Les bénitiers font partie des espèces protégées, mais l’espèce Tridacna maxima reste encore très présente en Polynésie française. L’étude de sa structure génétique a permis de caractériser pour la première fois une lignée monophylétique de bénitiers en Polynésie Française, composée de deux clades distincts répartis de part et d’autre d’un axe nord-ouest/sud-est séparant majoritairement les populations des Tuamotu (mapiko nord) de celles des autres archipels (mapiko sud). La connectivité entre les populations des différentes îles n’est pas cohérente avec les courants océaniques de surface actuels en Polynésie française. Ces résultats, et ceux obtenus sur des bénitiers provenant de Fidji et de Tonga, ont permis d’émettre des hypothèses sur la colonisation de la Polynésie française par les bénitiers et les facteurs qui ont influencé la connectivité actuelle. Présentant une plus faible diversité génétique que les populations de T. maxima de la région Indo-Pacifique, celles de Polynésie française pourraient être plus vulnérables aux changements environnementaux. La capacité d’adaptation au stress des bénitiers a été étudiée par une étude intégrée des variations de la composition en métabolites et de l’expression génique lors d’expériences de réchauffement. La composition en acides gras des bénitiers a notamment été établie pour la première fois lors de nos travaux, et sa variation évaluée au cours du stress. Les données de transcriptomiques ont pour la première fois mise à jour les voies de réponses au stress thermique chez les bénitiers dont certaines semblent corrélées aux variations observées de la composition en acide gras. L’effet de la proximité des bénitiers avec les coraux dans le milieu et l’impact d’un second type de stress supplémentaire ont également été évalués. L’étude des Symbiodinium des bénitiers a permis de montrer que leur résistance et leur capacité d’adaptation au stress d’une durée de 15 jours seraient indépendantes des communautés symbiotiques. Mots clé : Tridacna maxima, bénitier, Polynésie française, diversité génétique, stress thermique, étude intégrée, transcriptomique, métabolomique, Symbiodinium. / Giant clams are endangered species but Tridacna maxima is still well represented in French Polynesia. Firstly, the genetic structure assessment has led to the discovery of a monophyletic group composed of two new T. maxima clades in French Polynesia which cohabite over a large area with a North-West South-East axis on either side of which, one of each clade is dominant: “North Mapiko” (Tuamotu group) and “South Mapiko” (other archipelagos group). Interconnectivity between different island giant clam populations is not consistent with the present flow of oceanic currents. These results, along with those obtained for Tongian and Fidjian samples, allowed us to suggest hypothesis regarding the giant clam colonization of French Polynesia and the factors which may have influenced the present connectivity. French Polynesian T. maxima was found to have a lower genetic diversity compared to those from Indo-Pacific region, and so considered to be relatively more vulnerable to environmental global changes. Stress adaptation capacity of giant clam was assessed by the follow-up of the metabolite composition and gene expression variations during a thermal time course experiment. Giant clam fatty acid composition was established for the first time and its variation was evaluated along the stress experiment. Impact of the thermal stress on the metabolite composition and gene expression were disclosed. Variation in fatty acids compositions was observed and linked to variation in some specific gene expression. Impact of giant clam proximity with corals and impact of a second supplementary applied stress were also assessed. Study of Symbiodinium symbiosis with giant clam showed that giant clam resistance and adaptation capacity observed for 15 days was independent of symbiotic community behavior. Key words : Tridacna maxima, giant clam, French Polynesia, genetic diversity, thermal stress, integrative approach, transcriptomic, metabolomic, Symbiodinium.

Malgré leur rôle fonctionnel au sein des écosystèmes coralliens, les populations de bénitiers (Tridacninae) sont en déclin à travers le monde en raison de leur surexploitation. En Nouvelle-Calédonie, 1 à 9 tonnes sont prélevées par an. Dans ce contexte, cette thèse a pour principaux objectifs de fournir des indications quant aux connectivités démographiques et évolutives des populations de deux espèces de bénitiers en Nouvelle-Calédonie, Tridacna maxima et Hippopus hippopus afin d'estimer les échelles spatiales de dispersion larvaire, comprendre leur dynamique et proposer des mesures de conservation adaptées. La connectivité des populations a été estimée via l'analyse de marqueurs génétiques microsatellites spécifiquement développés pour ces deux espèces. L'échantillonnage a permis l'identification de deux nouvelles espèces en Nouvelle-Calédonie. A l'échelle d'un récif et de quelques kilomètres, les tests de parenté montrent des taux d'auto-recrutement variables, jusqu'à 8% pour T. maxima dans le lagon sud-ouest et 29% pour H. hippopus dans le lagon nord-est. Les échelles spatiales de dispersion larvaire varient selon les espèces, jusqu'à au moins 35km pour H. hippopus. A l'échelle du territoire, les populations de bénitiers sont peu structurées, indiquant une connectivité évolutive certaine. Néanmoins, des différences significatives ont été observées entre la Grande Terre et Chesterfield, les Iles Loyautés et les atolls d'Entrecasteaux pour H. hippopus et entre la côte ouest et les Îles Loyautés pour T. maxima. Ces résultats fournissent d'importants éléments de réponse relatifs aux échelles spatiales de dispersion des bénitiers en Nouvelle-Calédonie. / Despite their functional role in coral reef ecosystems, giant clams (Tridacninae) are in decline worldwide due to their overexploitation. In New Caledonia, 1 to 9 tons are harvested per year. In this context, the main objectives of this thesis are to provide information about the demographic and evolutionary population’s connectivity for two species of giant clams in New Caledonia, Tridacna maxima and Hippopus hippopus, in order to estimate the spatial scales of larval dispersal, understand their population dynamics and propose appropriate conservation measures. The connectivity of populations was estimated by analyzing microsatellite genetic markers specifically developed for these two species. Sampling allowed the identification of two new species in New Caledonia. At reef scale and up to a few kilometers, parentage analysis showed that giant clam populations have varying self-recruitment rates, up to 8% for T. maxima in southwest lagoon and 29% for H. hippopus in northeastern lagoon. The spatial scales of larval dispersal varied for the two species, up to at least 35km for H. hippopus. At the scale of the territory, giant clam populations showed a weak genetic structure, highlighting evolutionary connectivity among sampled sites. However, significant differences were observed between the Mainland and Chesterfield, Loyalty Islands and Entrecasteaux for H. hippopus and between the west coast and the Loyalty Islands for T. maxima. These results provide important answers related to the spatial scales of larval dispersal in giant clams in New Caledonia.