NFkB signaling pathway and that both the stability and the intracellular location of mutant PLEKHG5 protein were altered, severely impairing the NFkB transduction pathway. Moreover, we observed aggregates in transiently transfected NSC34 murine motor neurons overexpressing the mutant PLEKHG5 protein. In conclusion, we showed that both loss of PLEKHG5 function and aggregate formation might contribute to neurotoxicity in this novel form of LMND (Am J Hum Genet. 2007;81(1):67-76). Further experiments should now be planned, in particular to understand the role of aggregates in neurodegeneration, and to precise the links between the PLEKHG5 gene and the other LMNDs-causing genes. In conclusion, we hope that this work, contributing to a better understanding of the molecular mechanisms involved in motor neuron degeneration, will open the way to new therapeutic strategies. / Les amyotrophies spinales (SMA) se caractérisent par une dégénérescence des motoneurones des cornes antérieures de la moelle épinière ou des noyaux du tronc cérébral. Elles comprennent de nombreuses entités, très hétérogènes tant sur le plan clinique que sur le plan génétique. Cette thèse vise à préciser les caractéristiques phénotypiques et génétiques des différentes formes d’amyotrophie spinale, en particulier celles des variants de transmission autosomique récessive. En premier lieu, nous avons sélectionné une cohorte de patients dont le tableau clinique était compatible avec la variante SMARD d’amyotrophie spinale (pour Spinal Muscular Atrophy with Respiratory Distress). Il s’agit d’une forme très sévère d’amyotrophie spinale autosomique récessive, qui associe une faiblesse musculaire à prédominance distale et une détresse respiratoire précoce secondaire à une paralysie diaphragmatique. Nous avons décrit 9 nouvelles mutations au sein du gène IGHMBP2 (pour immunoglobulin µ-binding protein 2) chez 5 patients atteints et confirmé ainsi le rôle pathogène de ce gène. Sept des 9 mutations décrites concernent des acides aminés conservés dans les espèces et localisés dans le domaine hélicase. Ce domaine pourrait donc jouer un rôle essentiel dans la physiopathologie de la maladie (Hum Mutat. 2004; 23(5):525-6). Deuxièmement, nous avons rassemblé des patients atteints d’amyotrophie spinale chronique distale (d-HMN III/IV), de transmission autosomique récessive. Cette affection se définit par une amyotrophie et une faiblesse musculaire progressive qui prédomine au niveau des pieds et des mains. Grâce à des analyses de liaison réalisées dans 12 familles européennes, nous avons restreint la localisation génétique sur le chromosome 11 (en 11q13.3) à un intervalle de 2.6 cM. Nous avons également mis en évidence un déséquilibre de liaison entre 3 allèles rares et le locus génétique, ce qui suggère un phénomène d’effet fondateur dans la population caucasienne (Eur J Hum Genet. 2004;12(6):483-8). Des études complémentaires sont actuellement en cours à l’Hôpital Necker-Enfants-malades à Paris pour identifier le gène responsable de cette forme chronique d’amyotrophie spinale distale. Troisièment, nous avons décrit un nouveau variant d’amyotrophie spinale de transmission autosomique récessive. L’amyotrophie et la faiblesse musculaire débutent vers l’âge de 3 ans et concernent rapidement l’ensemble de la musculature. Le pronostic est sévère, avec perte de la marche durant l’enfance et altération de l’autonomie respiratoire à l’adolescence. L’étude d’une grande famille Malienne consanguine nous a permis de localiser le gène responsable de la maladie dans un intervalle de 3.9 cM sur le chromosome 1, en 1p36 (Neurology. 2006;67(1):120-4). Nous avons ensuite mis en évidence une mutation faux-sens à l’état homozygote dans le gène PLEKHG5 chez les patients atteints et avons prouvé le caractère pathogène de cette mutation grâce à une série d’études fonctionnelles. Nous avons montré que la protéine PLEKHG5 sauvage a une distribution cytoplasmique homogène dans des cellules rénales (HEK293) et mammaires (MCF10A) humaines transfectées et qu’elle y active la voie de signalisation NF-kappaB. La protéine PLEKHG5 mutée est quant à elle instable, ce qui entraîne une perte de sa fonction activatrice sur NF-kappaB. De plus, grâce à des études de transfection transitoire de motoneurones murins (cellules NSC34), nous avons montré que la protéine PLEKHG5 mutée entraîne la formation d’importants agrégats cytoplasmiques. Dans cette nouvelle forme d’amyotrophie spinale, la perte de la fonction activatrice de la voie de signalisation NF-kappaB et la formation d’agrégats pourraient toutes deux contribuer à la neurotoxicité de la protéine PLEKHG5 mutée et conduire ainsi à la dégénérescence des motoneurones (Am J Hum Genet. 2007;81(1):67-76). En conclusion, nous espérons que ces résultats, qui contribuent à améliorer la connaissance des mécanismes physiopathologiques responsables de la dégénérescence des motoneurones, ouvriront à l’avenir la voie vers de nouvelles perspectives thérapeutiques.

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