Submitted by Genilton Cardenes (genilton_cardenes@outlook.com) on 2018-10-31T16:11:12Z No. of bitstreams: 3 Avaliação do potencial de Acinetobacter junii SB132 na degradação de hidrocarbonetos do diesel.pdf: 3349884 bytes, checksum: 7e54351525a269ee4bacb489c4b8ee09 (MD5) Ata de defesa de dissertação.pdf: 313772 bytes, checksum: c312101e5d7eadad598267ac8a263549 (MD5) Carta de encaminhamento BDTD e termo de autorização para publicação.pdf: 776943 bytes, checksum: f8362a56a57c08b24e6f2f4266042eb4 (MD5) / Rejected by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br), reason: O arquivo da Dissertação está faltando a ficha catalográfica. on 2018-11-06T20:40:25Z (GMT) / Submitted by Genilton Cardenes (genilton_cardenes@outlook.com) on 2018-11-08T19:53:33Z No. of bitstreams: 3 Ata de defesa de dissertação.pdf: 313772 bytes, checksum: c312101e5d7eadad598267ac8a263549 (MD5) Carta de encaminhamento BDTD e termo de autorização para publicação.pdf: 776943 bytes, checksum: f8362a56a57c08b24e6f2f4266042eb4 (MD5) Avaliação do potencial de Acinetobacter junii SB132 na degradação de hidrocarbonetos do diesel.pdf: 2974599 bytes, checksum: 772fb4ba6951912ffcf1ffe6fc6dfc4e (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-12T19:16:22Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Ata de defesa de dissertação.pdf: 313772 bytes, checksum: c312101e5d7eadad598267ac8a263549 (MD5) Carta de encaminhamento BDTD e termo de autorização para publicação.pdf: 776943 bytes, checksum: f8362a56a57c08b24e6f2f4266042eb4 (MD5) Avaliação do potencial de Acinetobacter junii SB132 na degradação de hidrocarbonetos do diesel.pdf: 2974599 bytes, checksum: 772fb4ba6951912ffcf1ffe6fc6dfc4e (MD5) / Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br), reason: * A carta inserida deve ser a "Carta de Encaminhamento para o Autodepósito" disponível em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes * O Termo de Autorização é dispensável. A menos que a Tese/Dissertação seja Confidencial e/ou passível de patente, conforme orientações em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes Dúvidas? ddbc@ufam.edu.br on 2018-11-12T20:52:58Z (GMT) / Submitted by Genilton Cardenes (genilton_cardenes@outlook.com) on 2018-11-13T20:07:30Z No. of bitstreams: 3 Ata de defesa de dissertação.pdf: 313772 bytes, checksum: c312101e5d7eadad598267ac8a263549 (MD5) Avaliação do potencial de Acinetobacter junii SB132 na degradação de hidrocarbonetos do diesel.pdf: 2974599 bytes, checksum: 772fb4ba6951912ffcf1ffe6fc6dfc4e (MD5) Carta de encaminhamento BDTD.pdf: 315084 bytes, checksum: e83e1b1d1918636fcffa71de997b062d (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-14T18:58:47Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Ata de defesa de dissertação.pdf: 313772 bytes, checksum: c312101e5d7eadad598267ac8a263549 (MD5) Avaliação do potencial de Acinetobacter junii SB132 na degradação de hidrocarbonetos do diesel.pdf: 2974599 bytes, checksum: 772fb4ba6951912ffcf1ffe6fc6dfc4e (MD5) Carta de encaminhamento BDTD.pdf: 315084 bytes, checksum: e83e1b1d1918636fcffa71de997b062d (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-14T20:20:28Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Ata de defesa de dissertação.pdf: 313772 bytes, checksum: c312101e5d7eadad598267ac8a263549 (MD5) Avaliação do potencial de Acinetobacter junii SB132 na degradação de hidrocarbonetos do diesel.pdf: 2974599 bytes, checksum: 772fb4ba6951912ffcf1ffe6fc6dfc4e (MD5) Carta de encaminhamento BDTD.pdf: 315084 bytes, checksum: e83e1b1d1918636fcffa71de997b062d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-14T20:20:28Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Ata de defesa de dissertação.pdf: 313772 bytes, checksum: c312101e5d7eadad598267ac8a263549 (MD5) Avaliação do potencial de Acinetobacter junii SB132 na degradação de hidrocarbonetos do diesel.pdf: 2974599 bytes, checksum: 772fb4ba6951912ffcf1ffe6fc6dfc4e (MD5) Carta de encaminhamento BDTD.pdf: 315084 bytes, checksum: e83e1b1d1918636fcffa71de997b062d (MD5) Previous issue date: 2017-10-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Industrial exploitation of petroleum as well as the use of its derivatives has been growing due to its importance for society. Petroleum is a complex mixture of several organic compounds, mainly hydrocarbons compounds. The occurrence of contamination of the environment with these components is worrisome because in addition to its difficult degradation, oil requires many stages of processing, from its extraction, transportation, refining to the storage of the derivatives, dramatically increasing its exposure to the environment. An alternative to hydrocarbons degradation is the use of bacteria, by process called biodegradation, that depends ecosystem conditions and the local environment. Thus, bioremediation is a treatment process that uses microorganisms that degrade and transform existing organic pollutants in less complex and generally more easily degradable compounds, which can even reach mineralization. In this study we used the Acinetobacter junii SB132 bacterium previously isolated from aquatic macrophytes of Rio Negro near the city of Manaus (AM). Its hydrocarbon degradation capacity was tested in presence of diesel oil as the only carbon and energy source. In this work, the results obtained by gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS) showed that the alkanes of the diesel oil were degraded on average 58% by A. junii SB132 at 30 °C after 4 days of culture. The individual alkanes of diesel oil were degraded between 60 % -87 %. Proteomic study revealed proteins and metabolic pathway of A. junii SB132 involved in the degradation of hydrocarbons, specially alkanes. This study suggests that this degrading bacterial lineage of hydrocarbons has a great potential for bioremediation of the environment contaminated by diesel. / Atualmente, a exploração industrial do petróleo bem como o uso de seus derivados vem crescendo cada vez mais devido à sua importância econômica para a sociedade. O petróleo é uma mistura complexa de vários compostos orgânicos, constituído principalmente por hidrocarbonetos. A ocorrência de contaminação do meio ambiente com estes compostos é agravada, pois, além da sua difícil degradação, o petróleo requer muitas etapas de processamento, desde a sua extração, transporte, refino até a armazenagem dos derivados, aumentando drasticamente a sua exposição ao meio ambiente. Uma alternativa para a degradação de hidrocarbonetos é o uso de bactérias e tal processo, nomeado biodegradação, depende das condições do ecossistema e do meio ambiente local. Com isso, a biorremediação é um processo de tratamento que utiliza microrganismos que degradam e transformam compostos orgânicos poluentes existentes nos ambientes contaminados em compostos menos complexos e geralmente mais facilmente degradáveis, podendo chegar até a sua mineralização. Neste estudo foi utilizada a bactéria Acinetobacter junii SB132 previamente isolada a partir de macrófitas aquáticas do Rio Negro nas proximidades da cidade de Manaus (AM). Sua capacidade de degradação de hidrocarbonetos foi avaliada fornecendo óleo diesel como única fonte de carbono. Os resultados obtidos pela técnica de cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de Massas (GC-MS) mostraram que os alcanos do óleo diesel foram degradados em média 58 % por A. junii SB132 após 4 dias de cultivo em meio mínimo a 30 °C. Os alcanos individuais de óleo diesel foram degradados entre 60% -87%. A partir de proteínas extraídas dessa linhagem também foram feitas análises por ESI-MS que identificaram proteínas e rotas metabólicas envolvidas na degradação de hidrocarbonetos como a via de degradação, especialmente de alcanos. Esse estudo sugere que essa linhagem bacteriana possui um grande potencial para biorremediação de ambiente contaminado por diesel.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 trevizani.pdf: 18599041 bytes, checksum: 2e9468171b955bb9c74e5d2d995e17cf (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / Bibliotecas de fragmentos são utilizadas para aumentar a acurácia da predição de estruturas de proteínas, pois além de diminuírem os graus de liberdade envolvidos no problema permitem o uso de informação empírica para prever a conformação local de uma determinada região da seqüência alvo. Limitações para a geração de modelos com estruturas próximas a nativa utilizando modelagem por fragmentos estão relacionadas com a qualidade, diversidade e tamanho da biblioteca. Este trabalho teve como objetivo verificar diferentes aspectos de bibliotecas de fragmentos na reprodução de estruturas nativas de proteínas por meio da combinação de diferentes abordagens. Foram geradas e analisadas bibliotecas com diferentes características, tais como: uso acoplado de predição de estruturas secundárias, tamanho da seqüência do fragmento, uso de agrupamento estrutural para redução do espaço de busca e inclusão de distintos níveis de identidade entre a seqüência alvo e as proteínas do banco de estruturas. Cada biblioteca testada foi composta por fragmentos extraídos de proteínas que não possuíam mais de 20% de similaridade de seqüência com seqüência -alvo. Para a avaliação da capacidade de reproduzir a estrutura nativa, foi desenvolvido um algoritmo para selecionar e inserir os fragmentos em diferentes posições da seqüência -alvo. Foi utilizado um conjunto-teste composto por proteínas de diferentes tamanhos e classes (principalmente-_, principalmente-_ e _ + _) para avaliar o desempenho de cada abordagem. Os principais resultados deste trabalho: (i) resultados consistentemente mais próximos da estrutura nativa foram obtidos quando misturadas bibliotecas de tamanhos de fragmentos diferentes (i.e., 3, 6, e 9); (ii) verificou-se a grande importância do uso de fragmentos maiores na primeira etapa do algoritmo de otimização utilizando bibliotecas mistas; (iii) os resultados obtidos a partir de bibliotecas construídas utilizando-se apenas a similaridade de seqüência foram equivalentes na média, e até mesmo melhores em alguns casos, do que aqueles obtidos com bibliotecas construídas utilizando a predição de estruturas secundárias; (iv) o uso de agrupamento estrutural de fragmentos levou a redução do espaço de busca, mas acarretou uma perda na qualidade dos modelos gerados; (v) o uso de predição de estrutura secundária implica em uma diminuição da diversidade de estruturas da biblioteca, e pode ou não ser benéfica de acordo com a qualidade do resultado da predição. Os resultados deste trabalho apontam para caminhos importantes na utilização de bibliotecas de fragmentos em programas de predição de estruturas de proteínas.