Face aux changements de l’environnement et Face à la dynamique de la concurrence, de nouvelles formes d’organisation apparaissent pour répondre à ces nouveaux défis. Ces organisations suggèrent de nouveaux modes de management basés sur le travail en commun dans le cadre de réseaux ou de coopérations entre ces établissements. La thèse est consacrée à l’étude de la coopération inter-organisations sous l’angle d’un processus mobilisant différents facteurs. Le but de la recherche est de construire un cadre théorique d’appréhension de la coopération et d’apporter une vision systémique sur le processus d’émergence de la coopération. Un des grands champs possibles, le thème de l’innovation revient régulièrement. C’est pour cette raison que la dernière partie de ce travail propose une démarche pour la mise en place de coopérations entre des plates-formes dédiées aux phases amont de l’innovation. Ce projet associe territoire, université et entreprise / Due to the changes on the competing environment and its dynamics, new organization ways have been developed to face these new challenges. These practices suggest other kinds of management based on joint work within the framework of companies’ networks or cooperation between establishments. This thesis treats the study of inter-organizational cooperation under the angle of a process between various factors. The aim of this research is to build a theoretical framework of cooperation apprehension and to provide a systemic vision on the process of cooperation emergence. One of the large research fields that are continuously present during inter-establishments cooperation is innovation. For this reason, the last part of this work proposes the first of a set of steps needed to develop inter-platforms cooperation during the upstream phase of innovation. This project associates territories, universities and companies