В работе изучена деятельность Федеральной таможенной службы России, объективно рассмотрены теоретические и практические аспекты применения таможенной процедуры таможенного транзита. Проанализирована работа и структура действующей автоматизированной системы контроля за процессами таможенного транзита, выявлены и обоснованы её недостатки. Изучены популярные методологии разработки информационных систем и системы управления рабочими процессами, проведён их сравнительный анализ по методу иерархий с целью выявления наилучших вариантов. Описан процесс разработки и преимущества новой автоматизированной системы, разработанной с применением Camunda BPM. / The paper examines the activities of the Federal Customs Service of Russia and objectively examines the theoretical and practical aspects of the customs transit procedure. The work and structure of the current automated system of control over customs transit processes are analysed, its shortcomings are identified and justified. Popular methodologies for developing information systems and workflow management systems have been studied, and a comparative analysis of them using the hierarchy method has been made in order to identify the best options. The development process and advantages of a new automated system developed using Camunda BPM are described.