Le présent travail est réalisé en vue de la conception et le contrôle des mouvements de nanomachines induits par un courant en régime tunnel et en vue de la rationalisation et de la compréhension d'expériences de manipulation de nano-objets moléculaires et de leurs propriétés d'auto-assemblage et de nanostructuration contrôlée de surfaces métalliques. Dans les 2 premiers chapitres sont exposées les techniques et méthodes de la Chimie quantique, de la Mécanique Moléculaire et de Transfert d'Electron que nous utilisons dans le présent travail. Les 4 autres chapitres sont consacrés à l'étude des propriétés d'adsorption et d'assemblage de molécules, spécialement conçues, d'intérêt pour la nanoélectronique et la nanomachinerie. En effet, dans le chapitre 3, il est question d'adsorption de la molécule DAT (1,4-bis(4-(2,4-diaminotriazine)phenyl)-2,3,5,6-tetrakis(4-tert-butyl-phenyl)benzene) sur les surfaces Cu(110) et Au(111) dans les conditions de très basse température sous un vide ultra-poussé (LT-UHV : Low Temperature Ultra High Vacuum). L'adsorption et l'auto-assemblage du DAT en 1D et en 2D sur la surface sont gouvernés par un processus complexe dont nous révélons les détails. En suite, dans le chapitre 4, nous avons calculé les images STM, par la technique Electron Scattering Quantum Chemistry (ESQC), de la molécule DAT sur les surfaces Cu(110) et Au(111), pour confirmer et expliquer les structures optimisées par la mécanique moléculaire à partir d'une comparaison entre les morphologies des images STM à résolution atomique et ESQC. Les chapitres 5 et 6 sont respectivement consacrés à l'étude des propriétés d'adsorption et d'auto-assemblage de la molécule di-carboxylique-imide (DCI) et d'une molécule dérivée PTCDI (pérylène-3,4,9,10-tétracarboxylique di-imide) sur la surface Au(111), nous avons trouvé que le Lander DCI s'adsorbe sur le site ponté suivant la direction [11-2] de la surface Au(111).