Depuis quelques années, les entreprises subissent des pressions grandissantes pour mitiger leurs impacts sur la biodiversité. Notre thèse a pour objectif de leur proposer de nouveaux cadres conceptuels et outils pour réconcilier économie et écologie. Dans la première partie, nous analysons les comportements stratégiques des firmes par rapport à leurs interactions avec la biodiversité et les services écosystémiques (BSE). Si ces derniers sont souvent perçus comme sources de contraintes, notamment réglementaires, nous soulignons les multiples intérêts pour l'entreprise d'une gestion fine de son interdépendance au monde vivant. Dans la seconde partie, nous nous intéressons aux innovations nécessaires à l'émergence de dynamiques de co-viabilité entre firmes et biodiversité, et, en particulier, à la construction de nouveaux indicateurs. Deux axes de travail complémentaires sont explorés. Via plusieurs études de cas, nous formalisons tout d'abord un cadre de comptabilité analytique pour gérer les interactions de l'entreprise avec les BSE. Ensuite, nous présentons les fondements conceptuels d'une comptabilité visant à rendre compte aux parties prenantes de la performance des entreprises en matière de BSE, vers la normalisation d'un Bilan Biodiversité. Si la généralisation de ce dernier nécessiterait des travaux supplémentaires, soulignons que son institutionnalisation conduirait à produire les systèmes d'informations clefs au basculement des régulations sur les consommations de nature, vers la mobilisation d'outils économiques permettant à la fois de rendre couteuses les dégradations de BSE et de rentabiliser les pratiques qui leurs seraient favorables.