Appliqué à des problèmes actuels de recherche pharmaceutique, ce mémoire traite de la génération de signatures de biomarqueurs par une approche d'extraction de règles d'association et une Analyse Formelle de Concepts. Elle a aboutit au développement d'une méthodologie qui a été validée par six projets de recherche de signatures de biomarqueurs.Alors qu'il n'existe pas de méthode optimale pour traiter les données biomarqueurs, cette méthodologie logique s'appuie sur un scénario global d'analyse déployant quatre méthodes, chacune dépendante de procédés différents. Cette architecture qualifie une problématique centrale de manière à optimiser la qualité d'une solution aux différents problèmes scientifiques posés. Les six applications pratiques ont démontré l'intérêt de la prise en compte précoce des critères de qualité énoncés par les experts du domaine. L'interactivité est soutenue tout au long du processus de découverte et produit des résultats imprévus pour l'expert. La méthodologie s'inscrit dans la lignée des approches dédiées à la stratification systématique des individus, qui constitue le premier palier vers une médecine personnalisée. / In the framework of current intricate questions to be solved by the pharmaceutical industry, this manuscript examines the generation of biomarker signatures through an approach that combines association rules extraction and Formal Concept Analysis. It led to the development of a methodology which was validated by six research industrial projects. While there is no single optimal method to handle biomarkers datasets, this logical methodology relies on a global datamining scenario made up of four different methods. Each method utilizes different processes. This architecture qualifies global approach that helps to optimize a response to different biomarker signatures discovery problems. The six applications presented in this manuscript demonstrate the interest of an early consideration of the quality criteria are expressed by the experts in the field. The interactivity is supported throughout the process of discovery and produces unexpected results for the expert. The methodology helps the systematic stratification of individuals, which constitutes the first step towards personalized medicine.