Les aliments fonctionnels renfermant des souches probiotiques de bifidobactéries sont conçus et intégrés à l'alimentation humaine afin de nous faire profiter de leurs effets bénéfiques. Pour l'instant, peu d'aliments probiotiques sont réalisés avec des souches de Bifidobacterium longum, une espèce endogène au microbiote intestinal chez l'enfant et l'adulte. Dans cette étude, trois méthodes moléculaires, dont une ciblant le génome et les deux autres le transcriptome, ont été élaborées et appliquées à B. longum CRC 002. Deux aspects technologiques, soit les mécanismes de protection des protéines dans un environnement acide et les mécanismes impliqués dans la production d'exopolysaccharides (EPS) de la souche CRC 002, ont été étudiés. Il en découle, dans un premier temps, que l'augmentation de la transcription du gène dnaK serait nécessaire pour la protection de B. longum. Dans un deuxième temps, un niveau de transcription élevé de la phosphoglycosyltransférase et des gènes impliqués dans la voie de Leloir expliquerait l'augmentation de la production d'EPS chez CRC 002. D'une meilleure compréhension de ces mécanismes, nous l'espérons, résultera le développement et l'utilisation adéquate des souches de B. longum dans les produits alimentaires

L'arabinoxylane est un polysaccharide complexe qui est préférablement fermenté par Bifidobacterium longum comparativement aux autres bactéries intestinales. Le but de cette étude était d'identifier les gènes impliqués dans la fermentation de l'arabinoxylane et un gène catabolique, ainsi que de mesurer l'expression différentielle de ceux-ci à l'aide du PCR en temps réel. L'ARN total de B. longum a été extrait durant trois phases de croissance dans un milieu contenant du glucose, de l'arabinose, du xylose ou de l'arabinoxylane. En présence d'arabinoxylane, l'expression des gènes abfB (5 et 6 fois) et xynD (12 et 6 fois) est plus élevée qu'en présence de glucose pour les phases mi et fin exponentielle respectivement. Une augmentation de l'expression des deux gènes à la fin de la phase exponentielle est aussi observée en présence de xylose et d'arabinose. L'expression du gène Idh est plus faible en milieu qu'en fin de phase exponentielle. Cette recherche montre que les gènes ahfB, xynD et Idh sont différentiellement exprimés lorsque B. longum catabolise l'arabinoxylane. / Arabinoxylan is a complex polysaccharide which is preferably fermented by Bifidobacterium longum as compared to other intestinal bacteria. The aim of this study was to identify genes involved in arabinoxylan fermentation and a catabolic gene and measure the differential expression of those using real time PCR. Total RNA of B. longum NCC2705 was extracted during three growth phases in medium with glucose, arabinose, xylose or arabinoxylan as carbon source. In presence of arabinoxylan, the expression of abfB (5 and 6 fold) and xynD genes (12 and 6 fold) was higher than in the presence of glucose in mid and late exponential growth, respectively. An increase in the expression of the two genes at the late exponential growth phase was also observed in the presence of xylose and arabinose. The expression of the Idh gene was lower in the mid than in the late exponential phase of growth. This research shows that the genes abfB, Idh and xynD are differentially expressed when B. longum catabolizes arabinoxylan.