Le complexe Burkholderia cepacia (Bcc) englobe 17 espèces retrouvées dans les infections pulmonaires d'individus atteints de mucoviscidose. Les bactéries de ce complexe sont présentes dans les sols, la rhizosphère de grandes cultures, les eaux usées et peuvent également être rencontrées dans le cadre d'infections nosocomiales. En France, les espèces B. multivorans et B. cenocepacia (Bcen) sont les espèces majoritaires au niveau des infections de patients atteints de mucoviscidose. Divers clones épidémiques ont été décrits au sein de l'espèce Bcen dont le clone ET12 associé au "syndrome cepacia". En 2004, une épidémie nosocomiale impliquant un clone du Bcc est survenue dans un hôpital de l'Ain. Durant ce travail, l'origine de ce clone (B&B), sa classification au sein du Bcc et certains phénomènes génétiques liés à son émergence ont été étudiés. Cela a permis d'identifier ce clone comme appartenant à l'espèce Bcen et une forte proximité de celui-ci avec la lignée ET12. L'étude des facteurs transcriptionnels de la famille σ70 au sein du Bcc a mis en évidence une structure génétique similaire entre la lignée ET12 et ce clone, mais différente de celle observée chez les autres espèces du Bcc. L'analyse d'éléments génétiques répétés de la famille des séquences d'insertion (IS) a cependant permis d'observer une organisation génomique distincte de la lignée ET12. Celle-ci a été reliée à des phénomènes d'instabilité génétique notamment à des phénomènes d'acquisition d'éléments génétiques mobiles de type îlot génomique. L'ensemble de ce travail a permis de caractériser un ensemble de phénomènes génétiques pouvant expliquer l'émergence de clones épidémiques tels que le clone B&B.

Burkholderia cenocepcia is one of the serious infectious agents of respiratory tract among cystic fibrosis patients. There are problems mainly with strains which are capable of epidemic spread. The known epidemic in the Czech Republic was caused by ST32 strain in the past. In this work, there was completed whole genome sequence of referential isolate 1232 of B. cenocepacia ST32 in cooperation with bioinformatics by new generation sequencing techniques and by determining the problematic areas by a combination of Sanger sequencing bioinformatics approaches and manual assembling of sequence reads localized in these areas. The final version of the genome sequence was annotated by PGAAP and at the present time it is finalized. Second part of this work is dedicated to looking for a prognostic marker of infection caused by ST32 strain in patients with cystic fibrosis. We analysed the results of ST32 trancriptomic experiment and chose genes possibly connected with the cepacia syndrome - serious, mostly fatal state of infection. By quantitative PCR we compared their expression in isolates from 4 patients from time of cepacia syndrome and month before that. We checked the possibility of direct detection of the expression of these genes in clinical material. We identified genes for type III secretion system as...