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Depuis une trentaine d’années, l’archéologie biomoléculaire s’est principalement attachée à étudier les substances organiques, notamment lipidiques, qui s’absorbent au sein des parois des récipients céramiques au cours de leur utilisation, grâce à des méthodes d’analyse séparative, structurale et isotopique. De façon à étudier les interactions entre la matrice céramique et les substances lipidiques, encore mal comprises, nous avons travaillé dans une perspective globale en prenant en considération l’ensemble du sous-système céramique, depuis l’acquisition des matières premières jusqu’à l’abandon du récipient. Nous avons étudié des tessons archéologiques issus de contextes variés, du point de vue chronologique, géographique et culturel (du Jura à la Sardaigne, entre le VIème et le Ier millénaire BC.), avec les méthodes classiques de l’archéologie biomoléculaire. Cette approche a été complétée avec diverses expérimentations et des méthodes d’analyse complémentaires, issues de la collaboration avec différents champs disciplinaires (étude des méthodes de façonnage, pétrographie des céramiques, sciences des matériaux, étude des sols, etc.). Grâce au formidable potentiel informatif des composés lipidiques et à la compréhension de leurs mécanismes d’absorption et de préservation, nous avons d’une part, identifié des chaînes opératoires de fabrication spécifiques (cuissons à basse température et/ou de courte durée, traitements des surfaces à chaud) et d’autre part, éclairé les modalités d’exploitation et de consommation des produits d’origine naturelle dans les céramiques par les populations pré- et protohistoriques de Méditerranée et du Jura. / For more than 30 years, biomolecular archaeology has been concerned with investigating organic products, mainly lipids, absorbed within archaeological pottery walls during their use thanks to separation, structural and isotopic techniques. To study interactions between the ceramic matrix and lipids, still poorly understood, this doctoral project have been built through a holistic approach that aims to consider the entire pottery subsystem, from the sourcing of raw materials to the disposal of the vessel. For this purpose, archaeological potsherds from various chronological, geographical and cultural contexts (from the Jura to Sardinia, between the VIth and the Ist millennium BC) have been investigated using classical methods of biomolecular archaeology. Additionally a wide range of experiments and complementary analyses were undertaken through collaborative projects involving diverse fields (study of manufacturing techniques, petrography, material science, soil study, etc.). By exploring the considerable informative potential of lipids and precisely understanding their absorption and preservation mechanisms, specific chaînes opératoires (low temperature and/or short firing, post-firing surface treatments) have been revealed and vessel use and resource exploitation by Pre- and Protohistoric society from the Mediterranean and the Jura regions have been explored.