With the increased use of captive breeding for species conservation and for wildlife research there is a rising concern over potential effects of captivity on animal populations. Changes arising within populations as a result of captivity could reduce their ability to survive and reproduce after release into the wild, or make research on captive specimens incomparable to their wild counterparts. Research into the effects of captive breeding is relatively new and is often hampered by the difficulty of separating origin and rearing environment effects on animals. The overall aim of this study was to determine the effects of captivity on the morphology, nesting success and nestling growth of a common wildlife model, the American kestrel (Falco sparverius). From 2006 to 2009 data were collected on wild and captive kestrel pairs, including adult size, egg volume, fertility, clutch initiation date, hatching success, and nestling survival. From 2007 to 2009, repeated measures of nestlings were taken to determine growth rates. To separate the effects of origin and rearing environment, whole clutches were cross-fostered between pairs in each environment and compared to control clutches. In 2009, captive-bred and wild kestrels reared in captivity (F1 birds) from the 2006 to 2008 cross-fostered clutches were paired in combinations (captive / captive, captive male / F1 female, F1 male / captive female, F1 / F1) and data were collected on adults, nesting success and nestling growth. Results of the combined studies suggest that captive birds and eggs are significantly larger than those in the wild, and that F1 results are intermediate between the two. When comparing reproductive variables, wild clutches had significantly higher fertility and nestling survival than the other groups. Fertility and hatchability were similar between captive and F1 clutches, but nestling survival was greater in captive clutches. Overall, nest productivity was highest in wild pairs and lowest in F1 pairs. Reproductive variables were significantly affected by sex in F1 pairings, with F1 males exhibiting greater nest failure and lower productivity than captive males regardless of female mate. Nestling growth rates differed significantly between captive, wild and F1 birds with captive birds generally having faster growth rates, though asymptotic size did not differ between groups. Carotenoid concentrations in plasma did not vary greatly between groups, though external flesh color in kestrels differed between environment and sex; wild kestrels had significantly higher color scores than captive birds, and males had higher scores than females. Overall, rearing environment had a greater impact on adult kestrel size, nestling growth rates and nesting success than origin, though sufficient differences were noted between captive and F1 birds to suggest that some level of selection in captivity had occurred. / L'utilisation croissante de la reproduction en captivité pour les espèces en danger et pour l'étude de la faune suscite davantage d'intérêt quant aux effets potentiels de la captivité sur les populations animales. Des changements engendrés par la captivité pourraient réduire la capacité des animaux de survivre et se reproduire suite à leur réintroduction dans le milieu naturel, ou rendre les résultats d'études sur les spécimens captifs inapplicables à leurs homologues sauvages. L'étude des effets de la reproduction en captivité est relativement nouvelle et souvent entravée par la difficulté de distinguer les effets environnementaux des effets génétiques sur les animaux. L'objectif principal de la présente étude était de déterminer les effets de la captivité sur la morphologie, le succès reproductif et la croissance des oisillons chez une espèce-modèle commune, la crécerelle d'Amérique (Falco sparverius). De 2006 à 2009, des données ont été recueillies sur des couples de crécerelles sauvages et captives, dont la grosseur des adultes, le volume des œufs, la fertilité, la date d'initiation des couvées, le taux d'éclosion et la survie des oisillons. De 2007 à 2009, des mesures à répétition ont été prises pour évaluer les taux de croissance des oisillons. Afin de séparer les effets environnementaux des effets génétiques, des couvées entières ont été échangées entre couples dans chacun des milieux et comparées à des couvées de contrôle. En 2009, des individus nés en captivité ainsi que des individus sauvages élevés en captivité (génération F1) issus des couvées échangées de 2006 à 2008 ont été accouplés selon toutes les combinaisons possibles (mâle captif / femelle captive, mâle captif / femelle F1, mâle F1 / femelle captive, mâle F1 / femelle F1) et des données ont été recueillies sur les adultes, le succès reproductif et la croissance des oisillons. L'ensemble des résultats suggère que les oiseaux captifs ainsi que leurs œufs sont significativement plus gros que leurs homologues sauvages, la génération F1 étant intermédiaire. Quant au succès reproductif, la fertilité des couples sauvages et la survie de leurs oisillons étaient supérieures aux autres groupes. La fertilité et le taux d'éclosion étaient semblables entre les couvées F1 et captives, bien que la survie des oisillons ait été supérieure chez ces dernières. La productivité globale était la plus élevée chez les couples sauvages et la plus faible chez les couples F1. Les mâles F1 avaient un taux d'échec de nidification plus élevé et une productivité globale moins élevée que les mâles captifs peu importe l'origine de la femelle. Des différences significatives dans les taux de croissance ont été observées entre oisillons captifs, sauvages et F1 : la croissance était généralement plus rapide chez les oisillons captifs malgré que la grosseur asymptotique ne variât pas entre les groupes. Les concentrations de caroténoïdes dans le plasma ne variaient pas de façon significative entre les groupes; cependant des différences dans le teint de la chair ont été observées selon le milieu et le sexe: les crécerelles sauvages avaient le teint plus foncé que les crécerelles captives; et les mâles plus foncé que les femelles. Dans l'ensemble, le milieu d'élevage a eu un impact plus prononcé sur la grosseur adulte des crécerelles, les taux de croissance des oisillons et le succès reproductif que l'origine génétique, bien que suffisamment de différences aient été constatées entre individus captifs et F1 pour suggérer qu'un certain niveau de sélection en captivité a eu lieu.

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Sequence heterochronies are evolutionary changes between ancestor and descendent in the relative order of events in development. Developmental sequences have been proposed as potential sources of phylogenetic information and sequence heterochronies as potentially important in evolutionary change. However, existing methodology for the analysis of developmental sequences suffers from serious problems. This thesis presents a new method, PGi (Parsimov-based Genetic Inference), which overcomes these problems; PGi is more accurate and more efficient than existing methods. Using PGi with a comparative topology-based approach, I test the phylogenetic signal in vertebrate ossification sequences and show that it is weak. Finally, using an a priori hypothesis testing framework, I investigate hypotheses of heterochrony in ossification sequences. Some hypotheses were supported, while others were not. This thesis presents much improved methodology, but a lack of understanding of the nature of sequence evolution and problems with taxonomic and temporal sampling of developmental sequences persist. / Les hétérochrones de séquences sont des changements évolutionnaires entre ancêtre et descendent dans l'ordre des événements développementaux. Il a été suggéré que les hétérochrones de séquences soient importants évolutionnairement et comme sources d'information phylogénétique. Cependant, la méthodologie pour l'analyse des séquences développementales souffre de nombreux problèmes; cette étude propose une nouvelle méthode, PGi, pour les surmonter. PGi est plus exacte et efficace que les anciennes méthodes. En utilisant PGi avec une approche comparative basée sur les topologies, nous avons testé le signal phylogénétique dans les séquences d'ossification des vertébrés et nous avons trouvé qu'il est faible. Finalement, en utilisant des tests d'hypothèses a priori, nous avons examiné des hypothèses d'hétérochrones dans des séquences d'ossification. Quelques hypothèses sont confirmées et d'autres rejetées. Cette thèse présente une meilleure méthodologie; cependant, un manque de compréhension de la nature de l'évolution des séquences ainsi que des problèmes dans l'échantillonnage des séquences développementales persistent.

Thesis (Ph.D.)--Harvard University, 2007. / (UMI)AAI3251256. Source: Dissertation Abstracts International, Volume: 68-02, Section: B, page: 0822. Adviser: Gonzalo Giribet.

Thesis (Ph.D.)--Indiana University, Dept. of Biology, 2006. / Title from PDF t.p. (viewed Nov. 18, 2008). Source: Dissertation Abstracts International, Volume: 67-12, Section: B, page: 6942. Adviser: Emilia P. Martins.

Thesis (Ph.D.)--Lehigh University, 2007.

Thesis (Ph.D.)--Lehigh University, 2008.

Thèse (M.Sc.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2006. / Titre de l'écran-titre (visionné le 10 mars 2008). In ProQuest dissertations and theses. Publié aussi en version papier.

Thesis (Ph.D.)--Indiana University, Dept. of Biology, 2005. / Source: Dissertation Abstracts International, Volume: 66-07, Section: B, page: 3590. Advisers: William J. Rowland; Meredith West. Title from dissertation home page (viewed Oct. 5, 2006).

<p> A species&rsquo; diet is central to shaping both its life history and the dynamics of its populations. I measured diet and morphology of Black Perch (<i>Embiotoca jacksoni</i>) within eight different populations located throughout the Southern California Bight. Diet was assessed using three different methods including stable isotope analysis (SIA), stomach content analysis (SCA), and electivity (<i>E</i>), an index that accounts for differences in prey availability. My goals were 1) to evaluate the degree to which diets varied among populations, and 2) to assess the agreement of SIA and SCA by comparing estimated diets in three focal populations where I also analyzed isotopes of prey. </p><p> The results revealed considerable among-population variation in morphology, including traits such as eye size (among-population component of variance (APCV) = 27%) and gape (APCV = 24%). However, there were no obvious patterns such as island versus mainland morphotypes, or spatial similarity in morphology. The APCV in diet was substantial (42% for SIA, 37% for SCA) and significant among population variation in electivity (18% of total) suggested that fish in different populations preferred different sets of prey. There was modest agreement between diet reconstructed from stable isotope signatures, and diet inferred from stomach contents. Stable isotope mixing models indicated that decapods and polychaetes may be more common or important prey than stomach contents suggest. These results indicate that diets of Black Perch populations may be more variable than previously thought; that populations vary with respect to prey preference; and that SCA can be augmented with SIA to provide more accurate estimate diets within wild populations.</p><p>