Les liens entre la diversité génétique et la performance individuelle peuvent révéler l’existence de dépression de consanguinité ou de sélection naturelle à certains loci fonctionnels dans une population. Dans cette étude, nous avons étudié l’association de la diversité génétique avec des traits de performance (survie annuelle et masse corporelle) chez le caribou migrateur appartenant à deux populations en déclin au Québec et au Labrador. Nous avons évalué la diversité génétique à deux échelles génétiques: i) à l’échelle du génome (22073 polymorphismes nucléotidiques simples) et ii) chez un locus (DRB) du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH), un gène d’immunité. Pendant les 20 années de notre période d’échantillonnage, la diversité génétique globale et celle du locus CMH-DRB sont restées stables. La diversité génétique globale n’était pas associée aux traits de performance, mais la diversité fonctionnelle de CMH-DRB était associée négativement à la survie annuelle des adultes. Par ailleurs, nous avons détecté une faible différentiation génétique entre les deux troupeaux qui étaient considérés jusqu’ici comme une seule population d’un point de vue génétique. Nos résultats suggèrent que le déclin rapide des deux troupeaux de caribous n’a pas entraîné de perte de diversité génétique, même si une augmentation de la dérive génétique pourrait être à l’origine de la structure génétique observée. Ils supportent aussi l’hypothèse qu’il n’y aurait pas de dépression de consanguinité dans les troupeaux, malgré leur déclin démographique marqué. L’association négative de la diversité au CMH avec la survie que nous avons détectée va à l’encontre de la majorité des études publiées sur ce sujet, qui montrent en général une association positive. Nos résultats suggèrent que la diversité au CMH n’est peut-être pas avantageuse dans des écosystèmes où la diversité de pathogènes est faible ou dans lesquels l’abondance de pathogènes change rapidement en réponse aux changements climatiques. / Associations between genetic diversity and individual performance may indicate inbreeding depression or selective pressures applied on some functional loci in a population. In this study, we looked at the association of genetic diversity with performance traits (annual survival and body mass) in migratory caribou of two declining herds in Québec and Labrador. We assessed genetic diversity at two genetic scales: i) genome-wide diversity estimated with 22,073 single nucleotide polymorphisms and ii) diversity of one locus (DRB) of the major histocompatibility complex (MHC). During the 20-year sampling period, genome-wide and MHC-DRB diversity remained stable. Genome-wide diversity was not associated with performance, but MHC-DRB functional diversity showed a negative association with annual survival of adults. Furthermore, we found a slight differentiation of the two herds that were considered until now as a single population from a genetic point of view. Our results suggest that the rapid decline of both herds did not lead to a loss of genetic diversity, even though an increase in genetic drift could be responsible for the genetic structure we observed. They also suggest that the herds do not suffer from inbreeding depression despite their marked decline. The negative association of MHC-DRB diversity with survival is opposite to the majority of studies published on this matter that usually show a positive association. Our results suggest that MHC diversity might not be beneficial in ecosystems with low pathogen diversity or in which pathogen abundance changes quickly in response to climate change.