Malgré une gestion structurée avant l'abattage, incluant un jeûne maximal de 24 heures dans la production porcine, la présence de viscères gonflés est sporadiquement observée lors de l'abattage. Six producteurs ont été sélectionnés, trois avec des porcs ayant des viscères normaux (NG) et trois avec des viscères gonflés (G). Les analyses ont porté sur huit viscères par producteur évaluant le poids, le pH, la matière sèche, la concentration en calprotectine, la morphologie intestinale, et inclut des analyses métataxonomiques. Les résultats mettent en évidence des différences significatives entre les groupes NG et G. Dans le groupe G, les porcs présentaient un estomac significativement plus lourd avec des contenus en eau et en solides totaux plus élevés. Les analyses métataxonomiques ont révélé des similarités dans l'abondance relative des phylums microbiens dominants, mais des différences au niveau des biomarqueurs dans les genres microbiens. Dans le groupe G, des microorganismes tels que ***Sarcina*** ou ***Limosilactobacillus*** étaient présents en abondance dans l'estomac. Des biomarqueurs spécifiques tels que la présence de ***Blumeria*** et ***Fusarium*** ont également contribué à distinguer les deux groupes. La diversité alpha a montré une plus grande diversité du microbiote dans le groupe G lors de l'analyse de la région ITS (Internal transcribed spacer), tandis que l'analyse du 16S ADNr a révélé des indices de diversité plus élevés dans le groupe NG. Les résultats suggèrent une évolution du problème en fonction de la sévérité du gonflement, passant de nuls à extrêmes. En conclusion, bien que la problématique des viscères gonflés puisse être liée à des facteurs microbiologiques, les microorganismes responsables restent indéfinis. L'accumulation d'eau et de solides totaux dans l'estomac évoque des questionnements quant à la gestion préalable à l'abattage, y compris les pratiques de jeûne, et leur influence sur le microbiote intestinal. Ces résultats soulignent la complexité de la problématique et appellent à des recherches approfondies pour identifier les causes sous-jacentes et améliorer les pratiques préabattage. / Despite structured pre-slaughter management, including a maximum 24-hour fasting period in pig production, the presence of swollen viscera is sporadically observed at slaughter. Six producers were selected, three with normal viscera (N) and three with swollen viscera (S). Analyses were conducted on eight viscera per producer, evaluating weight, pH, dry matter, calprotectin concentration, crypt and villi morphology, as well as metataxonomic analyses. The results highlight significant differences between groups N and S. The stomachs of pigs in group S exhibited significantly higher weight associated with elevated water and total solids content. Metataxonomic analyses revealed similarities in the relative abundance of dominant microbial phyla, but differences in biomarkers within microbial genera. In group S, microorganisms such as Sarcina or Limosilactobacillus were abundantly present in the stomach. Relative abundance of ***Blumeria*** and ***Fusarium*** also contributed to distinguishing the two groups and served as biomarkers. Although alpha diversity showed greater microbiota diversity in group S when analyzing the ITS (Internal transcribed spacer) gene, while 16S rDNA analysis revealed higher diversity indices in the G group. Overall, the results suggest an evolution of the issue based on the severity of swelling, ranging from none to extreme. In conclusion, while the issue of swollen viscera may be related to microbiological factors, the responsible microorganism remains undefined. The accumulation of water and total solids in the stomach raises questions about pre-slaughter management, including fasting practices, and their influence on the intestinal microbiota. These findings underscore the complexity of the issue and call for in-depth research to identify underlying causes and improve pre-slaughter practices.

La qualité de la viande est un aspect extrêmement important dans l’industrie porcine. Une bonne qualité favorise la vente du produit, puisque les consommateurs sont à la recherche d’un produit appétant, de couleur rosée et ayant un goût caractéristique. Plusieurs éléments peuvent avoir une influence sur la qualité de la viande, l’un d’eux étant le stress vécu par l’animal avant l’abattage. En effet, le stress préabattage contribue à accélérer le métabolisme de l’animal, ce qui l’amène à utiliser ses réserves énergétiques, principalement le glycogène. L’utilisation de l’énergie par les muscles et les réactions qui s’en suivent étant importantes dans le processus de transformation du muscle en viande, la dégradation accélérée ou la faible disponibilité du glycogène lors de l’abattage peut mener à des problèmes de qualité de la viande, comme une viande pâle, molle et exsudative (PSE) ou une viande sèche, dure et foncée (DFD). Il est connu que les étapes préabattage, soit le chargement, le transport, le déchargement, l’attente à l’abattoir ainsi que l’abattage proprement dit, peuvent stresser les porcs. Ces étapes sont des éléments importants qui peuvent affecter la qualité de la viande. La durée du chargement, la durée du déchargement et la durée du processus d’abattage sont des indicateurs de la qualité de la gestion préabattage, considérant qu’un animal stressé sera probablement plus difficile à déplacer. L’étude des différents comportements durant ces étapes permet de faire un lien entre le stress vécu par les animaux et la durée des étapes menant à l’abattage de l’animal. De plus, les comportements des animaux à l’abattoir, soit les agressions et les porcs couchés, ainsi que les blessures permettent d’établir la présence d’un stress chez les animaux pendant l’attente avant l’abattage. Le but de la présente recherche était donc d’observer différents éléments de la gestion préabattage du chargement jusqu’à l’abattage des porcs, et d’évaluer les différents effets de ces éléments sur le comportement des porcs et la qualité de la viande produite, et ce, dans un contexte commercial. Deux lots de porcs de six différentes fermes ont été observés sur deux ou trois sorties de 100 à 200 porcs par sortie. Différents éléments concernant la santé, le comportement des animaux, les données de température ainsi que la durée des différentes étapes ont été observés et compilés. Des analyses de la qualité (couleur, pH, perte en eau) de la viande sur 30 carcasses par sortie ont été également effectuées. Les résultats obtenus ont permis de déterminer les éléments affectant la durée des différentes étapes de la gestion préabattage (chargement, déchargement et abattage), ainsi que les éléments affectant la présence de blessures sur les porcs et les comportements agressifs et de repos (porcs couchés) lors de différents moments avant l’abattage. Aussi, les paramètres de qualité (couleur, pH et perte en eau) ont pu être liés, de façon non significative, à différents éléments de la gestion préabattage. Concernant la durée de chargement, celle-ci était significativement (p < 0,05) liée au nombre de porcs sortis, au pourcentage de porcs couchés ou assis, à la saison ainsi qu’au nombre de personnes qui chargeaient les porcs. Nous avons observé une augmentation de la durée de chargement lorsque le nombre iv de porcs sortis et le pourcentage de porcs couchés ou assis étaient plus élevés et lorsque seulement deux employés s’occupaient du chargement des porcs, tandis que nous avons observé une diminution du temps de chargement en automne comparativement aux autres saisons. Pour ce qui est de la durée de déchargement, elle était significativement (p < 0,05) plus longue lorsque le nombre de porcs sortis et la durée du transport étaient plus élevés. Enfin, la durée du processus d’abattage augmentait significativement (p < 0,05) lorsque le nombre de porcs observés augmentait. Pour ce qui est des comportements observés à l’arrivée à l’abattoir, le pourcentage de porcs couchés dans les 20-30 premières minutes suivant le déchargement augmentait significativement (p < 0,05) avec le pourcentage de porcs couchés dans les 10 premières minutes suivant le déchargement ainsi qu’avec la durée d’attente dans le camion. Le pourcentage de porcs couchés était également plus élevé pour les porcs de la 1re sortie et pour ceux abattus l’hiver ou ayant eu une douche durant le transport. Pour ce qui est des comportements agressifs, le nombre de porcs agressifs dans les 20- 30 premières minutes suivant le déchargement augmentait significativement (p < 0,05) avec le nombre de porcs agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement. Pour ce qui est du comportement deux heures après le déchargement, le nombre de porcs couchés augmentait significativement (p < 0,05) avec le pourcentage de porcs agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement et avec la durée du transport dans le camion. Pour ce qui est des comportements agressifs, plus il y a eu de comportements agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement, plus il y a eu de comportements agressifs 2 h après le déchargement (p < 0,05). Enfin, il y aurait une augmentation significative de blessures avant l’abattage (p < 0,05) lorsque le pourcentage de porcs agressifs est plus élevé 2 h après le déchargement et le jour d’abattage. Plus le pourcentage de porcs qui s’entassaient dans le parc lors de l’entrée des humains pendant le chargement était élevé, plus le nombre de blessures augmentait. De plus, moins de blessures ont été observées l’hiver. Pour ce qui est des résultats sur la qualité, une relation positive entre la couleur (L*) et la température dans l’abattoir au moment de l’abattage ont été observées. De plus, la couleur (L*) était significativement plus élevée l’été comparativement à l’hiver et à l’automne. Le pH était également associé positivement à la température dans l’abattoir au moment de l’abattage, mais inversement associé au poids de la carcasse. Enfin, la perte en eau était associée positivement au poids de la carcasse, mais inversement liée à la température de la carcasse lors des analyses de la qualité. En conclusion, bien que nous ayons pu mettre en évidence des facteurs de la gestion préabattage qui influencent le comportement des porcs, il n’a pas été possible d’établir une relation claire entre le stress et le comportement des animaux pendant la période préabattage ni d’effets significatifs sur la qualité de la viande dans ce contexte commercial.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2015-2016 / Offrir un produit de qualité supérieure est sans contredit un enjeu majeur pour l’industrie ovine québécoise qui doit composer avec une importante concurrence sur son marché et justifier le prix plus élevé de son produit comparativement aux importations. Pour le consommateur, la tendreté de la viande est un critère de première importance, critère qui est grandement influencé par les conditions postabattage et la période postmortem. Or, les connaissances scientifiques actuelles suggèrent fortement que les conditions postabattage, notamment le refroidissement et la maturation, ne sont pas optimales au Québec en ce moment. Dans ce contexte, la présente thèse porte sur l’utilisation et la compréhension des traitements postabattage et des évènements postmortem afin d’optimiser la qualité de la viande des agneaux lourds produits au Québec, notamment au niveau de la tendreté. Les études effectuées au cours de cette thèse ont permis de démontrer que sous les conditions actuelles de refroidissement et de maturation, la tendreté de la viande des agneaux lourds n’est pas optimale. L’utilisation de la stimulation électrique (ES) a permis de démontrer le potentiel de tendreté de l’agneau du Québec, potentiel qu’il exprimait pleinement lorsque la ES était combinée à 8 j de maturation. La première étude a montré que l’amélioration de la tendreté par la ES résultait d’une diminution du risque de « cold shortening » alors que la maturation engendrait une plus grande protéolyse. Toutefois, elle laissait entrevoir qu’il y avait place à amélioration. La seconde étude a été réalisée afin de déterminer s’il était possible d’accélérer l’attendrissement de la viande en manipulant la chute du pH et de la température des carcasses et déterminer s’il existe une fenêtre de température optimum à laquelle les carcasses doivent atteindre le pH 6,0. Bien que cette seconde étude ait démontré que la tendreté supérieure des viandes ES puisse être en partie due à la protéolyse plus rapide, aucune fenêtre optimum de température n’a été identifiée. Finalement, la dernière étude tentait de déterminer l’implication de la protéolyse et des protéases pour des muscles longissimus dorsi qui avaient des patrons d’attendrissement différents (tendre ou non à 3 j de maturation et attendrissement ou non entre 3 et 8 j). Bien que les résultats n’aient pas permis d’établir un processus clair, ils semblent tout de même indiquer que la tendreté de la viande après 3 j de maturation dépend de la protéolyse. Pour sa part, l’amélioration entre 3 et 8 j est plus complexe et l’oxydation semble jouer un rôle dans ce processus. / The market requests a high quality product and it is undoubtedly a major challenge for the Quebec sheep industry, which faces significant competition within its market and has to justify the higher price for its product. Meat tenderness is an important criteria for consumers, a criteria mostly influenced by post-slaughter conditions and the postmortem period. Scientific knowledges suggest that post-slaughter conditions, especially chilling and aging, are not currently optimal in Quebec. In this context, the present thesis focuses on the use and understanding of post-slaughter treatments and postmortem events to optimise meat quality of Quebec heavy lambs, especially tenderness. Studies realised during this thesis demonstrated that meat tenderness of heavy lambs is not optimal under current chilling conditions and aging time. Electrical stimulation (ES) of carcasses revealed that the tenderness potential of Quebec heavy lamb was really when ES was combined with 8 d of aging. The first study indicated that tenderness enhancement, following ES, resulted from cold shortening reduction, while aging allowed for more proteolysis. However, this study also indicated that there was still room for improvement. The second study was performed to determine if it was possible to accelerate meat tenderization by manipulating the decline of carcass pH and temperature, and by determining if there is an optimum temperature window in which the carcasses must reach pH 6.0. Although this second study showed that the superior tenderness of ES meat may be partly due to more rapid proteolysis, no optimum temperature window was identified. Finally, the last study attempted to determine the involvement of proteolysis and proteases in longissimus dorsi muscles that had different patterns of tenderization (tender or not at 3 d of aging and tenderization or not between 3 and 8 days). Although the results did not establish a clear process, they seem to indicate that meat tenderness after 3 d of aging depends on proteolysis. For its part, the improvement between 3 and 8 d appears to be more complex and oxidation could play a role in this process.

Dans le contexte où la consommation de viande de lapin et de veau de grain est variable et relativement faible comparativement à d'autres viandes comme celle du bœuf, du porc et du poulet, la présence de ces viandes sur le marché demande de maintenir ou d'améliorer leur qualité. La qualité de la viande peut être influencée par plusieurs facteurs, dont la gestion pré-abattage (temps de jeûne, la durée du transport et le temps d'attente à l'abattoir). Une gestion pré-abattage inadéquate peut exposer les animaux à un stress incontrôlé avant l'abattage, pouvant mener à d'importants défauts de qualité de la viande. Cette qualité est bien définie dans la littérature pour certaines espèces animales telles que le porc et la volaille, mais pour le lapin et le veau de grain, les connaissances sont limitées. Ainsi, l'objectif de cette thèse était d'évaluer l'impact des différents défis et conditions particulières de la gestion pré-abattage spécifique au lapin et au veau de grain sur la physiologie et la qualité de la viande. Une attention particulière a été mise sur le jeûne pré-abattage pour le lapin et sur le transport pour le veau de grain en réponse aux besoins spécifiques de chaque secteur. Les résultats des trois premières études ont permis de démontrer qu'un temps de jeûne de 18 h serait optimal pour permettre une vidange gastrique adéquate et une excrétion limitée d'*Enterobacteriaceae* dans les fèces sans impact majeur sur la qualité de la viande de lapin tant en conditions expérimentales que commerciales. La première étude a tout d'abord permis de démontrer qu'un jeûne pré-abattage inférieur à 24 h, sans les effets de la mise en cage et du transport des animaux, n'est pas particulièrement stressant pour les lapins en contexte expérimental. Néanmoins, un jeûne de 18 h serait optimal, car la présence d'*Enterobacteriaceae* a été observée dans les fèces des lapins mâles après 18 et 22 h de jeûne. De plus, moins d'espèces totales ont été observées et celles-ci étaient moins uniformément réparties dans le microbiome fécal des lapins ayant des jeûnes plus longs. Toutefois, le nombre limité d'*Enterobacteriaceae* détectée dans les fèces des lapins suggère un risque d'excrétion plus faible comparativement à d'autres espèces animales telles que le porc et la volaille. Les résultats de la deuxième étude ont démontré que, lorsque les temps de transport et d'attente à l'abattoir sont courts (30 min chacun), un jeûne de 18 h permet une vidange gastrique adéquate sans effets majeurs sur la qualité de la viande. Le sexe des lapins a aussi eu un effet limité sur la qualité de la viande lorsque les lapins étaient abattus à un poids vif inférieur à 2,65 kg. Pour la troisième étude, le jeûne ayant donné les meilleurs résultats lors du deuxième essai (18 h) a été testé en conditions commerciales en en comparaison au jeûne effectué normalement par le producteur (23 h). Les résultats ont montré que les deux temps de jeûne pourraient être adéquats, compte tenu de l'impact minimal sur la qualité de la viande ainsi que sur les microbiomes du cæcum et des fèces. Pour les veaux de grain, comme des périodes relativement longues sont nécessaires chez les bovins pour observer des effets négatifs du jeûne sur la qualité de la viande, le besoin de recherche était plutôt au niveau de la longueur et des conditions de transport des animaux jusqu'à l'abattoir. La dernière étude a permis d'observer que la qualité de la viande des veaux de grain est acceptable pour un usage commercial, mais que certains facteurs intrinsèques reliés à l'animal et les conditions pré-abattage ont des impacts importants sur la qualité de la viande. Plus particulièrement, le sexe était le paramètre mesuré ayant eu le plus d'impact sur la qualité de la viande et que, pour le *longissimus* et le *pectoralis*, le pH ultime (pH$\mathsf{_{u}}$) était plus élevé pour les mâles. De plus, pour les veaux de grain transportés entre 8 et 307 min, une durée d'attente à l'abattoir inférieure à 120 min est préférable afin d'obtenir un pH$\mathsf{_{u}}$ du *longissimus* plus faible. Finalement, cette dernière étude a révélé que les paramètres pré-abattage étudiés ont eu un impact plus important sur la qualité de la viande du *longissimus* que sur celle du *pectoralis*. / Given the variable and relatively low consumption of rabbit and grain-fed calf meats compared to others like beef, pork, and chicken, maintaining or improving their quality is crucial to maintain their presence in the market. Meat quality attributes can be influenced by pre-slaughter management such as feed withdrawal time, transport duration and lairage time at the slaughterhouse. An inadequate pre-slaughter management can expose animals to uncontrolled stress before slaughter, potentially leading to meat quality defects. While pre-slaughter management is well-defined in the literature for some animal species like pigs and poultry, knowledge is limited for rabbits and veal calves. Therefore, the objective of this thesis was to evaluate the impact of different challenges and specific pre-slaughter management conditions for rabbits and grain-fed calves on blood and gastrointestinal tract parameters as well as meat quality. Particular attention was given to pre-slaughter feed withdrawal for rabbits and transport conditions and duration for grain-fed calves, addressing the specific needs of each sector. The results of the first three studies suggest that an 18 h feed withdrawal time (FWT) can allow the gut to empty properly and limits the excretion of *Enterobacteriaceae* in feces with limited effect on rabbit meat quality under both experimental and commercial conditions. The first study demonstrated that a preslaughter FWT shorter than 24 h, without the effects of crating and transport, is not particularly stressful for rabbits. However, an 18-h FWT would be optimal, as the presence of *Enterobacteriaceae* was observed in the feces of male rabbits after 18 and 22 h of FWT. Additionally, fewer total species were observed, and these were less evenly distributed in the fecal microbiome of rabbits with longer FWT. Nevertheless, the limited numbers detected suggest a lower risk of fecal shedding for rabbits compared to other animal species such as pigs and poultry. Nonetheless, longer FWTs could still present the risk of fecal shedding of those undesirable organisms and contaminate the carcass at slaughter. The results of the second study showed that when transport and lairage times are short (30 min each), an 18 h FWT can allow the gut to empty properly with limited effect on rabbit meat quality. Additionally, the impact of sex on meat quality is limited when rabbits are slaughtered at a live weight lower than 2.65 kg. For the third study, the FWT that yielded the best results in the second trial (18 h) was tested under commercial conditions in comparison to the FWT normally practiced by the producer (23 h). The results showed that both FWT could be adequate, considering the minimal impact on meat quality as well as on the cecum and feces microbiomes. For grain-fed calves, as relatively long periods are necessary for observing negative effects of feed withdrawal on meat quality, we focused on the duration and conditions of transport to the slaughterhouse. The fourth study observed that the meat quality of grain-fed calves is acceptable for commercial use, but certain intrinsic animal-related factors and pre-slaughter conditions have significant impacts on meat quality. More specifically, gender had the most significant impact on *pectoralis* and *longissimus* meat quality and meat ultimate pH (pH$\mathsf{_{u}}$), for both muscles, was higher for male calves compared to females (*P* < 0.001). Additionally, for calves transported between 8 and 307 min, a lairage time at the slaughterhouse shorter than 120 min is preferable to achieve a lower *longissimus* pH$\mathsf{_{u}}$. Finally, the preslaughter parameters evaluated in this study had a lesser impact on the *pectoralis* compared to the *longissimus* muscle.